Basic Information

Symbol
ALPL
RNA class
mRNA
Alias
Alkaline Phosphatase, Biomineralization Associated TNSALP TNALP TNAP Alkaline Phosphatase, Tissue-Nonspecific Isozyme Alkaline Phosphatase Liver/Bone/Kidney Isozyme Tissue Non-Specific Alkaline Phosphatase Alkaline Phosphatase, Liver/Bone/Kidney Phosphocreatine Phosphatase Phosphoamidase EC 3.1.3.1 AP-TNAP TNS-ALP HOPS Liver/Bone/Kidney-Type Alkaline Phosphatase Tissue-Nonspecific ALP EC 3.9.1.1 APTNAP HPPA HPPC HPPI HPPO
Location (GRCh38)
1:21509397-21578410
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Sudden cardiac death diagnosis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_000478.6
Sequence length
2536.0 nt
GC content
0.5931

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-964.20 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1009.11 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 621.11
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_000478.6 NCBI
GCCGCGUUGCGCUCCCGCCACUCCGCGCCCGCUAUCCUGGCUCCGUGCU… 2536 nt 0.5931
NM_001127501.4 NCBI
GCCGCGUUGCGCUCCCGCCACUCCGCGCCCGCUAUCCUGGCUCCGUGCU… 2371 nt 0.5972
NM_001177520.3 NCBI
GCCGCGUUGCGCUCCCGCCACUCCGCGCCCGCUAUCCUGGCUCCGUGCU… 2255 nt 0.5956
NM_001369803.2 NCBI
CUCACACUUAGAAACUCCCGGUGUGGCAGCUGAGAUGGCCCAGGAAAGA… 2600 nt 0.5804
NM_001369804.2 NCBI
AGACACAGAGACAGACGCCAGAGAGGAAGGCAGACAAAGAGACGGGUGG… 2534 nt 0.5864
NM_001369805.2 NCBI
AGACACAGAGACAGACGCCAGAGAGGAAGGCAGACAAAGAGACGGGUGG… 2569 nt 0.5858
Summary

This gene encodes a member of the alkaline phosphatase family of proteins. There are at least four distinct but related alkaline phosphatase s: intestinal, placental, placental-like, and liver/bone/kidney (tissue non-specific). The first three are located together on chromosome 2, while the tissue non-specific form is located on chromosome 1. The product of this gene is a membrane bound glycosylated enzyme that is not expressed in any particular tissue and is, therefore, referred to as the tissue-nonspecific form of the enzyme. Alternative splicing results in multiple transcript variants, at least one of which encodes a preproprotein that is proteolytically processed to generate the mature enzyme. This enzyme may play a role in bone mineralization. Mutations in this gene have been linked to hypophosphatasia, a disorder that is characterized by hypercalcemia and skeletal defects. [provided by RefSeq, Oct 2015]

Forensic Context

A study in humans demonstrated that plasma exosomal mRNA profiles, assessed via RNA sequencing, can distinguish acute myocardial infarction (AMI) patients from stable coronary artery disease patients and healthy controls [He et al. DOI:10.3389/fcvm.2021.712061].