Basic Information

Symbol
GRIA3
RNA class
mRNA
Alias
Glutamate Ionotropic Receptor AMPA Type Subunit 3 GluR-K3 GluR-3 GluR-C GluA3 GLURC Glutamate Receptor 3 IGluR3 MRX94 GLUR3 Glutamate Receptor, Ionotrophic, AMPA 3 AMPA-Selective Glutamate Receptor 3 AMPA Receptor Subunit GluA3 Glutamate Receptor, Ionotropic, AMPA 3 Glutamate Receptor Ionotropic, AMPA 3 Glutamate Receptor Subunit 3 Glutamate Receptor C DJ1171F9.1 MRXSW
Location (GRCh38)
X:123184023-123490915
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Mechanical injury analysis Drug abuse diagnoses
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_007325.5
Sequence length
5148.0 nt
GC content
0.4328

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1449.90 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1552.32 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1365.93
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_000828.5 NCBI
AAGAAAGGAAGAGAGAGCGAGCGAGAGAGAGCGAGCGAAUAAGAGAGAG… 5148 nt 0.4332
NM_001256743.2 NCBI
AAGAAAGGAAGAGAGAGCGAGCGAGAGAGAGCGAGCGAAUAAGAGAGAG… 957 nt 0.4817
NM_007325.5 NCBI
AAGAAAGGAAGAGAGAGCGAGCGAGAGAGAGCGAGCGAAUAAGAGAGAG… 5148 nt 0.4328
Summary

Glutamate receptors are the predominant excitatory neurotransmitter receptors in the mammalian brain and are activated in a variety of normal neurophysiologic processes. These receptors are heteromeric protein complexes composed of multiple subunits, arranged to form ligand-gated ion channels. The classification of glutamate receptors is based on their activation by different pharmacologic agonists. The subunit encoded by this gene belongs to a family of AMPA (alpha-amino-3-hydroxy-5-methyl-4-isoxazole propionate)-sensitive glutamate receptors, and is subject to RNA editing (AGA->GGA; R->G). Alternative splicing at this locus results in different isoforms, which may vary in their signal transduction properties. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that the GRIA3 is part of a common cosplicing network of glutamatergic synapse genes in brain reward circuitry regions, implicating glutamate-mediated synaptic plasticity in the risk for methamphetamine intake [Hitzemann et al. DOI:10.3390/brainsci9070155]. In human postmortem cerebellar tissue, the GRIA3 was analyzed via qRT-PCR as a candidate gene from a microarray study investigating hypoxia markers after traumatic frontal cortex injury, though its specific forensic discriminatory efficacy was not detailed among the final validated combinations [Schober et al. DOI:10.1007/s00414-014-1129-3]. A study in human post-mortem brain tissues demonstrated that the GRIA3 (GRIA3) mRNA was down-regulated in chronic traumatic encephalopathy (CTE), CTE with Alzheimer's disease (CTE/AD), and Alzheimer's disease (AD) compared to normal subjects, as identified through transcriptome sequencing and differential expression analysis [Cho et al. DOI:10.1038/s41598-020-65916-y]. This down-regulation was part of a broader finding where AMPA receptor subunits and other memory function-related genes were commonly decreased in these head trauma-related neurodegenerative disorders.