Basic Information

Symbol
GRIK5
RNA class
mRNA
Alias
Glutamate Ionotropic Receptor Kainate Type Subunit 5 GluK5 KA2 GRIK2 Glutamate Receptor Ionotropic, Kainate 5 Excitatory Amino Acid Receptor 2 EAA2 Glutamate Receptor, Ionotropic, Kainate 5 Putative NMDtranscript(Del_e13-E15) Putative NMDtranscript(AltDon_e2) Glutamate Receptor KA-2 Glutamate Receptor KA2
Location (GRCh38)
19:41998316-42070240
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Drug abuse diagnoses
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_002088.5
Sequence length
4506.0 nt
GC content
0.6534

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2039.00 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -2111.58 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1002.63
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001301030.2 NCBI
ACUGCGCUCCAGGACCCAGCGCAGGCGGCAGGCGGGCAGGCAGGCGGCG… 4291 nt 0.6138
NM_002088.5 NCBI
ACUGCGCUCCAGGACCCAGCGCAGGCGGCAGGCGGGCAGGCAGGCGGCG… 4506 nt 0.6534
Summary

This gene encodes a protein that belongs to the glutamate-gated ionic channel family. Glutamate functions as the major excitatory neurotransmitter in the central nervous system through activation of ligand-gated ion channels and G protein-coupled membrane receptors. The protein encoded by this gene forms functional heteromeric kainate-preferring ionic channels with the subunits encoded by related gene family members. Alternative splicing results in multiple transcript variants. [provided by RefSeq, Jul 2014]

Forensic Context

A study in humans demonstrated that the GRIK5 was expressed to the same degree across all 16 examined brain regions in healthy adults and showed no significant expression change in the hippocampus of alcoholics or cocaine addicts compared to controls [Enoch et al. DOI:10.1111/Gbb.12179]. In mice selectively bred for ethanol preference, the GRIK5 was identified as part of a group of differentially wired genes associated with neuron part in the nucleus accumbens shell [Colville et al. DOI:10.1111/Gbb.12367].