Basic Information

Symbol
GRIK2
RNA class
mRNA
Alias
Glutamate Ionotropic Receptor Kainate Type Subunit 2 GluR-6 GluK2 EAA4 GLUK6 GLUR6 MRT6 Glutamate Receptor Ionotropic, Kainate 2 Excitatory Amino Acid Receptor 4 Glutamate Receptor 6 Glutamate Receptor, Ionotropic, Kainate 2 Putative NMDtranscript(Cassette_171nt) Excitatory Amino Acid Receptor 4‘ Glutamate Receptor Form A Glutamate Receptor Form B Glutamate Receptor Form C Glutamate Receptor Form D Glutamate Receptor Form E GluK2(Alt_5'UTR) BA487F5.1 NEDLAS GluR6 GLR6
Location (GRCh38)
6:100962701-102081622
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Drug abuse diagnoses
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_021956.5
Sequence length
4722.0 nt
GC content
0.4291

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1329.50 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1423.18 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1161.84
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001166247.1 NCBI
GCUCGCGCGGCCGGACAUUGUGGGUGUGCGUGCUGGAUUUCUCCCGGAU… 4724 nt 0.4183
NM_021956.5 NCBI
ACUCGCGCUCGGCGCCGGCGGCUGCGCUGGUCGGUCUGGUAGCUGGGGA… 4722 nt 0.4291
NM_175768.3 NCBI
GCUCGCGCGGCCGGACAUUGUGGGUGUGCGUGCUGGAUUUCUCCCGGAU… 4679 nt 0.4185
Summary

Glutamate receptor s are the predominant excitatory neurotransmitter receptor s in the mammalian brain and are activated in a variety of normal neurophysiologic processes. This gene product belongs to the kainate family of glutamate receptor s, which are composed of four subunits and function as ligand-activated ion channels. The subunit encoded by this gene is subject to RNA editing at multiple sites within the first and second transmembrane domains, which is thought to alter the structure and function of the receptor complex. Alternatively spliced transcript variants encoding different isoforms have also been described for this gene. Mutations in this gene have been associated with autosomal recessive cognitive disability. [provided by RefSeq, Jul 2 008]

Forensic Context

A study in humans demonstrated that the GRIK2 exhibited differential expression in the cerebellum, mediodorsal nucleus of the thalamus, and striatum compared to other brain regions, and its expression in the hippocampus showed a nominally significant difference between controls and substance-exposed groups, though this did not survive FDR correction [Enoch et al. DOI:10.1111/Gbb.12179]. In mice selectively bred for ethanol preference, the GRIK2 was identified as part of a group of differentially wired genes associated with neuron part in the nucleus accumbens shell [Colville et al. DOI:10.1111/Gbb.12367].