Basic Information

Symbol
GPD2
RNA class
mRNA
Alias
Glycerol-3-Phosphate Dehydrogenase 2 Glycerol-3-Phosphate Dehydrogenase 2 (Mitochondrial) Glycerol-3-Phosphate Dehydrogenase, Mitochondrial EC 1.1.5.3 GPDH-M GPD-M MtGPD MGDH Mitohondrial Glycerophosphate Dehydrogenase Gene Mitochondrial Glycerophosphate Dehydrogenase Mitohondrial Glycerophosphate Dehydrogenase Testicular Tissue Protein Li 76 MGPDH GDH2 GPDM
Location (GRCh38)
2:156435290-156613735
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Other applications
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_000408.5
Sequence length
5812.0 nt
GC content
0.3932

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1563.50 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1674.94 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1252.63
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((....((.....))(((((((((((....)))))..))))))..((((((.((((((((.....)))).))))((((((((......((((((.((((..(((((.((((.(...(((((((..((((((..((((.....)))).(((((........)))))((((((.(((((...(((((((((.((((...(((((((((.(((......((((((((((.(((((..(((...((........)).))).)).))).).)))))))))...))))))).)))))...)))).)))))))))..)))))((.((((((((..((((((.......(((.......))).(((((.((....)).))))))))).))..)))))))).))((.....)))))).)).((((.((......)).)))).......))))))..)))))))))))).))))).)))).))))))...(((((..((((.((.((((....(((((((..((((.((((((((..((......(.((........)).)........))))))))))..).)))...)))).)))..)))).))))))..))))))))))..)))....((((((((((((....((((((((........))))))))((((((((((((((((.(.(((((((.(((.((((...((((((.......))))))...))))))))))))))).)))..))))....))))...)))))..(((((((.....((((((((((.((((((........))))))......((((((.((.....)).)).))))((((..((((((.(((.(((...(((((...)))))...))).))).)))))))))).(((((((((...........((((((((((..((((((.......))))))((((((((..((((((...))))))..........(.(((((((((((((((((((((((((((..(((.((((..((((((((((.(.....(((((((((((((((((.......(((((((((.....))))))(((((.((((((((((.(((((((((((((.(((...((.((((.(.....).))))))....((((.(.(((((((((((((...((......))...))))))))..))))).)))))..................(((((.(((.......(((.(((((((((((.......)))).))))))).)))))).)))))...))).)))))))).((((((((((((((((((((.(((((((((((((((......)))))..........(((((.((((.(((((((.......(((..(((((.((.((((......)))).)).).))))..))).((((((.((((((((((.....((((((.........))))))(((...(((((((........((((.((((..(.((((((((....(((((.(((((((((...((.((((((((((((...)))))........))))))).))..))))).)).)))))))...)))))))))..)))).))))(((((((...(((...))).))))))).((((((((((((((((..(((.((((...))))........(((((....(((..(((.(((((.(((((((.(.((.((((.....(((((.......(((((((((...((((...........))))))))...))))))))))..))))..)).).)))))))((((((.(.........).))))))))))))))..)))...(((((....(((...(((.....)))..)))....)))))..............((((.....)))).....)))))...((.((....(((((((((((((((.......(((((.............))))).........))))))..((((((((.....))).))))).........)))))))))....)).))..)))..))))))))))))))))(((((((.(((((((.(((........((((...(((((....)))))...))))...((((...((((.((((.......))))))))....))))))).)))))))))))))).((((((.(((........)))...)))))).....)))))))....))).)))))))))).))))))...)))))))......((((.((((....(.((((.......)))).)....)))).)))).))).).)))))((((((..(((((((..((...............(((........)))......(((((.((........)))))))......))..))))))).))))))(((((((....)))))))....((((.(((....))).))))((((.((.(((((......((((((.(((((((((((((((..((((.....(((((((((((..............(((((.......(((((.........)))))....((((.(((.((((....(((((.((.(((((((((.(....((((((((((.....)))).((((((........)))))).............(((((((((......((((.....))))((((.(((((.(((((((.((.((.((.((((.((..(((((((((((((((((((........))).)))).)))))).)))))).)).)).)).)))).))..))))))))))))))))(((....)))............))))))))).((((....((((((((.....((((...........)))).....))))))..)).....))))))))))).))))))...)))..)))))))...)))).))).)))))))))))).))))))))....))))..))))))).)))))))))))))).........))))).)).))))(((((((((.....((((((((..................))))))))........))))))))).))))))))))..)))))..)))))))))))))))))))))))))......))))).)))))((((((((((((........))))))...)))))).(((....))).....)))........))))))))))).))))))..............(((((((((.((((.((............)).)).)).))))...)))))................(((((((........((((((((..(((((..((((.(((((((((.(((((...........(((.((((......)))).)))(((.........)))......))))).))))))))))))).))))).))))..))))................(((..........)))..............)))))))..........).))))))))))...).))).))).))).)))))))...))))..(((.((..((((((((((....((((((......)))))).........((((((((........................(((((((((((.............(((.(((((......))))).)))(((((((......(((((((.((((....)))).)).((((((((.((((.....((((((...))))))(((((...)))))((((..((((.....((((((.((...................)).))))))....))))))))........((((....(((((((.(((((..........))).)).))))))).....)))).............(((((....((((((((((...((.((((.........)))).))...))))))))))....)))))..)))).)))))))).((((....)))).)))))..))))))).(((((((((....))))))))).((((.........)))).(((((((....)))))))((((((...(((((...)))))....))))))..)))))))))))..(((((.....)))))..))))))))((((.((((((.........)))))).))))...(((..((....))..)))......))))))))))..)))))..........))))))).)))))).)((..((((..(((.(((..((......))..)))...))).))))..)))))))))).))))))..))))(((.((((((((..(.((((((..(.((((((...)))))))..)))))).)..)))))))).))).......((((...))))..((((((((....)))))))).)))))))))....)))))))))).....(((((.............))))))))))))...(((((.((((.....((((((..(((((.(((((..((((...((.(((((((..((((((((((((.(((((((..((...........(((((...((((.((..(((..........)))..)).)))).)))))((((((.(((.(((((.....................))))).))).))))))..))))))))).(((((....)))))...)))))))))...((((((((((.((((((.(((((...(((.(((((((((((..(((((....)))))((((.......(((((((....(((.((.(.....).)).)))....)))))))......))))..((..(((((.......)))))..)).))))))))))).)))...))))).)))..)))))))))))))..)))))))))).)).....))))..))))).))))).))))))....)))).)))))...((((((((((((((.((((.(((((.((((.(((..(((((((.((((((.((((((.((((((((((((((....((((((...))))))...(((((((.((((((((..........)))))))).....((((((((((..(((...(((((((((....)))).....))))).))).)))))))))).....(((((((...(((.......))).))))))).((((.....)))).)))))))..))))..))).))))))).)))))))))).)))))).))).))).)))))))))......((((((((....)))))))).((((.((((...))))..))))((((((((((...(((.((((.(((((((......(((((..((((((.......)))))))))))))))))).)))))))...........(((((.....)))))...((.....)).....)))))))))))))).)))))))))))).))(((((((......))))))))))))))))))))))))).................((.((((..((.((((..((((((((.((.((((((....(((((((((....))))))))).......((((((.(((....))).))))))(((((......)))))....((((((((((((......)))))))...)))))..)))))).))))).......)))))..)))))).))))))....(((.((((....((((.(((((.(((...))).))))).)))).)))))))......)))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
((((.,{{((,..,,{.(((((((((((....}))}),.}))))).,{(((((.((((((((.....)))).))))((((((((......((((((.((((..(((((.((((.,...(((((((..,(((((..((((.....})}).{((((........))))}((((({.{((((..{(((((((((.((((,,.((((({(((.{((......((((((((((.{{(((..(((...{{........)}.))).))).}}.).)))))))))...}))}))).)))))..,)))).))))))))))}))))}((.((((((((..((((((.......(((.......))}.(((((.((....)).))))))))).))..)))))))).))((.....))}))).)).((((.((......)).)))).......)))))),.)))))))))))).))))).)))).))))))...,((((..((((.((.((({....(((((((..((({.((((((((..((...{{.,.((........)).}..,,....))))))))))..}.)))...)))).)))..)))).))))))..))))})))))..)))....((((((((((((....((((((((.......,}})))))){((((((((((({(({{({(((((((((((.((((...((((((.......)))))}...))))}}))}}}}}}}{|||..}}|}....,,},,,,,}}}}..(((((((.....((((((((((.{(((((........)))))}......((((((.((.....)).))},)))((((..((((((.(((.(((...(((((...)))))...))).))).)))))))))}.((((((((({({........{(({((((((..((((((.......))))))((((((((..((((((...)))))){{{{...{{.{.(((((((((((((((((((((((((((..(((.(((...((((((((((.{.....(((((((((((((((((..,,,..{{{((((((.....))))))(((((.((((((((({,(((((((((((((.(((...((.((((.{.....).))))))...{((((.(,(((((((((((((.,.((......)).,.))))))))..))))).))}}),,||......,,.,,,,.(((((.(((.......(((.(((((((((((.......)))).))))))).)))))).)))}}...))).)))))))),((((((((((((((((((((.((((((((((,,(((,.{,..,)}}),}.,,.....(((((,{(({.(((((((.......(((..(((((.((.((((......)))).)).).))))..))).((((((.((((((((((.,...((((((..,......))))}}(((...(((((((........{(((.((((..,,((((((((....(((((.(((((((((...((.(((((((((((....})))}........})))))).))..))))).)).)))))))...)))))))))..)))).)))}(((((((...(({...))).))))))){((((((((((((((((..(((.((((...})))..,,,,..{{{{|,...(({.,||{.{{{{|,(((((((.{.{({({{{..,,.(((((,......,(({{,,{{,..,|||||,|,......,|}||}}}||,}}}}}|}}|}.,}||}..)),).)))))))((((((.(.........).)))))),|||||||..,||{{.(((({...,,{,...{{,.,}}}}))}},,|{,..|||||,,..{{{{{,....,((({{{..||||.....,,)))}..}|}||}...}|}}}},,{{{{{{{...,}},|||||,|.........,,|}}}}.,,,}....)))))),||||||{{{|,|.,|||.}}}},,........,}}))},,.}})))).))},)))..))))))))))))))))|{(((((.(((((((.(((....,{{.((((...,((((....)))),...)))).}}|(((...((((.((((.......))))))))....))))))).))))))))))))},.,{{{{(,({(,....,,,))}.,,}}}}},.....)))))))....))).)))))))))).))))))...)))))))......((((.((((....(.((((.......)))).)....)))).)))).))).).)))))((((((..(((((((..((....,{,,.,.....,,........,)))......(((((.((........)))))))......))..))))))).)))))),{{{(((....})))}},....((({.(({....))).))))((((.((.(((((......((((((.(((((((((((((((..((((.....(((((((((({......,,,,,,,{{{{{{.....,,(((((.,.......})))}.||.{{{(.(((.{(({,.,.{((({.{,.(((,{{(((,{,..,{{{((({{({...,,}}},.{{{{{{........}}}))),,...,,,},...(((((((((......{{{{,,,,{|,,.{{{{.{||{||,{(((({.,{,{{.{..,,||.||..||||||||||||||||(((,,,,....|||.||||.|||||},||||||..|,||,|..||}}.||..}})))))))))))))||||||,,))).......,,,..))))))))).,,,.,,..,,((((((.....{(((...........)))}.....))))))..)).....))))))))))),))))))...)))..}})))))..,)))).))).}))}))))}))).))))))))....))))..)))))))))))))))))))))).........))))).)).))))(((((((((.....((((((((...............,..))))))))........))))))))).))))))))))..)))))..))))))))))))))),)))))))))....,.))))).))))|((((({((((((,......,))))))...)))}}).{{{....))).....},),,,.....))))))))))).))))))....{{........{({{{(({,.{,{{.{{.......,,},.}).}},||,|}}|,..,,,,,.,,.}},}}}......(((((((........((((((((..(((((..((((.(((((((({,{{{(,,{{{{....,,,,.,,}}))}....|||,..,,{(({,...{....}......))))))}))))))))))))).))))).))))..))))................,,,..........|||...........,,.)))))))..........}.))))))))))...}.})).))).))).)))))))...}}}}..(({,{{..((((((((((.,,,((((((......)))))).....,,,.((((((((.{{{......{{...{(({.....{(((((((({{.,...........{((.(((((......))))).))}(((((((......{((((((,({{,....,))).)).((((((((.((((.,{{.((((((...)))))}(((({...}))))((((.{((((,.{,.,,,{{{.||,.,,........,},.,,,}),)))}}}|,..,,}}})}}........((((....(((((((.(((((......,...))).)).))))))).....)}}},............(((((....{(((((((((...((.{(((.........)))}.))...)))))))))}....)))))..)))).)))))))).((((....)))).})))}..))))))).(((((((((....))))))))).,(({.........,,},.(((((((....)))))))((((((...{{((,...})))}....)))))).,)))))))))))...}}}},,...,},))}.)))))))),|||.((((((.........)))))).}}}|.,.(((..({....})..))).,}}}.))))))))))..}})))......,,,}))))))).)))))).},},,.|||,}||{.(((,.,(,,....,,..)))..,))).,,,},.,.)))))))).))))))..)))){{{.((((((((..(.((((((..(.((((((...)))))))..)))))).)..)))))))).}}}.....{,((({...})))}.{(((((((....))))))))})))))))))....)))))))))).....(((((.............))))))))))))....{{(({((({..,{,,|||||.,{(,(({((((.{{(((,...{{.(((({{,..,((,,,,,{||,.,,{{{,,,.|,...........(((((...((((.((,.(((..........))).,)).)))).)))))((((((.{({.(((((.....................))))).))}.)))))),}})},,,.,.}}}}}.}}))))),)}},))))))))},},((((((((((.((((((.(((((...(((.((((((((({{..(((({....}))))((((.{{{...{{{{{||,.,}||{.((,(,.,{,}{}|,||}....}))}}}}..,}}}))))}.||||(((((.......))))}..,,.))))))))))).)))...))))).)))..))))))))))))).}))}))))))}.,},,}}})))}..}}}}}..}}}},|}}})),...,}},.})))},,|{{({((((((((((,({((,(((((.((((.(((..((((((({((((((.((((((.((((((((((((((..,.((((((...)))))}...{({{({,.((((((((..........)))))))),{{{{((((({{(((,.,,,{{.(((((((((....)))).....))))).)),.},)))),}},.}}}}}|||||{...,.,..,,{{,|,,.))))),,.{{{,.....,})).)))))))..}))}..))).))))))).)))))))))),)})))).))).))).)))))))))......((((((((....)))))))).,,{{,{,((,,,||,|..}|||{{{{({{{{{,,.(((.((((.(((((((,.....{((((..((((((.......)))))))))))))))))).)))))))...........,,,||}}},,,}))}.}}|{.,,,,)),,,,,}}}))))}}}}))).)))))))}}))}.}}(((((((......)))))))))))))))))))}}}})}........,||{,{{{{({.{{{{..{{.|{||,,||||||||.{{.((((((....(((((((((....))))))))}.......((((((.(((....))).))))))(((((......)))))....(({{,(((((((......))))))).,})))}}..)))))).))|||,,.....}})))..)))}))}))}|||,...||}}{{{{....((((.(((((.(({...})).))))).)))).}}}},,,......)))).

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_000408.5 NCBI
GAGUGACAGCCCCGCGCGCCUCGCUGGGAGCACCCGGGCCGAGGCUCUG… 5812 nt 0.3932
NM_001083112.3 NCBI
AGCAUUCCACCCCCUGGAGCUUGGGCUUGGUCUUCCCUGCGGGUCCCUG… 5930 nt 0.3988
Summary

The protein encoded by this gene localizes to the inner mitochondrial membrane and catalyzes the conversion of glycerol-3-phosphate to dihydroxyacetone phosphate, using FAD as a cofactor. Along with GDP1, the encoded protein constitutes the glycerol phosphate shuttle, which reoxidizes NADH formed during glycolysis. Two transcript variants encoding the same protein have been found for this gene.[provided by RefSeq, Jan 2010]

Forensic Context

A study in the Oncopig (Sus scrofa) model of alcohol-induced liver fibrosis demonstrated that the GPD2 was upregulated in fibrotic livers, where it contributes to oxidative stress [Yasmin et al. DOI:10.1016/J.Biochi.2020.12.022].