Basic Information

Symbol
HAPLN2
RNA class
mRNA
Alias
Hyaluronan And Proteoglycan Link Protein 2 BRAL1 Brain Link Protein 1 Brain Link Protein-1
Location (GRCh38)
1:156619331-156626361
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Other applications
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_021817.3
Sequence length
1650.0 nt
GC content
0.6661

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-776.30 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -801.81 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 401.13
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((....((((..(((((((...(((((((.((((......(((((((....(((..(((....)))..(((((..((.(((((((....)))).))).))))))).....(((((.(((((..((...(....(((((((..((((.(((((.....))))).))))...)))))))...).))..))))))))))......)))....)))))))......(((((((.((((((.(..((((.......))))..).)))))).....((((((.......))).))).(((((.((((((((((((.(((((((((((((((((((((((((...................))))))))))...((((......((((((((((((((((((..(((.((((((....(((........))).....))))))....(((...(.(((((........))))))...)))..((((((((...))).))))).)))))))))....))))).)).)))))....))))..((((.((.((..((.......))(((((((((....)))))))))((((((((((.((((((((.((((((.((.....)).)))))))))..)))).).))))))).)))))..)).))))((((((((.((((((.(((.......((((.((((((...((((.(((.((((.(((((.(((.((..(((((((.....)))))))..)).)))))))).)))).))))))).........((((.((((((((((((((..(((((((.((.(((...((((..(..(..(((((((((((((..(((((((...))))))).))))))......)))))))..)...)..)))).))).))...))...)))))..)))))))((..(((((((..((.(...(((((.((((.((((......)))).)))).).))))...)))..)))).)))..))...))))))).)))).(((((((....)).)))))))))))))))((((((((....)))))))).)))...))))))))))))))...((((((..(.((((.(((....))).)))).)..))))))..))))))......))).)))...)))...((((((.((((((((.((((((((((.(.(..(((...(((((..((((((((((((((.(((((..........))))).))))))..)))))))).((((.((((.((....))..))))..))))....((((..(((((......((((((((.((((.((((((((..(((..((......))..(((((..((((((((.....))))))))..))))).((((((...((.((((..........)))).)).)))))).....((((...((((((((((.(((.(...).))).))))))))))...))))))).)))))))).))))))))))))....)))))....)))).))))).....))))))))))))))).))....(((.....)))...)))))))))))).)))))))))))).))))))))))))..)))))))))))..)))))))..........))))....)))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
{((....((((..(((((((...(((((({,((((...,..(((((((....(((.,(((....)))..(((((..((.(((((((....)))).))),}}))))).....(((((.(((((..((...{....(((((((..((((.(((((.....))))).))))...)))))))...,.))..))))))))))......)))....))))))).,,...(((((((.((((((.(..{{((,,.....})))..}.))))))....,(({{{,..,....}}}.}}}.(((((.((((((((((((.(,(((((({((({{{((((((((((.,...............,.))))))))))...{|||......{(((((((((({,,.{(,{,{((,{{,,,,..,.((({.......}}),,..,))))||{...{||..,{,,{{{{.},,....))))}{{,,|,|{,((((((,{...|||,|||||{|||,|||||.|,,|||||,}}.}}}||,..,||}}..((((.{(.((..((.......}}(((((((((....))))))))){(((((((((.{(((((,(.((((((.((.....)).)))))))),,.)))).}.))))))).)))))..)).))))(((((((,{((((((.(((.......((((,{(((((,,.((((.(((.((((.(((((.(((.((..(((((((.....)))))))..)).)))))))).)))).))))))).........((((.((((((((((((((..(((((((.,((,((({,((((..(..{..(((((((((((((.,{{(((((...))))))).))))))......)))))))..)...}.,)))}}}),}))}}..)},.)))))..)))))))((..(((((((,,(({{...(((({,((((.((((......)))).)))).).))))...})),.)))).)))..))...))))))).)))){(({{{{|}}..}}..}}))))))})))))((((((((....)))))))).)))...))))))))))))))...((((((..(.((((.(((....))).)))).}..)))))),{|||}}}.,,}}}}||{||.,,{|||{..{{||{{,||||||||.{{({((((((,{.{.|{{|...,,,,,..((((((((((((((.(((((,.{,.,,,..})))).))))))..)))))))).{{({,((((.((....))..))))..)))},,..{{{{,.(((({......{|||{{||,||{{,{{{{{|||,,|||||,|.....,))..|||||.,||||{(((|,..|}}}}}}))..},,}||(((((({{,((,((((,,,,......)))).)).})))))....,{(((...((((((((((.{({.{...,.))}.))))))))))...))))))),)))))))),)))))))))))).,,,})))).,..))))|)))),.,,,,}}},,))))))))}}.))....{{{.,,.,)))...))))}}}})))),)))))))))))).))))))))))))..)))))))))))..)))))))..........))))....))}..

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_021817.3 NCBI
AGACAGACAGGGGGUUGUACAGAAGAGGUCCGGUUUCUUGAAGCAGCUG… 1650 nt 0.6661
Summary

Predicted to enable hyaluronic acid binding activity. Predicted to be involved in central nervous system development and skeletal system development. Predicted to act upstream of or within establishment of blood-nerve barrier and extracellular matrix assembly. Predicted to be located in extracellular matrix. Predicted to be active in extracellular space; perineuronal net; and synapse. [provided by Alliance of Genome Resources, Jul 2025]

Forensic Context

A review of single-cell transcriptomics in forensic medicine notes that in perinatal rats exposed to lead, the HAPLN2 was significantly upregulated in microglia within the hippocampus, identifying it as a potential biomarker for lead poisoning [Yang et al. DOI:10.1007/s00414-022-02889-9].