Basic Information

Symbol
GPR34
RNA class
mRNA
Alias
G Protein-Coupled Receptor 34 LPS1 Probable G-Protein Coupled Receptor 34 Lysophosphatidylserine Receptor 1 Putative G-Protein Coupled Receptor 34 LYPSR1
Location (GRCh38)
X:41688973-41698371
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Sudden unexpected death diagnosis Forensic psychiatry evaluation
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001097579.2
Sequence length
1926.0 nt
GC content
0.3479

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-407.40 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -447.45 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 462.64
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...........(((((((((((.(((.(((.(((((((.(.(((((..(((((((((....((.((((...(((((((((............)))))))))...)))).))((((...((((.........))))...))))..)))))).))).(((((................)))))..))))).).(((((....)))))((((...(((((((((((....((.......))...)))))).)))))...)))).(((.(((.(((.......)))))).)))..(((((.........)))))(((.......)))..))))))).)))..))))))((((((((((((((.....(((......(((......)))........................((((..(((((.((((((((.(((((((...((.......((((.....)))).........))..))))))))))))))).)).)))..))))....((((.............)))).......(((((.(((......)))...)))))((((.....)))).....(((((..............))))).............((((((...))))))...........))).....)))))).))))))))...))))))))..(((.(((((.....))))))))..(((((.(((....(((((((.((((((.((.(((((((....((....))....))))))).))(((((((((((((((((..(((.(((((.((((...(((......((((((((.((((((..(((((((((((((((....(((.....(((((((....((.((((((((((......)))....((((((....(((......)))....)))))).((((((((((((......(((.((....)).))).......)))))..)))))))........))))))).))..))))))))))...))))))))))))(((((((....)))))))...............(((((....)))))....)))..)))..)))..))))))))....)))...))))...))))).)))...)))..))))))))).......(((((((..........))))))).....))))).((((((((((.(((..((((........(((((((((((((.(((..((.((......)).))...))).)))).)))).)))))..(((((......)))))..........)))).))).))))))))))..........)))))))))))))((((((....))))))...........((((......)))).......(((((((((((((((..(((((((.(((((((.((((.....(((((...(((..................)))..)))))......))))..)))))))......(((((.......)))))(((..(((((....((((.((...)).)))).)))))..)))..((..((((((((((.....(((((((((((((((((.(((((((..((((((((((((..............)))))..(((((........))))).)))))))..)))))))...((((((.(((((.((.................)).)))))))))))(((((((.((...................)))))))))))))...)))))))).))))).))))))))))..))....((((((...))))))(((.((((((....((((......))))....)))))).)))...)))))))))))...))))............)))))))................))).)))))..........
Thermodynamic Ensemble Prediction
.......,,,.(((((((((((.(((.(((.(((((((.,........({{...(((({.{(({{,{{{,.{{|{{{(({...{{.{{{,,,|||{((((....))))),.((((...((((.........))))...))))...{{|,,.},,....,..,||,..,,,......||||||||},,|},.{{{{{..,,||}||{{{{...(((((((((((....((.,....,))...)))))).)))))..,)))),)}.}}}}.,{||,...,.))))).})))}.|||{{.........}||||(({.......))).,))))))).)))..))))))((((((((((((({.....,,,......(((......))).............,,..,,,....{(((,.({(((.((((((({{(((((((,,.((.......{(((.....)))).........)).,))))))))))))))).))},)).,))}}....((((.............)))).......,,....|{{......}}}...,,,..((((.....)))).....(((((..............))))).,,,,.....,..((((((...}))))).........,}})),....}))))).))))))))...)))))))),.(((.(((((.....)))))))).,....{{(((((((((((((({,,((((,({.(((((((....,,....,,....))))))).}},,,,.((((((((({((..(((.(((((.((((...(((......((((((((.((((((..((({{(((((({,{{,,..{{,.,,..,,,,,,,....{{,(((((({(({.,....}}}....{|{{{{||,.|||.,}}}.))}}},,,,,}},.{(((((((((((....,.{{{.((....)).))).,.....)))))..}))))))........}}}}}}}.,,..}}}}|||||||||,}}||},,,}}}||||{{|...,||||||,...})))))),,,,.||||{....})))),||.}))..)))..)))..))))))))....)))...))))...))))).)))...})}..))))))))).......,(((((((({..{{{..|,}}|||.....,}))}.|||{,|||||}|{|,..,,.........(((((((((((((.(((..((.((......)).))...))).)))).)))).)))))}}|||||}}}}..,,,,..}}}}}}}}})))}.,,,.,|||||}|||{.{,,,,..,|||}},,,,,}}.((((((....))))))...........((((......)))).,,{{,,(({{{((((((({{{..(((((({.(((((((.((((.....(((((...{((..,,........,.....}}}..)))))......))))..)))))))......{{(((.......))))}|{{.,(((((,,,.((((.((...)).)))).,}))},,)))},,{..((((((((({.....(((((((((((((({{{,(((((((.,((((((((({{{.............,)))),.,||||{........||}}|.}})))}}..})))))),},(((({{{(((((.((.................)).))))))))))),{,(((({((,...}}}}}}}}...,{{{|.,,,))))}..,..,)))))))).))))).))))))))))..}}....((((({...}))))),,,,{{{{,,....{{||......)},,....}))))...})})}))))))))}})...}))),,,,,,,,,...)})))))....,.{{{{{,.........,,}}},.....,,.

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001097579.2 NCBI
AACCAAUUGCACCACGACCGGAUGGAAGAGCCCAGCUGACACAACCAAG… 1926 nt 0.3479
NM_005300.4 NCBI
AACCAAUUGCACCACGACCGGAUGGAAGAGCCCAGCUGACACAACCAAG… 1850 nt 0.3476
Summary

G protein-coupled receptors (GPCRs), such as GPR34, are integral membrane proteins containing 7 putative transmembrane domains (TMs). These proteins mediate signals to the interior of the cell via activation of heterotrimeric G proteins that in turn activate various effector proteins, ultimately resulting in a physiologic response.[supplied by OMIM, Apr 2006]

Forensic Context

A systematic review of postmortem human brain studies found that the GPR34 mRNA, a microglial marker, shows increased transcription in the dorsolateral prefrontal cortex of individuals who died by suicide compared to controls [Yamamoto et al. DOI:10.3390/Ijms25115750].