Basic Information

Symbol
GYS1
RNA class
mRNA
Alias
Glycogen Synthase 1 GSY GYS Glycogen [Starch] Synthase, Muscle Glycogen Synthase 1 (Muscle) EC 2.4.1.11
Location (GRCh38)
19:48968125-48993337
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Cause of death analysis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_002103.5
Sequence length
3569.0 nt
GC content
0.5867

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1415.30 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1471.11 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 906.03
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((..(((((((((((((((((((((.(((((..((((((((((((..(((((((((((((..((.((((((...((.....))..)))))).)))))).))).)).)))).))))))..(((((((.(((((........).))))(((((((((((.....)).)).)))))))(((((..((((((((((.....(((((((..(((.((((((((((((.(((.((..((((.....((((.((((.((((.((....)).)))......).)))).))))......)))).))))).))))...)))))))))))((((((.....))))))......)))))))..)))).))))))......)))))..............)))))))(((....)))....))))))..))))).)))))))).....)))))))..((((.(((((((.....(..((.(((...)))))..)....)))))))...)))).......(.((((((.((..(((((..((((...(((((((((((((((.(((...((((((.(.((((((.((((((.(((.....((((((.(((.(((((...(((((((...(((((((((((...)))))(((((.......(((((((((..((((..(((((((((((((...))))))).))....(((((((((((((((..(((((..((.(((((((..((((((((((((.((((..((...((((.(((((((.(.((.((((((((....))).....................((((((((((.((((((.((((.....)))).)))))).)))))..((((.((......)).))))......)))))....))..))).)).).))))))))))))).)))))))).))))))..))..))))))))).)).)))....)))))))).))))))).)))).....))))..)))).)))))......(((((((......(((((((((((.........(((((...((((((((((..(((((((....((((.((((((..(.((((((((...(((((((((........)))))).))).)))).......)))))..)))))).))))...))).).)))......))))))))))...)))))((.(((.((((((((..(((.(.(((((.(((.....(((((.(((((...(((((((((.(((((((...((.....))...))))))).)))(((.((.(((((((((((((((((((((((......(((((.((((....((........(((((((((......))))).)))).....))....)))).))))).....))))).(((((..(.....)..))))).(..(((((((....)))))))..).......))))))..(((.....)))...)))))))))))).)).)))..((((.(((((.((..(.....)..))))))))))).............(((.((((((((((........))))........((((...(((((((((.....)).)).)))))...))))((((((((...((((.((((.((((((...(((((((((.....)))...))))))....))))))))))...))))..)))))))))))))).)))..........)))))).(((((.(((..((((((.....)).))))..((((....))))))).)))))))))).)))))))).)))))).)))..)))).)))).))).))............)))))))))))...)))))))(((((((((((((....((((((((.(((((.(((.((((..((.........((((...)))).))..))))..))))))).).)))))))))))))))))).)))...)))))((((......))))((((......))))...))))))..)))).)))(((((....)))))))))).))).))))))..))).))))).....).)))))))))))))...)))..))))))))))))))).....))))..)))))((.(((.(((.((.(((((((((......(((((((((.(((....))).)).......((...((((...)))))))))))))...))))))))).)).))).)).).))(((((((..((..(((((((((((..(((.(........).)))...))))))...))))))).))))))))))))))).).)).))))..))(((.((((((((.....(((((((((.(((........))).)))).((((.((((............)))))))).(((..........))).......(((.((((.((((((((.(((((((.......)))))))..((((((((((...........))))).........)))))((((((((.(((........)))..))))))))................(((((((((((.(((...((((((...((((..((((..........((((((((.......((((((((....(((.......)))..)))))))).(((((.(((((........)))).).)))))...(((.(((((((....))))))).)))((((((....))))))))))))))(((..((.(...(((((((...))))))).).)).)))..........(((((((((((((((.......)))).((((((.....))))))....(((((((((....((((((((((((.((.....((((......))))...)).)))))(((((((.....))))))).....(((((((.(((..(((((((((.......)))))))))....(((((((.........))))))).((.(((.(((((((((((...))))(((((...)))))....)))).))).))).)).........(((((.(..((.(((((..(((..((..((((((((..((((.(((.(((.......(((((((...(((..............(((((.((.....)).)))))..............)))....))))))).((((....)))).....))).)))))))..)))).)))))).)))..))))).))..).))))).....))).))))))).......(((....))).((((((((((((.(((...))))))))))))))).))))))).....(((...((......))..))).)))))))))(((((....(((((....)))))........)))))(.(((((((((.((.((((((((.((...))...))).))))).))..))))))))).)...)))))))))))))).)..))))..)))))).))).))))).)))))))))))))).)))).)))..))))))))))))).)))..(((((.........)))))...........
Thermodynamic Ensemble Prediction
.,,((((((.((((.((((,,(((,,,((,((...((((((,,,,,.}}|}}|,||||||}}}..}))}.)))}))))))..},..,,,,,,..{{(((({{..,,.{{{{.|,,,{(((((((.(({(((({........).))))(((((((((((.....)).)).)))))))((((((((((((((((,{(({{.((,..,...,{{(((,((,((((,(((((....,,,|}}}}}|||{}|,{({(((({.{,...,,..{(((((...((((.{,,||{.{({,{((,{{{(|,(((((....,..(((((,.((((((.....)))))){{{{{{...|({{..{{||.||((((..,..{(((((({,..........{({,((((((({.{{{((((..{,{{||{.|||||{||||||,...{{{||,||,}....}}}|||}(((....))).,.||||..,}}.{(,,((((.(((((.((..((((,,..{((((.((((((((...(((((...)))))(((((((((((((((.(((,..((((((.{.((((((.{(((((.{(({{,{{(({{,({(((,(((({...(({((({.,.(((((((((((...)))))((((({...,,.(((((((((..((((...,.(((({{{{||,,.}}}||||,,,,...(((((((((((((((..((({{,,,(,(((((((..((((((((((({{((((..((...{(((.(((((((.(,((,({{.,{||,,,,||},.......,,..{(({.,...((((((((((.{(((((.((((.....)))).)))))).)))))..((({.{{......)),))},......}))))....,)}})}},)}.).))))))))))))).)))))))).)))))),.)}..))))))))),)).)))....)))))))).)))))}),}}),,,,,,))))..)))).)))))....{,(((((((,....,(((((((((({........,(((((...((((((((((.,(((((((.{..((((.((((((..,,((((((((...(((({{(((........))))))}).}.)))).......)))))..)))))),))}}.,.))).),,))......))))))))))...)))))({.{((.((((((((..(((,(,{{{{|,{||,,..||||||.{{(((,.,((({(,(((.(((((((...((.....})...))))))).))){{{.||,{(((((((((((((((({(((((......(((({.((((....,(,.....,,(((((((((......)))))))})}.....)),...)))).})))).....))))).(((((..(.....)..))))).{..(((((((....)))))))..,.......})))))...{(,,...})),..)))))))))))),)),)}}..(((,{(((((.((..{.....}..)})))))))))..,,,,,,,,.,,||{.((((((((((........))))........((((...(((((((((.....)).)).)))))...))))((((((((...((((.{(((.{(((((...(((((((((.....)))...))))))....)))))}}}},,,,))))..)))))))))))))).}}}..,,,,....)))))}.(((((.({(..((((((.....)).))))..{(((....))))))).))))}}}}}}.}))))))).)))))},)))..)))))}}}).)}}.)),|,,......},})}}||}}}}}...}}}}))}(((((((((((((....((((((((.(((((.(((.((((..,,.........((((...)))).))..))))..))))))).).)))))))))))))))))).))).|.}}}}){{{|......}))}((((......)))),,,)))}}}..}})).)))(((((....))))),)))).}))}))))))},})).))))}.....).)))))),))))))..,)))..)))))))))))))))....))))))))))))),,.)))))).))))).))))))}.{{..((((,{,((,({{....))).)).}..}}}},.}}{(((...)))|{{((((({(({.{,(((((.(.(((((..((.,{.((.((({,.((((.......))))...}.))).))}..))..)))))).))))).{{,,,,,)).,,))}))),))}))))).,),.))})..)))))))..,|))})).}).))}((((.(((........))).)))).((((.((((...........,)))))))).|,,.......)).))))))}...{{{|(({|,{{|(((((.,(((((((...}}}))))}))},||,},|||||}..,,,,,,..)))..))))...}.)))))((((((((.(((......,.)))..))))))))})))).......}}}}|,|||||||,.}}}.}}}|.|}),.})))).})))}}..........((((((((.......((((((((....(((.......)))..)))))))).(((((.(((((........)))).).)))))...(((.(((((((....))))))).)))((((((....))))))))))))))((({{.{(({.{((((,(({{{||||||,..{{|{||{{{........{,,,{{,,,,||||{,}}}}}))),,.((((((.....)))))),{{.(((((((((....,{(((({{(((({(.{,..{(((,((((..((((((({..(((((.{...,(((....((((((((((((((,,{(,(((.,,,||||||,..{{{{{{{|{,((((({...((((((((.(((((({....((((((........))))))....),)))))).))))))))....)))))).|{||............,|||,,{((,..{((((({...})))))).,|)}}}.....}}}})))))|,|.....|))))))).....)))))))...}}}.,,,})))))}))))))){{||{..................}}))),)))}|}}}}}}}))))..},}}.|((((.((.((((((,{{.,|....,..|||.........})),......}}}.,.)))))).)}.,,||{....}}}.((((((((((({,(((...))))))))))))))).,,}}}}}....,||....{{......}}..,,}.))))))))),,|||....|||}}}}}})).))))}.....)))),|}|||||{|||.||}|{{,,,,(.(({{{.|{{{|}|{,,,})}},,,)),)))))}.....,)})))),||||,,.,..,)))}.)),)))})})}))},}.)))))).))))))).))))))))..},)))))))))))}||{{{(((((.........))))).,,,,......

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001161587.2 NCBI
AGUGACGCUGCGGCCUCCUUCUGCCUAGGUCCCAACGCUUCGGGGCAGG… 3377 nt 0.5840
NM_002103.5 NCBI
AGUGACGCUGCGGCCUCCUUCUGCCUAGGUCCCAACGCUUCGGGGCAGG… 3569 nt 0.5867
Summary

The protein encoded by this gene catalyzes the addition of glucose monomers to the growing glycogen molecule through the formation of alpha-1,4-glycoside linkages. Mutations in this gene are associated with muscle glycogen storage disease. Alternatively spliced transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene.[provided by RefSeq, Sep 2009]

Forensic Context

A study in human forensic autopsy cases demonstrated that RNA sequencing captured molecular signatures associated with specific causes of death, including the upregulation of the GYS1 transcript in a case of fatal insulin overdose, which was consistent with enhanced glycogen synthesis [Nakao et al. DOI:10.1016/j.legalmed.2025.102772].