Basic Information

Symbol
GSK3B
RNA class
mRNA
Alias
Glycogen Synthase Kinase 3 Beta Serine/Threonine-Protein Kinase GSK3B Glycogen Synthase Kinase-3 Beta EC 2.7.11.26 GSK-3 Beta EC 2.7.11.1 EC 2.7.11
Location (GRCh38)
3:119821321-120094994
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Sudden death from CNS diseases Mechanical injury analysis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001146156.2
Sequence length
7743.0 nt
GC content
0.4217

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2234.90 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -2388.67 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 2583.62
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.....(((((((...((.((((((((...((((((....)))((.((....)).))))))))))))).))((.(((((((...((((((..((((((((((((((((((.(.((((........))))).)))))))(((((..(((((.....(((.(.((((((..((.((((.(((..(((((.((((((((((.(((.......(((((....((..((((((.....(((.(((..(((((.((.((((((((.((((((((.....))))).)))(((.((((((.(((((..(((((......((((....))))......)))..(((.((((....)))).))).)).))))).)))))))))..........).)))))).).)).)))))..))))))))))))..))...))))).))).)))))))))).)))).)..)))..))))))...))))))))))..)))))..)))))((((.(((.(((.....))).))).))))..((..((((((((((.(..(.(((((((..........((((((.((((((((((.((((((.(((((((((((((....(((((((((((((..(((((((............((.((.((((((...(((.((((.......)))))))...))))))..)).))...((((.(((((((((...(((((((((((.((((((((((((........))))))))))))(((((((((...))))))))))))))))))))......)))))).....)))))))))))...))).)))))))).......((((((.((((((............)))))).))))))......((((((((...))))))))..((((((((((((..((...((((((.((....)).)))))).))..)))..................))))))))))))))..))))))).........)))))).(((.(((......((.(((...))).))..))))))((((((((((.(((((..((....)).)))))))))((((((((......)))))))).))))))..((((((((((((((((((((..((((((((((.....((((((...))))))....))))).........(((.....((((((.((((((((((...((((((((..(((.((((.......)))).)))..))))))))((((....((((((.........(((((.((((....((.(((((((.((..((((((.((((((..(((((....(((((((((((...))))).......((((.((((((((.(.((...)).))))))))))))).))))))))))))))))).)))((.(((..((.(((((.(((((((((.....((..((((.(((((..((((.........)))).))))).....))))..))......)))))..))))))))).))..)))))....((((......)))).(((((....((.........)))))))..))))).)))))))))....)))).)))))........))))))(((((((((((((((((((((((.((((((.......((((((((((((((((.((.((((..(((((((.((((((.....)))))).))).)).))..))))...)).)))))))))..((((.((((....(((((((.((..(((....)))..)).)))))))..)))).))))((((((((((..((((((((............(((((.((((.((((......))))....(((......)))..............((((....))))(((.......)))....)))).)))))..((((....))))....((((((.(((((((...((((...))))))).)))).))))))....)))))))).)).....)))))))).....((((((...(((((((....))))))))))))).((((..((.........))..)))))))))))........)))))).................(((....)))..(((((((((((.((.((((..............((((........))))((((((....................))))))....)))).))...))))))...)))))..))))).....))))))).)))....))))))))))))..........(((.(.((((....)))).).))).......)))))))))).))))))....)))..)))))))))).))))....(((((((((((.(((............))).)))))))))))................)))))))))))........(((((.......)))))((((((..........))))))))))))))))).)))))...)))))).))))))))..).))))))))))...))((((....(((........)))..)))).....((..(((((......)))))..))(((((............)))))..))))).))))..)).)))))).......((((((((((...((......)).))))))))))...)))))))..))..((((((((......))))))))((((((((.((((((((((.(((((.((((((((...((((((.......(((((((((..((.(((((((((......((((........))))..........((.((((((((.((((.((.((....)).)).))))......(.(((((((((.(((.....(((((...((((((((((..(((((((((((((...))))).)))))...))).))))))))))...)))))......))).))))))))).)(((((.......))))))))))))).))((((.((.(((..((.((.((((((((((..(((.((((((.........)))..)))....((((((.(((((((((((((((((....(((((((((((((((((....((((((((((((.(((((.(((...)))))))).))......((((....))))...((((.(((((.(((((((((......(((((....(((((((.....((((.(((((((..(.....((((((((...)))..(((((((..(((((((((...((((((((.((((((((..((((((((.....))))..))))..)))))))).))))))))........(((.........))).(((((((....(((((((((..(((......)))..))))).)))).........(((....)))((((((((((...((.(((.((.(((((((.(((.(((((((((.................((((((....(((.((((((........).))))).))).......)))))).....(((((((((((((((...))))))))))))))).....))))).........)))))))))))))))).))).))...)))))))))).)))))))......((((................))))..))))))))).)))))))))))).....)..))))))).......((((((....))))))((((.(((((((.....))))))).))))..))))..))))))).)))))((((.....)))).((((((((((((((((......(((((((.(((....))).))))))).......)))))))))))..)))))))))).........(((((((((((((.((.(((((...(((((.((((....)))).))))).))))).)).)))....)))))))))))))))))))))))...)))))))))).......)))))).)))))).))))))))))).(((((.((....)))))))..(((((....))))).((((((((((........(((......)))........))))...........))))))((((((((((.((((((.((.......)).)))))))).((((.....((((.(((...((((.((.(((((....((((.(((..((((...((((.((...(((..((((.((((((..(((((.(.((((((((...))))..))))..).)))))..))).))).))))..)))...))))))...))))..)))))))))))))).))))...)))..))))....)))).............((((.....))))((((((((...))))))))))))))))..)))))))))))))))))((((((((......((((..((.((...((((((...))).))).)))).))))......))))))))..............(((((((...((((((((((.........)))))))))).)))))))((((.(((.......))).))))(((((.((((.(((((((....((......)))))))))((.(((((...........))))))).......(((((((........))))))).....(((((((((((...)))))))))))........)))).)))))))).)))))))))).)).)).))).))))))(((.(.(((((((((.((..............)).))))))))).).))).....))))))))).))..))))))))).)))))).(((((.(((....)))))))))))))))).))))).))))))).))).))))))))...((..(((((((((((.......((((((((((...((((..(((((((((((...(((...((((((((.((((((...((((((((((...)))))))))).)))))).))))..))))...((((.(.(((....(((((((......))))))))))).)))).(((((....)))))...(((((...)))))(((((((...(((((((.....)))))))..))))))).))).....)))))))))))....((..((((((........))))))..))..............((((((((.(.(((((((....((((.....)))).....((((.(((....(((.(((((((((((((((..(((...((.((...)).))...)))..)))).)))..(((((((..(((((((...(((((......)))))....(((........)))..))))))).)))))))...(((.((((.(((((.((((.(((...(((((.(((((......))))).)))))((((...(((((((((((((((((((((...(((.((((......)))).)))..))))))..((((((.......))).))).........)).))))))).).))))).))))...(((((.(((((((((((...............))))))))).)).)))))((((((....(((((((((((...........((((((.....))))))...((((((((((((((((..((((....))))))))......((((((.......))))))....((((((((((((...)))).(((((.................)))))...((..(((((..(((((((.(((((((((((((((((.((((((((((((((...((((.........))))...(((.........))).))))))))))))))..)))))))............(((((............((((......))))....))))).....(((((((....))))))).......)))).))))))..))))))).)).)))..))...........((((((((...)))))))).......))))))))....)))))))).)))))))))))))))....))))))..)))...)))).))).))....)))))))...))))))))..))).))))))).............))))))).).))))).)))......((((((((((((...(((((....))))).....(((((((....)))))))...(((((((....)))))))((((((....))))))............((((....))))(((..((((........((.((((....)))).))........))))..)))((((...........))))))))))))))))))))...)))))))))).((((((((.((((((....))..))))..........))))))))..))))))))))).))((((.((((((...(((((((((((((((((..((((((((((((.........)))))))))))).((.(((...))).))..((((((((..((((...((((((((...............)))))))).))))....((((((((((((.((((....)))).))).)))))))))..........((((((((((((((...((((((....(((((((((...(((((............))))).)))))))))..((((((((........(((((((.((((((((((((((.............)))).....)))).....))))))......((((.(((.....(((...(((.(((((((((((....))))))))))).))).))))))))))............)).)))))..)))))))).......))))))))))))))).)))))..(((.........))).)))))))))))))).....(((....((((((((...(((........)))..)))))))).....)))(((((((((((........(((..((...((...(((((........)))))))..))..)))..(((((........)))))....((((((((.......((.(((((.(((((...((((((......(((((....))))).....))))))...............................(((..((((((..(((.(((...((((.........(((((......)))))((((........))))....(((((((((.............)))))))))......))))...))).)))..))))))..)))(((((((((((.((((.(((....((((((.((...)).))))))...((..((((...))))..))...........((((........(((((((((.((((........))))..)))))))))........)))).......((((((...((((((((......(((((((..(((((...)))))....)))))))......))))))))...)))))))))...))))))))))))))))))))))))).))(((((.((((((((....((((((..((((....))))))).)))..)))))))).)))))...))))))))))))))))))).......(((((.(((((.......))))).)))))..)))))).)))))....)))).)).)))))))))))........................
Thermodynamic Ensemble Prediction
.....(((((((,{,{({(({{((((...(((({(..,.||}|},}}}}},}}}}},|||||||}||{{{,((,({,.((((.(((.(({((.({(((((..(((((((.(.((((........))))).)))))))(((((..(((((.....(((.(.((((((..((.((((.(((,.,((((.((((((((((.(((...,,{,{((((.((({({,((((((.,...{((.(((..(((((.((.{(((((({.((((((((.....)))))},)}(((.((((((.(((((..(((((..,..,({((...,})}}{{.,,,,},.,|||.((((....)))).)))}},.))))).)))))))))..........}.)))))).).)).}))))..)))))),)))))..))).,,}))),))).)))))))))).)))).,},)))..))))))...))))))))))..)))))..)))))((((.(((.(((.....))).))).)))),.,......,)))))))})}}))).))).)))).,,{{,{{{{,.,(((((((,,(,(((({{,.{.{..(((((((....(((((,((((((,.,,,(((((...........))))|{.|{{{,,...,{{.{((({,,,..,}}},,},..,)))))).,,..{{...((((.(((((((((...(((((((((((,((((((((((((........))))))))))))|((((((((...))))))))})))))))))))......)))))}....,))))))).))...,|||{||||||||,,.....((((((.((((((.,........,.)))))).))))))......,(((((((...)))))))|||||||||||{(((((,{...{(((((.{,....}}.)))))}.}}..,.,}}}..,...}}}},}...,)))))),.)))))..)))))))..||||,.|||||||||}|}|{{.,...}||.|||,}})||,||,,||,||||,}}}})))|,((((((,,,.,.|||}}},(({,,,,{|,.,,|}}{||{((({{{{{{(.(((({,{((((((((({(,(((((({.,((((((((((...,.((((((...))))))....)))))..,.,{{,.(((((((,{((({({(((((((({(...{{||||||,}|||,|{{|,,.....))}}.))),,||||}}||({{{..,|||||||.....,,,.{((({((((((,{,(({((({,,,,{{,{({((({,{{{{{{,.||{{,..,||,||||,{{{,,{{{||||{{{{{|,{|{|.{(((((((.(,,,...))|}}))))))}|}||,|}}}|,||}}..|||}},|||}|||||||||,{((,,{({{{,{{{{..,|{{||.||,{,{{|||||((((....,,,..}}}}.|}}}|{,.,.|}}},,||{{....}||}},,})}}}}|||,{{{,||||{..,.{{{(,,,{..|||}.,,,{|,,..||}},......|||||||..,{{{{.{{{|||{||{{{,{,|,.||}||,....,,,{{|,{{{(({{{{,{|||||,,||,|}}}}||,|||}..........,(((((((((((.((.((((..{((((((.((((((.....)))))).))).))},}..))))...)).)))))))))))||||}|{||,,|.|||||||}||}}||({{,,|||{{||,,,,,|||,{||||{||{,{(((({((((,.((((((((,{{.....,{..(((((,((((.((({....,,||||....(((,.,,..}||.............,((({....|}}}{{{,,,,.,,|||....,))},)}}}}..((((....))))....((((((.(((((((...{{{,...}))}))).)))).))))))....}}}})})),},.....||}}}}}|{(({(({.{{({{.(((((((....))))))),,|||{,(({{..,{{.......,|...}))|,||||{|,||,}||||,}}},...,,,,,......,},{{{,,..}))..,{{,|||{||||..||.||||,.,..,|{|,|.||||.||....,||||{({|||...,,|.((((...,,(({.|||({|{{,..|}}}},,,.||}|||...||||,,,|.,,,.....))))}},,||}}}.|||||||},}}}}.||||..,,,{{{.{.{{||...,)))).),)},.,,,{.((((((...{(((({...})))))....))))))..,}}}}||,,,(((((((((((.(({,,........|.,)).)))))))))))..,,,,,,,....,,.,,||||}}}}|.,.,,,,.,,|||,........,,|{{{{{{..........}))}}}}}||}}}}})}}||}}}...||||}|||||(((((,,(((((((((((((,,{.{((({,...{{.{,,,,..}}},,}}}},,|||{,..{{{{(......}}|||{.{{(||||}},.,,,,|,,,||{|{{.,|)))||||},.||||}}|||||{.{{((((.....}))))),))))..)}.)))),},,,,||,|||||,,,,,,.,||||||{(..,.,,))}}}}}|{(({{(((.{{((((((({.{((({.{((((({{{|||{{{{..,,,..{(((((((......))).))))}.......{{||||.,,,,,})))}},,,,.|{{,{{({..,)))),}}},|}||{{||||,|||{|(({......||}.|{{|||{.{((,{...(((((...((((((,((({{({.((((({((((...,)))).))))).,,.))})),}))))))...))))).},..,|||,||}}}}},,|,{|{{{{,.,||||||{{|||||||||,|{(..(({.(({{.,{,(({(((,(((,((,{,,,,,|,|||....|}|,|))}}}|....,|{{{{,{{({,,,,,,,||{(((((....(((((((((((((((((....((((((((((...(((({{(({...})))))))((((..((((((..(((((((({,{((..((((({{((({,{(({,,.,|,{({{,.,.|}||...,|,.}||}|.||||{,{{{{{.,,{{,,,{{{{.,,)))},({{{{{{..{{{{{{(({.,.((((((({.{(((((((.,({{{((((.....)))),,|||}.,||)}}}}}.}}))))))}}}|.||||||.|.||,...,},,{{{{{|{..,.({{((((((..(({......)))..))))),))))....,{...{,,....,,,((((((((((..,((,({{,((,(((((((,(((.(((((((((............,,...((((((....(((.((((((........).))))).))).......)))))).....(((((((((((((((...)))))))))))))))..,,,||}}}.........)))}}))))))}}},,.|||,||,..|||||||}}}.}}})))),,,....{{{.,,|},,,..,,,}},})))},))))))))}.)))))))}}}}},.|||},.,}}}}}},||||}|((((((....))))))((((.(((((((.....))))))).))))..})))}.|}}}},}||||||||,},,,.})}}},|(((((((((((((((......(((((((.(((....))).))))))).......))))))))))}.,))))})))))).)))))).(((((((((((((....(({{(((((((((.(((,....}))).))},,..,)))))))))).})))))))))))))))))).)))).....)))))))))).......)))))),,))))),))))))))))).(((((,{|....}}))))).,}}}))}.}})..))),)))}}{{{{,,......(((......))},,,,....}|}|,,,........)))),}|{{|||||||,|,|,|.}))))),,})))}))))))))}}|||}.}}}}}}})}},,...{{{,.|,||{|(((((((...)})))))}|,,|||||}||,..(((..((((.((((((..(((((.{.((((((({...})))..))))..}.)))))..))).))).))))..)))...{{{(((({...|}}}}|||{{,,.,,|||||||||.{||{{{{{(({{{((|{{{{({{{.{{{,..{({,.,...,}}}{{{{{{{{...}}}}||||{{||,|||,.}},,||||||,,,,,}}||||{{{{,,,,,}|||||{{({((...{{((((...|}},}}},||||||||,.,,,,,}||||}|}............,.{((((((...((((((((((.........)))))))))).))))))),|,,{{((,,,{{,.|||{}||}{{{|||{{{|}||||||||.,|{|....,.|.}})))))||......,,}}}}}}},,,,)))))}.,,,,}|||||(({{,....,)))),,...{{,(((((((((((...))))))))))).,})}..,)))},})))),}),))})}})),})}},}}}})}}),})))))).}))}},,.,}}}}}}))))).||||,.|||||,|}}).},,,.,,,,,.{{{{||||,||{||.{||,,,,)))...)))}}|||||}}}..........,..}})))))).))))}.)))))))||)}.)}}}}}}},...,,{((({(((({((.,,,,,.{{,{(({,{,...|{|{.,}|}},||,|||}.||||},{(({{((((.{(((((...((((((((({...}))))))))).)))))).))),}})},}.,,|||||||||{|,..(((((((......)))))))}}}|{||||{{{{{(|,..}}}})},}|||||}..)),,,(((((((...(((((((.....)))))))..))))))),}...,||,}}}},)))}}......,,|{|||||......,,}}}}}},.,..|{{{,||||,,..|||{{{((|||((|||||....|,||,..,.||||,....,{{|.|||....||{|{,||||||,,||{||..|||,,.||,||,..)),}}...}}},,)))),))},.(((((({..(((((({...,((((......))))}....{((........)))..})))))).))))))).,,|||.{{|{||||||.{{||,|,,...(((((.(((((......))))).))))){{{{...|||||{{{{{{{{{(((((((.,.(((.((((......)))).))),.)))))),.,{((((.......))),}}}......,}}}}.})))))),}|,}}}}.}))),|,(((((.(((((((((((...............))))))))).)).)))))((((((....(((((((((((,..........((((((,...,))))))...,(((((((((({((((,,((({....))})))))......((((((.......))))))....(((((((({{((,..,,))}{((((.................)}}})...((..((({{..(((((((.((((({,,,,(((((((.((((((((((((((...{{({......,,.}}||{({,,,..,}}},.,)},.))))))))))))))..)))))))...{{..{(((((((((.,,,.....,,,((((......)))).......,{,.,,,{...))),)))))))))))..||..,})),))))))..))))))).}}|}))..))...........{(((((((...)))))))}.......})))))))....}))))))).))}}}))))))))))....)))))),.|,|,,.,}}},}}},||||}.)}|||,,..,)))}})))..})}{||||||,.,}}}}|,,,{..}}))))).},}}})},}||||{..,||||{{{{{{((...(((((....))))).....(((((((....)))))))...(((((((....)))))))((((({....}))))){({{{{,,,,,.,{{{....|}}|,,{,,,,,{{,.,,{{{{{,||,,,,,.||||{,.....}))))}}}||,..{(((...........}})})))))))))))}}))),.,}}}}},,,,,.{((((((({{(((,,,.,,}},.)))}..}},.....,}))))))..}}))})))))),}))))},})})}}|{||||}|||....((((((..((((((((((((.........)))))))))))).{{.(((...))).}}..((((((((..((((,{.{{((((((......,,,......))))}}}),}}}}....((((((((((((.((((....)))).)))}})))))))).........,((((((((((((((...((((((....(((((((((...(((((..{{....,,..))))).)))))))))..((((((((........(((((((.((((((((((((((...,{....,,..)))).....)))).....))))))......{{{{{(((,....,{{...{({,(((((((((({....)))))))))))}}},.})))))))})............))}}})))..)))))))).......))))))))))))))).)))),.,{{{.........,,,.))))))))))))))..}},,}|}},,.{((((((...{{,.......,}}}..))))))))},,},,,..,)}}}}}}}}}}},}}}}}}}},))))}|,,,,||,,..,,}},,,}}))}))}})),,}}}|,{{,((,,.,{,.{|||||,.,((({,.,,,.,..,.||||||}}}|,.{((,..((((({.{{{..(((({....)))))..}),))))))....,,,.....,|},,,....,||||,.}}|||,..,})))).,}}}}}}.,||,,|},}}}}}},{((({......})))){(((........)))}....(((((((((.............))))))))).,,||||{|},,,,.,.,}}})|}||||,,{,,{(((({,,{{{{(({|..}}}}},||||||}{,..,}}||||||},,,||.,({((.,,|}}|,,|},,,,,,,,||||||..,,,{.,.||||{{{||,|||,........}}})},))))))))),..|||}}},,}|||..,,}}}})}.})}|}|.})))).})}}}}}}}}}.||,,....,.}))}.}})))}}||{{.{(({...}))).)))).||{{.....))))}})}}|||||,..})))},}|{(((({.,.})})}|{({{,.,{||||..((((....)))),}|{|{,..,,.}}}}|..||{{.{(((........)))).)))}.,,....{((((.(((((.......))))).))))|,,{|.,}}}))})),,..))))),}.)),.)))))))..,,,,,......,,,,,......

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001146156.2 NCBI
ACACAGAGCAGCUCCUGACCCGGGCGAAUGCGGGCUUGUGCCGCCGCCG… 7743 nt 0.4217
NM_001354596.2 NCBI
ACACAGAGCAGCUCCUGACCCGGGCGAAUGCGGGCUUGUGCCGCCGCCG… 7644 nt 0.4205
NM_002093.4 NCBI
ACACAGAGCAGCUCCUGACCCGGGCGAAUGCGGGCUUGUGCCGCCGCCG… 7782 nt 0.4223
Summary

The protein encoded by this gene is a serine-threonine kinase belonging to the glycogen synthase kinase subfamily. It is a negative regulator of glucose homeostasis and is involved in energy metabolism, inflammation, ER-stress, mitochondrial dysfunction, and apoptotic pathways. Defects in this gene have been associated with Parkinson disease and Alzheimer disease. [provided by RefSeq, Aug 2017]

Forensic Context

A bioinformatics study in brown rats (Rattus norvegicus) identified the GSK3B as a top hub gene enriched in the neurotrophin signaling pathway for spinal cord injury self-repair [Liu et al. DOI:10.1097/BRS.0000000000001323]. In human patients, the GSK3B mRNA was significantly upregulated in salivary extracellular vesicles from acute mild traumatic brain injury patients compared to controls, demonstrating its potential as a biomarker [Cheng et al. DOI:10.1002/jcp.28139]. A study in rats demonstrated that glycogen synthase kinase 3 beta (GSK-3 beta) is a key element in the switch from acute to chronic/systemic inflammatory response following thermal injury, exhibiting a 24-hour peak in liver gene expression [Yang et al. DOI:10.1186/1471-2105-8-10].