Basic Information

Symbol
ALKBH1
RNA class
mRNA
Alias
AlkB Homolog 1, Histone H2A Dioxygenase ABH ALKBH HABH AlkB Alpha-Ketoglutarate-Dependent Dioxygenase ABH1 Alkylated DNA Repair Protein AlkB Homolog 1 DNA N6-Methyl Adenine Demethylase ALKBH1 MRNA N(3)-Methylcytidine Demethylase DNA Oxidative Demethylase ALKBH1 Nucleic Acid Dioxygenase ALKBH1 DNA 6mA Demethylase DNA Lyase ABH1 ABH1 AlkB, Alkylation Repair Homolog 1 (E. Coli) AlkB, Alkylation Repair Homolog (E. Coli) TRNA N1-Methyl Adenine Demethylase AlkB, Alkylation Repair Homolog 1 Alkylation Repair, AlkB Homolog DNA Demethylase ALKBH1 EC 1.14.11.51 EC 1.14.11.33 EC 1.14.11.- EC 4.2.99.18
Location (GRCh38)
14:77672404-77708023
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_006020.3
Sequence length
2597.0 nt
GC content
0.4490

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-769.90 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -817.55 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 682.48
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((((.(((((((((..((((((((((..(((..(..((.(((((((.((.((.......)).)).))))))).))..)..)))...(((((....)))))))))).)))))...)).(((((((((((...(.(((((..((((((.((((....)))).))))).).....))).)))...)))))))).)))....((.(((.......))).))..((((((.((((((......)))))).))))))((((((((.(....((((........).))).(((((.((....)).)))))..((((((..........................))))))........(((((((.......))))))).............(((((.....((((((.(((((((((((...((((.((((..............)))).))))(((((..........)))))...((((((((((.........((((..((((((.(((((.......))))).))..))))..)))).(.(((((.......((.(((((((((.((((((((((((((..........(((((((((((((..(((((......))))).(((.((((...)))).)))((((.(((((...(((((((((((((((((...........((((....((((.(((......))).)))).))))...((((((...)))))).........))))))).....))))).)))))..................(((.(((((..(((((((..(((((((((((((..(((....)))..).)))).(((((.......)))))))))))))....))).))))))))).)))..))))).)))).........)))))))))))))..((((((........))))))......(((((((((((((..((((...(((.(((...))))))))))..))))))).))))))((((.(((((..(((((..(((.(.(((((....)))))).)))...))))).)))))))))........((((((((...........))))..))))..(((((((......((((.(((....))).)))).((((.(((.(((((((((.((((((((.((((......))))......(((((((...(((((((.............((((..(((..((.((((.........)))).))))).))))(((((((..(((.(((((((((((((...(((..(((((((((((.(.(((.(((((.((((((.((((..(((...))).)))).)))...((((((......)))..)))..))).)))))))))))).))))).)))...)))))))).........(((((((((.(.((....(((((......)))))...)).).)))))))))..(((((..(((((...))))))))))((((((((((....(((((.((.((((....))))))))))).........(((((((..(((.(((((.((((((.(((((.((....(((((((((((....((((((...)))))).......((((..................))))...((((((...))))))....(((((((((.....))......)))))))....))))).))))))..)))))))..)))).....(((((((((((..((((...................))))..))))))))))).....((.....))..))..))))).)))..)))))))..((((......((((..(.((((.((((...((((((((..(.((((.......)))).)...))))))))...)))).)))).)..)))).......))))...))))))))))((((((......))))))......))))..))))))).))))))).))))))).)))))))....)))))))).))))))))).))).))))((((..(.....)..)))))))))))............))))))).......))))))....(((((((........((((((.....)))))).......)))))))...).))))))))).))))))).)(((((((.....(((.....))))))))))....))))))))))..............(((.....)))..)))))))))))..))))))..)))))..((((((.((.((((......)))).)).)))).))..(((((...((((...))))...)))))...(((((.((.........)))))))..((((((....((((((((.((((......))))(((((........((.((...(((((......)))))...)).))..))))).))))))))....))))))....((((((..........)))))).......).))))))))..((((.((....(((((((....(((((.....)))))..))))))))).))))((((((......))))))....)).)))))))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
.(((((,{{,((((((..(((((((((({{(((..{.,||.{((((((.((.((.......)).)).))))))},||,,|.,|||,,,{((((....))))||||||.,,,,,,}})}.||||(((((((...{.(((((..{(((((.((((....)))).))))).}....,}}}.))}...)))))))).))),..,|||||,,...|||},.(((..((((((.((((((......)))))).))))))..))),{|}|,,,.{||||||.....)}))).(((((.((....)).)))))..{{((((..............,.,.,...,,,.)))})},,,,....(((((((.......))))))).............(((((.....((((((.(((((((((((...,,,,.((((.......},,}.,.||}|.||||(({{{{{,,{,,,..||}}},{.((((((((((,,,{{((..((((..((((((.(((((......,))))).))..))))..)))),{|||.{{,,,....{{((((((((,{((,,..,,{((((({..,.......(((((((((((((..{((((......))))).{{{.(({{,.{}|||,||}((({.{(.((((((((((((((((((((((,,,,,{.....((({.(..((((.(((......))).)))),))))...((((((...))))))..,{,,,,.}}}}|||,....})))))))))).,||||{....,{,,...(({,(((({.,((((((({.(((((((({{((,{,{{(,,..,,)},}.)))),(((((.......)))))))))))))..,.))).)))))}|||,}}}...}}})}),||,,,......}})))))||}|||..((((((........)))))),,}.,,|{(((((((((((..{{((...(((.(((...))))))})))..))))))).))))||({((,(((((..(((((..(((.(.(((((....)))))).)))...))))).))))))))).,}}.....,|||||{..},...},}}}))),.},,...((((((.{(.....,||.,||}}}}||,.||||{,,,,}|||,{{{||{{{{.,{{{||||}||||,,...,)))).,.,,,{{{{|||}}}|||||||,,,...,,,,.,|||||...))}},,.|||||{{{,{{,|,,,,}},}}},}}},(((((((..(((.((((((({(((((,..{((,.((({(((((,{,{,((,{(((((.((((((.{(((..(((...))).)))}.)))...((((((......)))..)))..))).))))))))))}).))))).))).,.)))))))).........(((((((((.{.{{....(((((......)))))...)).}.))))))))).{(((((..(((((...))))))))))|(((((((((..,.(((((.((.((((....))))))))))}.........(((((((..(((.(((((,(,((((.(((((.{{....(((((((((((....((((((...)))))),,.....{{{,..................}))}...((((({...})))))....(((((((((.....))......)))))))....))))).))))))..)})))))..)))}.....(((((((((((..((((....,........,,....))))..))))))))))).....((....,)}..)),.})))).)))..)))))))..((((......((((..(.((((.((((...((((((((,.(.((((.......)))).}.),))))))))...)))).)))).)..)))).......))))...))))))))),((((((......))))))......)))),.})))))).))))))}.}))))}},))))}},....}))))))}.))))))))).,}}.}}}}||,..,}}}},..}}).))))}}}}{({{{(((((((..(((((.{(((((.((,{..,...(((((((........((((((.....)))))).......)))))))....,..,.,,.}}.)))))})))))..))).....)))))))}......}))}....)))))))))),,,||,..,}}}.,||,.....,},.,)))))))))))..))))))..))))).,{{((((.((.((((......)))).)).)))).})..(((((...((((...))))...)))))...((((({(,........})))))))..((((((..,.((((((((.{{((......)))}(((((,,......{{,((...({(((......)))))...)}.}))}))))).)))))))).,..))))))....((((((.,......,.)))))).,,,,,.,.||||||,|,,{,,........{{{{{{|....(((((.....)))))..}))))}}})})))|{(((((......)))))}}..,}},}})))))))}.

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_006020.3 NCBI
AGAGGGUAUAGGCCGCGAGAUGGGGAAGAUGGCAGCGGCCGUGGGCUCU… 2597 nt 0.4490
Summary

This gene encodes a homolog to the E. coli alkB gene product. The E. coli alkB protein is part of the adaptive response mechanism of DNA alkylation damage repair. It is involved in damage reversal by oxidative demethylation of 1-methyladenine and 3-methylcytosine. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

No relevant information is available at the moment.