Basic Information

Symbol
GRK1
RNA class
mRNA
Alias
G Protein-Coupled Receptor Kinase 1 RK GPRK1 RHOK Rhodopsin Kinase GRK1 EC 2.7.11.14 Rhodopsin Kinase EC 2.7.11
Location (GRCh38)
13:113667219-113737736
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Drug abuse diagnoses
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_002929.3
Sequence length
4233.0 nt
GC content
0.6024

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1834.00 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1906.19 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 884.52
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((((((((((((((.(((.(((((((((((.(((((((...((((.....)))))))))))...(((((((..((((((((......).))))))))))))))..(((((((((((((((....)))...)))))(((((((.((.(((((((((..(((((((((....(((((..(((((.((((....(((.(((.....(((((.(((..((.(((...))).))..))).)))))..))).)))...)))).)))))..))))).)))))...))))....))))))..)))...)).)))))))..(((((.((((((((.((((..........(((((.((((((((((((.(((....))).....))))((((((.((((((.....(((((((........)))))))....)))))))))))).......((((((((((.(.(.((((............(((..(((((((.((((......)))).))....(((((....)))))........)))))..)))....((.(((((((((.((((((.......((.((((((.((.((((((((.....))).))))))))))))).))((((((((((..(((((((((((((...(((((((..(((((((((..((....)).)))).)))))))).........(((((((((((((....))))))..(((((((((.((..((((((((((....))))).))))).))(.((((((((((((.((((((..((((.......)))).))))))((((.(...(((......(((((.........))))).......))).).)))).(((((((((...(((.((((.((.((.((((.((........)).)))).)).))...))))..)))...)).......(((.......((((((((((((((.....))))).).)))))))).......))).((.((((........).))).))...))))))))))))))))))).)....)))))))))...((((((((...))))).))).(((((..((((((.(((((.((.((((.....))))))...((((((((..((.....(((((((.((....)).))))))).....))..))))))))(((((.((.((((((((.(((.(((.((..((....(((((..((((((((((((((((...((((((((..((....))((((((((((((.(.((......)).)))).))))))))))))))))).((((.(((......((((((((.((((...)))).).))((.(((((((..(((((.(.....((((((...(((..((.(((((((.(((((((((((((.((((((.....))))............))))))).)).(((((((.((((........))))...))))))).)))))).)))))))..)))))....))))))...))))))..))))))).)).((......))((((((.(((((.((((((((..((........)))))))))).)))))...)))))).)))))....))).))))..((((((.((((((((...(((((((((...)))))))))....(((((((((((....))).((...(((((...)))))...)).....(((((((.((((((((((.(((...(.(((((((..(((...((((.(((...))).))))...)))))))))).).))).........)))))))((((((....))))))..)))..))))))).))))))))...(((..(..(((........)))..)..)))))))))))))))))..(((.(.((((((((.....)))))))).).))))))))))))))).)).))..((((((..((((......))))....)))))).......(.((((((((.....)))))))).)..)))))...)).)))))..))))))...((....))((((((((((.(((((((.(((..........((((((.(((((...(((((((..((......((.((((((.((((...(((...........)))...))))..)))))).))))...))))))).((((((......)))))))))))))))))..((((((((....))))))))..(((...((((((....)))))).)))...))))))).))).)))))).))))((((((((.........))))))))))))))).)))))...((((((.((((........)))).))))))...))))))))))))))))..))))))))))))))))))...)))))))))))))))).))))))...))))))).)))))))).).).)))))))))).(((...((.((.((((((((.(((((.....))))).)))))))))).))..))))))))))).))))))))))))))))))))))..)))))))((((((((((((((((((((..(((......((.(((((((((((.((((((((...((((((((((((((((((..(((((((............))))))).........(((((....(((.....))).))))))))))..))))))(((((((.......)))))))..((((.......(((.((((((((((..(((..(((((((((((.((.(((((((.........((((((((((..((.((.((((......(((((.((((((.....((..(((......))).))..))))))..)))))))))..))))..))))((((((((((((...((((((((((((((.((((((.((((((.(((((.((((.(.(((((((((...((((.((.((((((..(((((.........)))))..)))))).)).))))))))))..)))..).)))).((((..(..(((..((((((((((...((((((((..(((((((((((...))).))))..))))))))))))))))))))))..)))..)..))))((.(((((((((...((((.....(((((...((((((.((((((((......)).)))))).))))))....)))))...))))..)))))))))...)).((((.((.............)).)))).)))))(((((((((.................)))))))))....)))))).))))))..((((((.((.....)).))))))........)))))))))((....))..((((((((((.(((..((...))..)))(((.....(((((((((((((((((((((((((((((......((((..((((((.(((..(((((...((((((((((((.((((...(((((((((.(((....))).)))))...(((((((..(((....)))....)))))))))))...)))).).))))))..)))))((((((..(((((((((((.....)).)))))))))))))))..((((......)))).....((((((((..(((...((((((((....(((((.(((((((((((....((..((((..((((((((..(((.((((....))))..).))..)))))))).))))..)).....)))))))...)))).).))))...)))..))))).)))..)).))))))...((((.(((((..(.((.(((((......)))........))))).))))).))))))))).))).))))))......)))))))).)).))).))))))))).))).....)))))))).....))).))))))))))....)))))...)))..)))))))))...........)).))))...))))))).)).))).)))(((......))).........)))))..))))))).))))))...)))........))))...))))))).))))))))))))))))).)).))....))))))))))..))).)))))))))).))))))))))).)))..........(((.(((..((.(((.....))).)))))))).))))))))...........)))))))........((....))..........
Thermodynamic Ensemble Prediction
.{{(((((((((((((.(((.((((((((((({({({({(((,((((.....))))})))),),)}(((((((..((((((((......)}})))))))))))))..(((((((((({{(((,...}}}...,))))(((((((.((.(((((((((..(((({{(({..,,(((((..(((((.((((....(((.(((.....(((((.(((..((.(((...))).))..))).)))))..))).)))...)))).)))))..))))).))}}},,.))))....)))))).,)))...}).)))))))..(((((.((((((((.((((..........(((((.(((((((((.{,.(((....)))..{{.{.((((((((.((((((.....(((((((........)))))))....)))))))))))))))}.}}((((((((((.(.(.((((.........{{{(((..(((((((,((((......))))}}.....(((((....))))).......,)))))..))}...,))},{(((((((.((((((.......((.((((({{((.((((({((.....})).))))))))))))).))((((((((((..(((((((((((((,,{((((((({{((((,,,,|}}||...,||.||}|{{|||,||,{{((.....,|}}},,((((((....)))))),.},|})}}},,},}}|(((((((((....))))).))))},)))))))||(,{({(({(((((({,{(((,{,,{..,|||.||||||.|||,..,))|},}..,.,(((,.......,})}})),.{{{(((((..{|({|.((,(((,(((,.((((((((.((.((.((((.((........)}.)))).)).))...))))}{{||,.,{,{((,,..}})),}))}.(((((((({(((((.....))))).}}))))))))..|,|||,||.{{.{,{,.....,.}),,)).||...}))}))))|}))})))))).)....))))))))...}|||||{{{..,)))))}})|,(((({.{((((({{(((((,((.{(((.....)))}}}...((((((((..{{.....(((((((.((....)).))))))).....}}..))))))))(((((.((.((((((((.(((.(((.((..({....(((((..((({((((((((((({...((((((((..((....))((((((((((((.(.((......)).)))).))))))))))))))))}.((((.{{{...{..((((({((.(,((,..}})),}.}}((.(((((((..(((((.(..(..(((((({..(((..({.(((((((.(((((({{(((((.(({((,...,,|,,,...}}}...,,.))))))).}}.(((((((.((((........))))...))))))).)))))).)))))))..)})))..}.)))))),}.))))))..))))))).)).((......))((((((.(((((.((((((((..(,........,.)))))))).)))))...)))))).)))))....}}}.))))..((((((.((((((((...(((((((((...))))))))).,..(((((((((((,,,,,,,.||,},|((((...))))}...}).....(((((((.((({((((((.{({...{,{{(({{|.,(((,,,((({.{{{...||},|)}|...}}}}||||||.,.},........}})))))))|||{||..,.))))))}.)))..))))))).))))))))..,|{(,(.(((((........))},)).))),))))))))))))))..(((.(.((((((((.....)))))))).).))))))))))))))).)}.))..((((((..((((......))))....)))))).......{.((((((((.....)))))))).)..)))))...)).)))))..)))))),..((....))((((((((((.(((((((.(((..........((((((((((((...(((((((,.,{.,,...((.((((((,{(((,,.(({.,........,)))...)))),.)))))).)),),,.))))))}.((((((......)))))))))))))))))..((((((((....))))))))..(((...((((((....)))))).)))...))))))).))).)))))),})))((((((((.,{...,..)))))))))))))})})))))...((((((.((((........)))).)))))),..))))))))))))}}}},|,}}}))}))}})))))))...)))))))))))))))).))))))...))))))).}},,)))).).).)))))))))),}}....,|}||.((((((((,((({{.....})))).)))))))))).,...}.))))))))).))))))))))))))))))))))..)))))))((((((((((((((((((((..(((......((.((((((((({(,((((((((...((((((((((((((((((..(((((((.,,,,......}))))))),,,.....,|||{{.{{,{{,...,,),}.})))})))))..))))))(((((((.......)))))))..((((.......(((.((((((((((..(((..(((((((((((.((.(((((((,......,.((((,,((((..((.((.{,(({,....{((((.((((((.....,,..(((......))).})..))))))..)))))))),..))))..))))((((((((((((...((((((((((((((.((((((.((((((.(((({,(({,..,((({{{{{,..,((((.{{.((((((..(((((.........)))))..)))))).}}.)))))|}}||,,{{{{,,..||},||||.,,,.(((..((((((((((...((((((((..(({,(((((((...))).))))..})),))))))))))))))))))..)))...,{||,|(,.(((((((((...((((..,,.(((((...((((((.((((((((......)).)))))).))))))....))))).}.))))..)))))))))...)).||||.{{..,....,,....})})))).)))))(((((((((.................)))))))))....)))))).))))))..((((((.((.....)).))))))........)))))))))((....))..((((((((((.((.({((,,(({,,,{{((({{{{{((((((((((((((((((((((((,,{(({.....(((((((({{((,(((..(((((...{(((((((((((.((((.,.(((((((((.(((....))).)))))...(((((((..{({....))).,..}))))))))))...)))).).))))))..))))}((((((..(((((((((((....,)),))))))))))))))),.((({......))))..,,,(((({{,,,,|||,..{{(((((.....{||||,{{,,{(((((({{{{,(..((((..((((((((..(((.((((....))))..).))..)))))))).)))).,))}},..})))))|{{{,|||{|.||,,.{{|{...||},,.)),..,)})),,,)}.}||||.|||||}}|}.,.}|}}}}.}}},,,.)}}}....,)))}})})))}))))).))).},,.)))))))}..,.}}}},,}}.)))}}},)))))}}}|,|||.....))))))))}}}.)),)}))))))))))....)))))...)))..)))))))))...,,,.....)),))))...))))))).)).))).))|(((......))),........)))))..))))))).))))))...)))........))))...))))))).))))))))))))))))).)).))....))))))))))..)))},))))))))).})))))))))).)))..........||,{((,,,{(.(((.....))).))))))}}.)))))))))...,,.....||}}}}}..............})..........

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_002929.3 NCBI
AGUGGUCCCCAGGAACCCUCGACAGGGCCAGGGCGUCUCUCUCGUCCAG… 4233 nt 0.6024
Summary

This gene encodes a member of the guanine nucleotide-binding protein (G protein)-coupled receptor kinase subfamily of the Ser/Thr protein kinase family. The protein phosphorylates rhodopsin and initiates its deactivation. Defects in GRK1 are known to cause Oguchi disease 2 (also known as stationary night blindness Oguchi type-2). [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that chronic cocaine exposure and withdrawal in the nucleus accumbens led to a sustained decrease in the expression of the GRK1 [Eipper-Mains et al. DOI:10.1111/J.1601-183X.2012.00873.X].