Basic Information
Symbol
GPNMB
RNA class
mRNA
Alias
Glycoprotein Nmb
HGFIN
NMB
Hematopoietic Growth Factor Inducible Neurokinin-1 Type
Glycoprotein Nonmetastatic Melanoma Protein B
Glycoprotein (Transmembrane) Nmb
Transmembrane Glycoprotein NMB
Glycoprotein Nmb-Like Protein
Osteoactivin
Hematopoietic Growth Factor Inducible Neurokinin-1
Transmembrane Glycoprotein HGFIN
Transmembrane Glycoprotein
PLCA3
Location (GRCh38)
7:23235967-23275108
Forensic tag(s)
Sudden cardiac death diagnosis
MANE select
Transcript ID
NM_002510.3
Sequence length
2650.0 nt
GC content
0.4487
Secondary Structure
Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-751.90 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy:
-799.27 kcal/mol
Frequency:
0.0000
Diversity:
923.53
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts
| ID | Sequence | Length | GC content |
|---|---|---|---|
| AGAAGAACACUGUUGCUCUUGGUGGACGGGCCCAGAGGAAUUCAGAGUU… | 2686 nt | 0.4475 | |
| AGAAGAACACUGUUGCUCUUGGUGGACGGGCCCAGAGGAAUUCAGAGUU… | 2650 nt | 0.4487 |
Summary
The protein encoded by this gene is a type I transmembrane glycoprotein which shows homology to the pMEL17 precursor, a melanocyte-specific protein. GPNMB shows expression in the lowly metastatic human melanoma cell lines and xenografts but does not show expression in the highly metastatic cell lines. GPNMB may be involved in growth delay and reduction of metastatic potential. Two transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, Jul 2008]
Forensic Context
A study in mice demonstrated that the GPNMB identifies a prophagocytic ischemia-associated macrophage subset (MAC_Gpnmb) highly expressed at 7 days post-myocardial infarction, associated with lysosome and cholesterol metabolism pathways and exhibiting high phagocytosis and fatty acid oxidation scores, where its overexpression enhances phagocytosis in a fatty acid oxidation-dependent manner [Zhuang et al. DOI:10.1161/JAHA.122.027228]. A review further notes that the GPNMB serves as a marker for profibrotic and phagocytic macrophages, being characteristic of the MAC-Gpnmb cluster and upregulated in Bhlhe41+ macrophages during post-infarction remodeling [Bian et al. DOI:10.3892/mmr.2025.13680].