Basic Information

Symbol
HACD2
RNA class
mRNA
Alias
3-Hydroxyacyl-CoA Dehydratase 2 Very-Long-Chain (3R)-3-Hydroxyacyl-CoA Dehydratase 2 PTPLB Protein Tyrosine Phosphatase-Like (Proline Instead Of Catalytic Arginine), Member B Protein-Tyrosine Phosphatase-Like Member B Very-Long-Chain (3R)-3-Hydroxyacyl-[Acyl-Carrier Protein] Dehydratase 2 EC 4.2.1.134
Location (GRCh38)
3:123490820-123585081
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HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_198402.5
Sequence length
4125.0 nt
GC content
0.3949

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1090.59 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1176.21 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1265.83
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001329783.2 NCBI
AGGAGAGCGGGCUUCGGGCACUUGACAUGGCGGCAGUGGCGGCGACUGC… 4194 nt 0.3960
NM_001329784.2 NCBI
AGGAGAGCGGGCUUCGGGCACUUGACAUGGCGGCAGUGGCGGCGACUGC… 4262 nt 0.3982
NM_001329786.2 NCBI
AGGAGAGCGGGCUUCGGGCACUUGACAUGGCGGCAGUGGCGGCGACUGC… 4106 nt 0.3955
NM_001329787.2 NCBI
GCUGGCUCGCGAGGGCCGCGGGAGGAAAGGUGGGGCUGGCCACAGGUGC… 4160 nt 0.3950
NM_198402.5 NCBI
AGGAGAGCGGGCUUCGGGCACUUGACAUGGCGGCAGUGGCGGCGACUGC… 4125 nt 0.3949
Summary

The protein encoded by this gene can catalyze the third step (dehydration) in the conversion of long chain fatty acids to very long chain fatty acids. The encoded protein localizes to the endoplasmic reticulum membrane. [provided by RefSeq, Jul 2016]

Forensic Context

A study in humans demonstrated that a 7-day overfeeding intervention in lean and obese men induced differential expression of 45 genes in abdominal subcutaneous adipose tissue, with six genes showing a significant interaction between adiposity status and treatment [Shea et al. DOI:10.3945/ajcn.2008.25970].