Basic Information

Symbol
ALKBH5
RNA class
mRNA
Alias
AlkB Homolog 5, RNA Demethylase OFOXD1 Oxoglutarate And Iron-Dependent Oxygenase Domain Containing Alpha-Ketoglutarate-Dependent Dioxygenase AlkB Homolog 5 Alkylated DNA Repair Protein AlkB Homolog 5 AlkB Family Member 5, RNA Demethylase RNA Demethylase ALKBH5 FLJ20308 ABH5 Probable Alpha-Ketoglutarate-Dependent Dioxygenase ABH5 AlkB, Alkylation Repair Homolog 5 (E. Coli) AlkB, Alkylation Repair Homolog 5 EC 1.14.11.53 OFOXD
Location (GRCh38)
17:18183078-18209954
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Sudden cardiac death diagnosis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_017758.4
Sequence length
3159.0 nt
GC content
0.5758

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1267.20 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1322.14 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 684.32
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_017758.4 NCBI
GAGGAGCCCGCUAAGGAGCGGCGCUGGCGGACGUCGGGCUGGCUGCCCG… 3159 nt 0.5758
Summary

Enables mRNA N6-methyladenosine dioxygenase activity and molecular condensate scaffold activity. Involved in membraneless organelle assembly; post-transcriptional regulation of gene expression; and response to hypoxia. Acts upstream of or within regulation of mRNA export from nucleus and regulation of mRNA processing. Located in Golgi apparatus; cytosol; and nuclear speck. Is active in paraspeckles. [provided by Alliance of Genome Resources, Jul 2025]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that the RNA demethylase ALKBH5 is downregulated in myocardial ischemia/reperfusion injury (MIRI) [Li et al. DOI:10.21037/atm-22-1289].