Basic Information

Symbol
GPT2
RNA class
mRNA
Alias
Glutamic--Pyruvic Transaminase 2 ALT2 Alanine Aminotransferase 2 Glutamate Pyruvate Transaminase 2 Glutamic Pyruvate Transaminase 2 Glutamic--Alanine Transaminase 2 EC 2.6.1.2 GPT 2 Glutamic Pyruvate Transaminase (Alanine Aminotransferase) 2 NEDSPM MRT49 AAT2
Location (GRCh38)
16:46882857-46931298
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Cause of death analysis Sudden death from CNS diseases
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_133443.4
Sequence length
3992.0 nt
GC content
0.5644

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1602.30 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1667.14 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1265.01
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001142466.3 NCBI
CUCUUUUUGUGCCAGGGUUUCUCUCCGCAAGCGCGCGAUGCAGCGGGCG… 4385 nt 0.5603
NM_133443.4 NCBI
GGCGCGGGCGCCGGGCGCGGGGAUGCGGCUGUGGGCGCCGGGGCCGGGU… 3992 nt 0.5644
Summary

This gene encodes a mitochondrial alanine transaminase, a pyridoxal enzyme that catalyzes the reversible transamination between alanine and 2-oxoglutarate to generate pyruvate and glutamate. Alanine transaminases play roles in gluconeogenesis and amino acid metabolism in many tissues including skeletal muscle, kidney, and liver. Activating transcription factor 4 upregulates this gene under metabolic stress conditions in hepatocyte cell lines. A loss of function mutation in this gene has been associated with developmental encephalopathy. Alternative splicing results in multiple transcript variants. [provided by RefSeq, Apr 2015]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that the mRNA for glutamic pyruvic transaminase-2 (Gpt2) was relatively upregulated in adult animals compared to young ones following a severe burn injury, indicating its involvement in age-specific metabolic responses to trauma [Song et al. DOI:10.1038/s41598-022-26040-1]. In human newborns, the protein biomarker glutamic pyruvic transaminase-2 (GPT2) is noted in the literature as having elevations that could be used to diagnose hypoxic-ischemic encephalopathy, a condition resulting from perinatal asphyxia [Lai et al. DOI:10.1016/j.pedneo.2024.05.002].