Basic Information

Symbol
GRIK4
RNA class
mRNA
Alias
Glutamate Ionotropic Receptor Kainate Type Subunit 4 GluK4 KA1 GRIK Glutamate Receptor, Ionotropic, Kainate 4 Glutamate Receptor Ionotropic, Kainate 4 Excitatory Amino Acid Receptor 1 EAA1 Putative NMDtranscript(AltAcc_e11) Glutamate Receptor KA-1 Glutamate Receptor KA1 GluK4(Alt_5'UTR) GluK4-2
Location (GRCh38)
11:120511717-120988906
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Other applications
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_014619.5
Sequence length
5815.0 nt
GC content
0.5288

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2087.90 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -2197.84 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1299.47
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..........((((((((((((..((((((((..(((((...((((((((.((..(........)..))..))))))))..)))))))))))))...))))))(((.((((........)))).).))((((((((((((((((((..((((.((((((((....((((......)))))))))))).))))...(((((((((...((((...((((((((((..((((((((((.((......))))))........).)))))..))))))))))(((....)))......(((((.((((.(.((((((((((((((((((((.((((((((((((...((((((((.(((((..(((((..(((((((((((..(((((..((((((......))).)))..))))).....((((((((((((.........(((((.....(((.......)))...(((.((((((((((..(((...((((.....((((.((((((((...)))))))).(((((.(((..(((.(((.......)))))).......(((....)))))).)))))))))...))))...)))..)))))))))))))(((((....(((......)))))))).(((((((....))).))))....)))))...((((((((((....(((((((((...(((.((((......)))).))).....((((.((.(((....))).)).)))).)))))))))..)))))))))).....(((........)))....(((((......)))))................))).)))))))))(((...(((((......)))))...)))(((.(((((.....))))))))...((((.......)))).)))))))))))...)))).)..).))...)).))))))))...)))))).................((((((((((......((...))......))))))))))..............................((((((....))))))(((((((((.(((((...(((((..........))))).))).)).))))))))).(((((..(((((.(((((.(((.(((...((.....))........(((((((((((((..(((((.((.((((.((((((((((((.(((((((((((((((((((......((((((((((((((.((((((.(((((((.(((...))).)))(((..((((.....(((.....)))))))))).(((((((((((((..((((((((.((((((((((((.((.....((((.......))))((((((((.((((((.(((((..(.((((........(((...((((((((((((((((..(((((..(((......)))..)))))..)))))...(((......))).((((....(((.((((((.....(((((((........))))))).(((........)))..)))))))))...))))..(((((((..((.(((((((((....(((...((((....)))).))).....))))))..)))..))..)))))))......))))))))).)).....))))))))..)))))..)))))).))))))))((((((((((((((((((((((((((((.((....)).))))))))..)))).((((.(((.(((.......))).))).))))....(((((((.(.(((..((((((.((...((.((.((((......((((((((.(((((((.((((((((.(..((.((....)).))..))))))))))).))))).)).)))))).)))))).))...))))))))..)))).)))))))..((((((...((((((.(.(((((((.....(((((..(((....((.(((((((((.(((.((.....)).))).))))))))).))..(((.(((((..(((....(((((.((((((((((.(((...(((....)))..))).)....)))))))))..(((((.((((.((((((((((((((...((.(((...))).)).....)))))))).)))........(((((((((..((((.(((((((((((......))(((........)))........((.((..((((.(((((((.(((((((((...)))))).((((((.((....(((((((.((..((((....))))..)))))))))..))))))))..))).)))))))))))..)).)).................)))))))))))))..))))).))))................((((((((...((((((.....))))))..(((((((.......(((((((((.....)))).)).))))))))))((...)).(((.....((((.......((((.....))))......))))....)))))).)))))))).)))).))))))))))...))).))))).))).(((((....)))))..........(((.((((((.....(((.(((((...((......))....))))).)))...)))))).))).((.((......)))).))).))))).....))))))).).))))))))))))........))))).))).))))))))......)).))))....(((((((((....)))))))))(((((((((....)))))).)))....((((......)))))))).))))))))))))...))).).)))))))))))))))))))...))))..))))))))))...(((((((((((((((((((..(((((((.(...((((.(.((........)).).)))).).))))))).))))).))))............)))).)))))).((((..(((((.(((((((.....))).)))))).....)))..))))(((((((((.(((.(.((((......))))).))).)).).)))))).....))))))((((((((..(((....))).))))))))))))))))))(((..((((.......))))...)))..))).)))).)))......))))).))))))...)))))......(((((((..((((((((((((..((((((((((((....))).)))((((((((((((.....((((.((...(((.((((.....(((.((((.((....((((..((....((((((((..((((((..(((..(((((....))))).(((.((((.((((....)))..).)))).)))((((((.((((((((((((........))))..((((((((((.........))))))))))..............(((((((((((((((((((((...))))))))..((((((.......))))))(((((((.....)))..))))..((((.(((((.........))))..).))))((((...))))...............((((((((.....))))))))......))))))))))))).)))))))).))))))(((((((....(((((((((((((((((...((((((((((((((....................((((((..((((.(((.((((((.((..........)).)))))).)))........((((((..(((((.(((((......)))))..))))).)))))).))))..))))))..)))).))))))))))...))).)))...)))))))))))....)))))))..((.(((((((((......((((.((((((((......((((.(((......))).....))))............((((.(....(((((((......((((((..(((((.((((((((((((.(((((((..(((((((((.......(((((......)))))....))))...)))))...)))))..)).))))))))))))..(((((((((..(((.((((((.(((((((((((.(((((((((((((((((((.....(((((((((((((((...((((((.(((((((...))))).)...).))))))....))))))......)))))))).).....))))))...)))...)))))))......((((....))))((((........))))((((((((((..(......)..))))).)))))...))).)))))))).))).)))))))))....(((((((((((((....)))))))))))))...))))))))).....)))))..)))))).(((((.((..(((((.((((((...((((((((((((.((((((((((((((.((((.(((..(((((....((.((((((((((.(......).))))))).)))...)))))))))))))))))))..)))...)).)))).))))))))))))...)))...))))))))..))))))).)))))))...))))).))))).)))))))))))))))).))(((.((.(((..........))).)).)))..)))..)))))))))).))))....))..))))....)).)))).))).....)))))))..)))))).)))))))....)))))((((((......))))))....(((((((.................)))))))...........))))..))..)).))))).))))).)).)))))(((((((.(((((((((.................((((....))))...........(((((((((......(((........))).....)))))))))))))))))).)))).)))...))))...))))))))).....((((((((....(((.(((((((.((((((((((((.((.......)).)))).))).))))).)))))))...))).(((....)))((((((...........................))))))((((.((((.(((.....)))))))))))..............)))))))).))).)))))))))))))..))))))))))))))).)))))))).((((((((..(((((....((((((....((((........))))..(((((((.(.((.(((.((((....((((((..........)))))).))))))).)).))))))))..............((((....))))((((..(((((((((.....(((..........(((((((((((((.....(((....)))...))))...)))))))))..........)))...)))))))))...))))..))))))...))))).))))))))))))))))).)))).((((((.(((......)))))))))(((.((.....)).)))..))))).))))....)))))))))..))))))))))))...))))))....(((((((((...((((.((.((..(((((..(((((.....)))))......((((.(((..((.((((.......)))).))..))))))).)))))..)).))...))))...))).))))))...))))))..((((((((((...(((.(((......(((((.(((....))).)))))......)))..)))...)).)))))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
..........((((((((((((..((((((((,.{((((...((((((((.((..{.,......)..))..))))))))..)))))))))))))...))))))(({,((((........)))).).)){(((((((((((((((((..{(((.((((((((..,.((({..,,..)))})))))))).)))}...{(((((((({{{(,{{...((((((((((..((((({(({(.({......}.)}))..,,....)))))))..))))))))))(({....))}.,,,..{{{({.((((.(.((((((((((((((((((((.((((((((((((.,.((((((((.(((((..(((((.,(((((((((((.,(((((..((((((......))).)))..))))).,,..((((((((((((.........((({,.|,..(((.......))).,.(((.((((((((((..(((.{,({(({{,{.,{,,.,||||||{}},}}}}||||((((((.(((,.((({(((.,.....),))}),}.,},,(((....)))))).))))))))))}{|||}...))),.)))))))))))))(((((....{{{......}))))))).(((((((....))).))))...,}))}}...((((((((((....(((((((({...(((.((((......)))).))).....((((.((.(((....))).)).)))).}))))))))..)))))))))).....((,.....,,.}}}..,.(((((......))))}.,}.............))),,)))))))){((...(((((......)))))...))|((,{(((({.....}))))))),..((((.......)))).))))))))))).,.)))).)..),,)...)).)))))))).,.))))))............|,...((((((((((......((...))......))))))))))............................,{((((((....))))))||(((((((.,{(((...(((((..........))))).))).},.))))))),,.(((((..(((((.(((({{(((.(((...,,...,{({{{.,{{..((((((((((((({.{((,(.((.((((({{.((.(((((({(,(({{(({(((((((((({{((,.((((((((({((((((({{{,.((.((((.(((...))).)))).))}),,(,,(,.(((.....)))..}}))},(((((((((((((..((((((((.((((((((((((.((.,...((((.......))))((((((((.((((((.(((((..(.((((.......,(({...(((({{(((({,,{{,.,({{{({{(((,.....|||,.}},}),.)))))}|||||.,..,||||,{|{{,..{({(,((((((.....(((((((........))))))).(((........)))..}})))}.,..,.},,}..|((((((..((.(((((((((.,..(((...{{{,....})}},))}.....))))))..)))..))..))))))),,.,},))))))))),)).....})})))))..)))))..)))))).))))))))((((((((((((((((((((((((((((.((....)).)))))))}..)))).((((.(((.(((.......))).))).))))....(((((((,(.(((..((((((.((...((.((.((((......((((((((.(((((((.((((((((((..((.({....}).))..))))))))))),})))).)).))))))})))))).))...))))))))..))),}))))))).,(((({{,,.((((((.(.(((((((.....(((((..(((....((,(((((((((.((({{(,....)).))).))))))))),),..(((.(((((..(((,{..((((({((((((((({.(((.,.(((....)))..))).)....))))))))).,(((((.((((.((((((((((((((...((.(((...))).)}.....)))))))).)))........,{(((((((..((((.(((((((((((......}}{((........,,,........((.((..((((.(((((((.(((((((((...)))))).(((((({((....(((((((.((..((((....))))..)))))))))..))))))))..))).)))))))))))..)).)).................)))))))))))))..))))).)|||,,,.......,,|||,((((((((...((((((.....)))))).,(((((((........(((((({(.....)}}).}),)))))))))}{{...,,.|||....{(({,....,,,((((.....))))..,,..,}}}....}))))),}))))))).)))).))))))))))..,))).))))).))){(((((....))))).},...,,..{((.((((((.,,,.(({.(((((...{,.,,...}),.,.))))).)))...}))))).))).||,(({.....,))).))).))))).....))))))).).))))))))))))........)))))},)))})))))))......}).))))....(((((((((....))))))))){{(((((((....)))))),}},....((((......)))))))).))))))))))))}..))).).))))))))))))))))....,,|...,,))))))))))...{(((({{((((((((((((..(({{{({.|...((({.{,{{......}.)).),)))).),))))))}.|||||.||||(.((..{{{...})))}))((((((({{.,{{{{{.(((((((.....))).)))))),.,,.((((((....}})))}{({((||{,{{{{.,,.,,)))))))))})},)))}))))),.,{||||}}((((((((..(((....))).))))))))}}}}}}}}))|||},((((.......)))).|})))}}),}.)}}}}}).,}...}),)))}).))))}.})))},.||}}}|((((((..((((((((((((.,((((((((((((,,,,||}|||}({{{{(((((({...,.((((.((.,.{((,(({(,{{..{((.((((.{{....(({{..((....{(((((((..((((((..(((..(((((....))))).(((.((((.((((....))}..).)))).))).,(((({,,,,,,,.||||}....{{{||||...,(((((((((({{{{{{{|,|||||||||.............,,,,,,((((((((((((((({{{},,,))))..{{{(((,....,{||||||({{{{||,,,,.)}}.,}}}|{{((,,.,}|||}........,,||{{|{||,|((((.,{{||{,......{{{{{...((((((((.....))))))))}}))}.,,,,)))))))},..}||||,|{||||,,((({{(({{{{(((({,,,{{{{,,,{,{{.{(({{(({{{{||,.,,..,|.............|||||||||||,.|||.{|||||,.|},..,,,......}|||,|,|}|||||||,.((((((..(((((.,,,(({,....,}}))}}))))).)))))),}||}..}||}||{,|,||,}}}}}}))}),,,))))))).,.}))))))))))....))))))))},|}||||||,{({{{,,,(((..{{.,,,||..}}}}||}}}{((......))}.....))))}}}}}}}))).,{((({(,...,,{,,{,...}},|||{{{..(((((.,(((((((((((.(((((((,.(((((((((.......(((((......)))))....))))...)))))...))))}.})).))))))))))))}}||((((((...(((,(({(((.((({(((((((.{((((((((((((((((((.....{((((((((((((((.,.((((((.(((((((...))))).).....))))))..,.))))))......)))))))).).....)))))}..,)))...)))))))......((((....))))((((........)))){(((((((((..(......)..))))).))))}...))}.)))))))}.))).)))))))))..}}||||,({(({(((.,,{||||||||.,,,)}}}))))))),)}}.,.)))))..))))),.{{{{,,,..,,{{{|,||||||,.}||||||||||||}|,||||(((((((,,((((.(((..(((((....((.((((((((((.(......).))))))).)))..,)}))))))))))))))))}.,)))...||{||||{||||||,}},,,...,.,..,,)))))))}.,))))))})))))),...{||||{,,|||{.,,||||||||||,,,.,))}|.,,..||,.,,}},..})))..)})))).)))..)))))))))))}}}}....))..))))..,,}),}})).|))...,,}))))))}.)))))).))))))}...,))))){(((({......})))}},...(((((((,|.,.....}},},,..))})))),.........,)))),.))..)).))))).))))).)).))))|{||{(((,({{(({(((...,{,,,,,,..,|||{{{{.,..)}}}..|,.......,,,||,{{{{{{...|}}}}|,,,|{{.,,,.,,,.}}},.,,))))))))),)))),)))}..,)))}..))))))))).....|}|,}}))},..(((.(((((((.((((((((((((.((.......)).)))).))).))))).)))))))...))).,|,.,,,.,,,,,|||...........................,,|||,(((,,((((.(((.....))))))))))).,,...........,,,,,}},.))).)))))))))))))..)))))))))))))))))})))))).((((((((..(((((....((((((....((((........))))..((({{((.(,{{{(({.{,({,,..(((({,.|,.,,},,.))}}}}.,}))))),)),}))))))|,,{,....|||},,{{{|,,,.)||}((((.{(((((((((.....(((..........(((((((((,{((,.,..(((,......,}}),}))}})))))))))..........)))...))))))))},}.)))),.))))))...))))).))))))))))))))))).)))).((((({.(({......})})))))){{,.((.....)).,}}..}}))).,}))}},.})))))))}..)))))))))))}..,)))))}....(((((((((...((((.,,.((..(((((..(((((.....))))}......,,{{.(((..{{..((({......)))).}}..))),}},.)))))..)).,,...))))...))).)))))).,,))))))..((((((((((...(((.{((,,,...(((((.(((....))).))))),,},..,})..)))...)).)))))))).

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001282470.3 NCBI
CCUUUCCCGAUUCCCCGACGUUUCGGGAGGAGUGGGGUCGGAGCGCAGG… 5859 nt 0.5322
NM_001282473.3 NCBI
CCUUUCCCGAUUCCCCGACGUUUCGGGAGGAGUGGGGUCGGAGCGCAGG… 3013 nt 0.5616
NM_014619.5 NCBI
AGACUGCCUUCAGCUGCGGGCGGAUCGGGCUGGAGCCGCCACGGCUGCU… 5815 nt 0.5288
Summary

This gene encodes a protein that belongs to the glutamate-gated ionic channel family. Glutamate functions as the major excitatory neurotransmitter in the central nervous system through activation of ligand-gated ion channels and G protein-coupled membrane receptors. The protein encoded by this gene forms functional heteromeric kainate-preferring ionic channels with the subunits encoded by related gene family members. Alternatively spliced transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, Sep 2013]

Forensic Context

A study in humans demonstrated that glutamatergic genes, including the GRIK4, are moderately to highly expressed throughout the brain, with expression being fairly consistent across 16 regions except for the cerebellum, thalamic mediodorsal nucleus, and striatum [Enoch et al. DOI:10.1111/Gbb.12179].