Basic Information

Symbol
HAL
RNA class
mRNA
Alias
Histidine Ammonia-Lyase HIS EC 4.3.1.3 Histidase EC 4.3.1 HSTD
Location (GRCh38)
12:95972662-95996365
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Tissue/body fluid identification Mixture deconvolution
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_002108.4
Sequence length
3892.0 nt
GC content
0.4761

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1266.50 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1337.53 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1046.35
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
....(((((((((.(((((((((((.....(((((......))))).)))))).....(((((..((((((((((((((.(((((((((((......))))(((((((((..((((((.((....((((.............((((((...)))))).((((((((((..........))))))))..))...((((((.((.(.....)))))))))...)))))).)))))).))))).))))...........(((..(..((((((..((((....((.(((..............)))..)).....))))..)))))).)..)))..((((((.(((.((((((.((((..(((.........)))..))))..))))))(((((....)))))....)))))))))..((((((((((.((.(((((((..(((((((((((((.((((.((.....(((..(((((((.(((..((((((((((.((...((((((......))))))..)).))((((((...(((((((((.(......).)))))...))))))))))...((((.....))))(((((.((((((....((((.((((((((((.((((......(((((.(((.....))).)))))...............(((((((....)))....))))..((.(((((((((...)))))))))..))(((.((((((.((.(((((((.((((..(((.........)))....(((((((.((((((((((.((((((....((..((((.((.....((((.............((((....))))..((.(((((....((((((((........))))))))))))).)).........))))...)).)))).))....))..)))).)))...))).)))).)))))))...)).))...)))))))...)))))))).)))((((((...(((((....))))))))))))))).))).))))))).))))((.(((....(((((..((...))..)))))......((((..((((((....((((.......((.(((...))).)).(((((((((((.(((...((((.((.((.(((....))).)).)))))).))))))..(((((((((.....(((((((.((((...........(((((((..((((.(((.((((((.......))))))..))).....))))))))))).((((....((((((....(((((((.....(((((((.(...(((..(((..(((.((((....)))))))..))).)))...).)))))))(((((...(((((..(((((((((.......((.........))........))))))))))))))((((.((((((.......))))))..))))...)))))..(((((((((...........................))))).))))...)))))))))))))..))))........((((((((.......(((.((..((((((((((.....(((((......))))).....))))).)))))..)).)))..))))))))........((((((((....))).)))))((((((..(((((((...)))))))..(((((..........(((((.(((..((....)).)))..)))))..)))))..(((((((....)))))))...((((.((((.((((((((...........((((((((((.((((((((..(....).))))))))((((((((...)))))).))))))))))))....)))).)))))))).))))(((.....(((.....)))....)))(((....)))...))))))..)))).)))))))))).))))))))))))))))))....))))))..))))..(((((((((.(((..((((.((((((((....)))..))).)).))))..)).).))))..))))).((((...)))).))).)).......)))))))))))))))..(((((...))))))))).))))))))))..))).)).))))..))..))))))))))))))))...)).)).)))))))))).((((((...))))))..(((((.((((.....((((((((...(((.......))).))))))))..)))).)))))..........)))))))..(((((((((((((.(((((((.(((((...((((..(((.((((((...))).)))..)))..)))).))))))).))))).)))).)))))))))..(((((((((............))))))))).(((((.(((((((((((......((((.(.........).))))....)))))).....(((((((....).))))))((((((((...((((((.(((......)))))))))...))))))))((((........))))))))).)))))............)))))))))))))).....))))).........(((((((....))))))).................))))).)))))))))....((((((((....((((..((((((((((((.(((..((((((((.....(((((.....)))))...)))))).....))..))).)))))))))))).))))....((((((.....((((......(((((((.((((((((((((((((.((.((((..((((.(((...((((....)))).))).))))....(.(((((.((((((((((.((((((.....))))....)).))))))))))...))))).).....((((.....)))).(((.......)))...)))).)).)))..)))))))(((((.(((((..............((.(((((((.((............((((((...((.......)).))))))...)))))))))))((((((((((((.((((...((((((..((((.....))))..))))))...)))).))))))).)))))..))))).)))))(((((.(((((....((((.......))))..)))))))))).((((((((............(((..(((((....)))))..)))....((((.((((....)))))))).(((((((...)))))))...(((.....(((((.((((..((((((.(((((((...........(((((....)))))(((((....)))))..............((((.(((((((...(((((....)))))(((((((...)).)))))......((((.........)))).))))))).))))..))))))).)))))))))))))))....))).)))))))).)))))).)))))))((((((.((((((.....((((((((((...(((.........)))...))))))))))...)))))).))))))....))))......)))))).......))))))))(((((((((((((.....(((.(((((((.(...(((((((......((((......))))...(((((.(((((..(((((.((..(((((((...(((((((.(.......).))).))))(((.((.....)).)))....((((...((((((....)))))))))))))))))....))......(((((...)))))..(((((........)))))..........)))))))))).)))))))))))).).))))))).)))..))..)))))..)))))).......
Thermodynamic Ensemble Prediction
.({{{,,(((((({((((((((((,.....(((((......))))).,,,|||.,...,,,,,(((((,{((((({{,,..,((((,((((......))))(((((((((..((((((.((...,{(((.............((((({...}))))).,,((((((((........,.))))))))..||...((((((.((.,.....))))))))).,})))))).)))))).))))).))))............{({.{,{..{|||.||....,,,)}}||}...,})}||.....,)}})))))}}||||}..({(((({(..,))}}}}))}|.}}))((((((.((({..{,{{{(.....})),..)))),.})))))(((((....)))))|(((...(((((...((((((((((.((.(((((({.{((((((((((({{.((((.{{.....(((..(((((((.(((,{((((,,,|||||,,..((((((......)))))).({((({((((({,,((((,((({(.{.....,,.}}}||,,,,{{(((((((.(((..{.,{{.,,,)||,{,{(.((((....((((.((((((((((.((((,,....(((((.(((.....))).)))))....,..........({{((((....)))....))})..,{.(((((((((...))))))))),.,|(((.((((((.(,.(((((((.,(((,.(((.........)))....(((((((.((((((((((.(((({{....((..((((.((...,.((((.{{......,.,.,{{{..,,}}}}..((.(((((....((((((((.,....,.))))))))))))}.)).........)))),..)).)))).))....}}..)))).)))...)))}}))).)))))))...}}.}}...)))))))..,}})))))).)))|(((((...(((((....)))))))))),)))).))},))))))).))))...})))}},{((((..((...))..)))))...{{.(((({.((((((..,.(((((......((.{((...))}.)),{(((,(,|,,,.|{|},,((((.((.((.(((....))).)).)))))).}||,|{(((((((((((,....{((((((.((((.,,........(((((((..((((.(((.((({{{.......}})}}}..))).....)))))))))))...,....{((({(({{{{((,,,,,.....(((((((.(...(((..(((..(((.((((....)))))))..))).)))...).))))))),{{{{..,(((((.,{{(((((({.......,,....,,...,|,,...,|,}))))))}|}}}}}|(((.((((((.......))))))..))))...))))}.{{.((({{{({(((({({,,{,,{{{{.....|{{{.|.|||{{||,..}))))))}|||||},,))}||......,{{|{(({(,{{{...(((.{(..((((((((((.....(((((......))))).....)))))}}))))..)}.))).}))))))},........{{{{{{((,,,,}||..}}})|{||||},{{{{{{{{{{||},,))}}||{((,,....,},,(((((.(((..((....)).)))..)))))..}},,}..(((((((....))))))).,,{{...{{.(((((((,{{...........,,||))}}})}|}||||||}})}})}},},,)))))}||||,,|}}})))))).}},,||,,,,,)}..{(|||{{{,{{((((({....}))))))),.}}})))).....))|||}},.),,}}}),,,,),.)))).))))))))))}}))))))))))).))))).,..))))))}.))))..}}.))))))))))))}|||{{,||,.,|,.}})))))))..,).)).))))))},)},{{((((,({((((.{{{||..|,.,,,||........}}.,,,}}.)}))}||,||}}}),))))))).))))))))))..))).)}.))))..,}..))))))))))))))))...)).)).))))))))))))))))))|((((.((,{((((({((({,,,..((((((((...{({.......}}).)))))))),,)))).....},}}))))}),,)))),...(((((((((((((.(((((((.(((((...((((..{({.((((((...))).)))..})}..)))).))))))).))))).)))).))))))))).,((((((((({.,,........}||||||,.{((((({((((({((,,,.,,.,}|||.(({{{,....,)).)))....}}))))}}}..||||||{.}}}))))))))||{(((((...,,{{{|}|||......)))))))))})}))))))))((((........)))),}|||{.,|,,{{{,........,}}}}}}}}}||}}.,{{{|||||,{{{{{{,,(((((((....)))))))..........,......,,))}})))))),,,....((((((((..,.{({{..((((((((((((.(((,,(,((((((.....(((({.....}))))...}))))}.....,,..}}}.}}}}}))))))).}))}.,..((((((,...,{(({{((...{((((((.((((({((((((((({{({,,((({,{(((.,{....,,,....})}.}}))).)))}....(.(((((.((((((((((.((((((.....))))....)).))))))))))...))))).}.....({{{.....))}).(((.......)))...}}}},}}.}},,}}))))))(((((.(((({.,............((.(((((((.((..........,,,(((((...{{.......}}.)))))),..)))))))))))((((((((((((.((((...((((((..((((.....))))..))))))...)))).))))))),}))))..})))).)))))(((((.(((((....((((.......))))..)))))))))).{((((({{,.,,.......{{{{|.|{|{{..,,)))}||||}||,..{{{{,{({{....))))))}|,{((((({...})))))),,.{{|..,,.(((((.((((..{(((((.(((((((......,|,..{((((,,..))))}{{{((,,,.}}))),}..,|,|||.,||{{((.(((((((,{{((((,....))))}((((({,...||.}}})}....,,{{{{,,.......}))).})))))).))))..))))))).))))))))))))))),...}}}.}}))))}}.}))))).))))))},|||{|.{(((((.....((((((((((...(((.........)))...))))))))))...)))))).))||||....))))),.,..)))))).......))))))))|||||||||{{{{....,{{{.,{(((((.{...(((((((......((((....,,))}}...(((((.(((((..(((((.{{,.(((((((...{((((((.(.......|.))).}))}(((.((.....)).)))....|((|...{(((({....)))))))))})))))))....}},.....|{{{{...})})|,,(((((........))))).....,....)))))))))).)))))))))))).}.})))))),)))..)),,}},})..)))))}...,,,,

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001258333.2 NCBI
AGAUAAAGACAGGAACAUGGUGUUUAUAAGCUGCCCUUAAUGGCAGAGA… 3825 nt 0.4784
NM_001258334.2 NCBI
AGAUAAAGACAGGAACAUGGUGUUUAUAAGCUGCCCUUAAUGGCAGAGA… 3822 nt 0.4736
NM_002108.4 NCBI
AGAUAAAGACAGGAACAUGGUGUUUAUAAGCUGCCCUUAAUGGCAGAGA… 3892 nt 0.4761
Summary

Histidine ammonia-lyase is a cytosolic enzyme catalyzing the first reaction in histidine catabolism, the nonoxidative deamination of L-histidine to trans-urocanic acid. Histidine ammonia-lyase defects cause histidinemia which is characterized by increased histidine and histamine and decreased urocanic acid in body fluids. Several transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, Apr 2012]

Forensic Context

A study in humans developed a multiplex RT-PCR assay for definitive body fluid identification, demonstrating that the mRNA marker histatin 3 (HIS) is specific for saliva identification [Fleming & Harbison DOI:10.1016/j.fsigen.2009.10.006]. The assay showed specificity, with HIS detected only in its target fluid, and a sensitivity requiring a minimum of 5 µl of saliva or 0.3 ng of total RNA input for successful detection, also functioning effectively in mixed body fluid samples. A study in human body fluid stains demonstrated that the co-extraction method successfully isolated high-quality RNA and DNA from saliva, with the HAL mRNA and DNA detectable from the lowest tested volume of 1.6 µl for body fluid identification [Alvarez et al. DOI:10.1016/j.ab.2004.09.002].