Basic Information

Symbol
GRIK1
RNA class
mRNA
Alias
Glutamate Ionotropic Receptor Kainate Type Subunit 1 GluK1 GLUR5 Glutamate Receptor Ionotropic, Kainate 1 Excitatory Amino Acid Receptor 3 Glutamate Receptor 5 GluR-5 EAA3 Glutamate Receptor, Ionotropic, Kainate 1 GluK1(Del_e2) GluR5 EEA3 GLR5
Location (GRCh38)
21:29536933-29940033
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
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External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001330994.2
Sequence length
3643.0 nt
GC content
0.4730

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1131.30 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1196.48 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1053.37
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_000830.6 NCBI
AGUUAACCUGCUGGAGCUCAUCAGGCUUGCUCAGAGCCCCUGCACCAAC… 5861 nt 0.4214
NM_001320616.2 NCBI
AGUUAACCUGCUGGAGCUCAUCAGGCUUGCUCAGAGCCCCUGCACCAAC… 3556 nt 0.4767
NM_001320618.2 NCBI
AGUUAACCUGCUGGAGCUCAUCAGGCUUGCUCAGAGCCCCUGCACCAAC… 3139 nt 0.4858
NM_001320621.2 NCBI
AGUUAACCUGCUGGAGCUCAUCAGGCUUGCUCAGAGCCCCUGCACCAAC… 3085 nt 0.4791
NM_001320630.2 NCBI
AGUUAACCUGCUGGAGCUCAUCAGGCUUGCUCAGAGCCCCUGCACCAAC… 1738 nt 0.5178
NM_001330993.2 NCBI
AGUUAACCUGCUGGAGCUCAUCAGGCUUGCUCAGAGCCCCUGCACCAAC… 3598 nt 0.4733
NM_001330994.2 NCBI
AGUUAACCUGCUGGAGCUCAUCAGGCUUGCUCAGAGCCCCUGCACCAAC… 3643 nt 0.4730
NM_001393424.1 NCBI
AGUUAACCUGCUGGAGCUCAUCAGGCUUGCUCAGAGCCCCUGCACCAAC… 7163 nt 0.4033
NM_001393425.1 NCBI
AGUUAACCUGCUGGAGCUCAUCAGGCUUGCUCAGAGCCCCUGCACCAAC… 7208 nt 0.4036
NM_001393426.1 NCBI
AGUUAACCUGCUGGAGCUCAUCAGGCUUGCUCAGAGCCCCUGCACCAAC… 5693 nt 0.4219
Showing 1 to 10 of 12 entries
Summary

Glutamate receptors are the predominant excitatory neurotransmitter receptors in the mammalian brain and are activated in a variety of normal neurophysiologic processes. This gene product belongs to the kainate family of glutamate receptors, which are composed of four subunits and function as ligand-activated ion channels. The subunit encoded by this gene is subject to RNA editing (CAG->CGG; Q->R) within the second transmembrane domain, which is thought to alter the properties of ion flow. Alternative splicing, resulting in transcript variants encoding different isoforms, has been noted for this gene. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

A study in humans demonstrated that the GRIK1 exhibited differential expression in the cerebellum, mediodorsal nucleus of the thalamus, and striatum compared to other brain regions, though its expression in the hippocampus showed no significant change between controls, alcoholics, and cocaine addicts [Enoch et al. DOI:10.1111/Gbb.12179]. In mice, peripheral nerve injury led to a significant downregulation of the GRIK1 in injured dorsal root ganglia [Wu et al. DOI:10.1177/1744806916629048].