Basic Information

Symbol
HACD3
RNA class
mRNA
Alias
3-Hydroxyacyl-CoA Dehydratase 3 B-Ind1 Very-Long-Chain (3R)-3-Hydroxyacyl-CoA Dehydratase 3 HSPC121 PTPLAD1 Protein-Tyrosine Phosphatase-Like A Domain-Containing Protein 1 Protein Tyrosine Phosphatase-Like A Domain Containing 1 Butyrate-Induced Protein 1 BIND1 Very-Long-Chain (3R)-3-Hydroxyacyl-[Acyl-Carrier Protein] Dehydratase 3 Protein Tyrosine Phosphatase-Like Protein PTPLAD1 Butyrate-Induced Transcript 1 EC 4.2.1.134 HB-Ind1
Location (GRCh38)
15:65530418-65578349
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Time since deposition estimation
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_016395.4
Sequence length
3228.0 nt
GC content
0.4238

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-939.85 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -996.88 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 843.49
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001411136.1 NCBI
GUCCGCGUGCGCGCCGGAGAGCCUGCAGUGCGCCAACAAGAACCCUGCC… 3012 nt 0.4074
NM_016395.4 NCBI
GUCACUGCGCAGGCGCGGCCCGCGAGCGUGGGGUAUCUCGAGGUGCCGG… 3228 nt 0.4238
Summary

Enables enzyme binding activity and very-long-chain (3R)-3-hydroxyacyl-CoA dehydratase activity. Involved in fatty acid biosynthetic process; positive regulation by virus of viral protein levels in host cell; and positive regulation of viral genome replication. Located in endoplasmic reticulum and nuclear membrane. [provided by Alliance of Genome Resources, Jul 2025]

Forensic Context

A study in humans demonstrated that the HACD3 mRNA exhibits temporal degradation patterns in vaginal secretion samples over a period of 0 to 1.5 years, identifying it as a biomarker for estimating time since deposition [Lei et al. DOI:10.1093/gpbjnl/qzag007].