Basic Information

Symbol
GRIN2A
RNA class
mRNA
Alias
Glutamate Ionotropic Receptor NMDA Type Subunit 2A GluN2A NR2A NMDAR2A Glutamate Receptor, Ionotropic, N-Methyl D-Aspartate 2A N-Methyl D-Aspartate Receptor Subtype 2A Glutamate Receptor Ionotropic, NMDA 2A N-Methyl-D-Aspartate Receptor Channel, Subunit Epsilon-1 Glutamate [NMDA] Receptor Subunit Epsilon-1 N-Methyl-D-Aspartate Receptor Subunit 2A Glutamate Ionotropic Receptor NMDA 2A HNR2A EPND FESD LKS
Location (GRCh38)
16:9753404-10183337
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Drug abuse diagnoses Other applications
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001134407.3
Sequence length
14706.0 nt
GC content
0.4406

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-4357.59 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -4647.48 kcal/mol
Frequency: 5.32359e-205
Diversity: 3590.49
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_000833.5 NCBI
ACUCACACACACACUCGCCCUCAAACACACCAGCCCGGAGCUGGGUUGC… 14600 nt 0.4388
NM_001134407.3 NCBI
CUCUUUCUCUCCCUACCUCCCUCGCUCAGCAGCUCCCGGUCGCACAACU… 14706 nt 0.4406
NM_001134408.2 NCBI
AGCCCUGCUGCAGAGCCUCCGGCUGGGAUAGCCGCCCCCCGUGGGGGCG… 14006 nt 0.4325
Summary

This gene encodes a member of the glutamate-gated ion channel protein family. The encoded protein is an N-methyl-D-aspartate (NMDA) receptor subunit. NMDA receptors are both ligand-gated and voltage-dependent, and are involved in long-term potentiation, an activity-dependent increase in the efficiency of synaptic transmission thought to underlie certain kinds of memory and learning. These receptors are permeable to calcium ions, and activation results in a calcium influx into post-synaptic cells, which results in the activation of several signaling cascades. Disruption of this gene is associated with focal epilepsy and speech disorder with or without cognitive disability. Alternative splicing results in multiple transcript variants. [provided by RefSeq, May 2014]

Forensic Context

A study in humans demonstrated that the GRIN2A had differential expression in the cerebellum, mediodorsal nucleus of the thalamus, and striatum compared to other brain regions [Enoch et al. DOI:10.1111/Gbb.12179]. A study in humans demonstrated that the GRIN2A mRNA expression in peripheral blood lymphocytes was significantly up-regulated in opioid-addicted (10.07-fold), abstinent (9.11-fold), and methadone-maintained (4.08-fold) subjects compared to controls, indicating its potential as a long-lasting peripheral marker for opioid addiction and therapy evaluation [Sedaghati et al. DOI:10.1016/J.Ejphar.2010.02.007].