Basic Information

Symbol
GPM6B
RNA class
mRNA
Alias
Glycoprotein M6B M6B Neuronal Membrane Glycoprotein M6-B MGC17150 MGC54284 Protolipid M6B M6b
Location (GRCh38)
X:13770939-13938638
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Mechanical injury analysis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001001995.3
Sequence length
3118.0 nt
GC content
0.3938

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-821.10 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -885.32 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1117.14
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001001994.3 NCBI
AGCGCAGCCCGCAGAAGCCCGGUCAGCGCACGUGCCCGCGAGACCUGCA… 4474 nt 0.3726
NM_001001995.3 NCBI
AGAGCGAAAUUGACGCUGACAAGACUUUUGCAUCUUGGAAGGGACUGUA… 3118 nt 0.3938
NM_001001996.3 NCBI
AGAGCGAAAUUGACGCUGACAAGACUUUUGCAUCUUGGAAGGGACUGUA… 4712 nt 0.3720
NM_001318729.2 NCBI
AGCGCAGCCCGCAGAAGCCCGGUCAGCGCACGUGCCCGCGAGACCUGCA… 2880 nt 0.3965
NM_005278.5 NCBI
AGAGCGAAAUUGACGCUGACAAGACUUUUGCAUCUUGGAAGGGACUGUA… 4592 nt 0.3669
Summary

This gene encodes a membrane glycoprotein that belongs to the proteolipid protein family. Proteolipid protein family members are expressed in most brain regions and are thought to be involved in cellular housekeeping functions such as membrane trafficking and cell-to-cell communication. This protein may also be involved in osteoblast differentiation. Alternate splicing results in multiple transcript variants. Pseudogenes of this gene are located on chromosomes Y and 22. [provided by RefSeq, Jan 2016]

Forensic Context

A study in humans demonstrated that the GPM6B mRNA was down-regulated by 39% in pericontusional brain tissue from a patient with traumatic brain injury (TBI) compared to control tissue, as identified through cDNA microarray analysis [Michael et al. DOI:10.1016/j.jocn.2004.11.003].