Basic Information

Symbol
ALYREF
RNA class
mRNA
Alias
Aly/REF Export Factor ALY BEF THO Complex Subunit 4 ALY/REF THOC4 REF Transcriptional Coactivator Aly/REF BZIP-Enhancing Factor BEF Ally Of AML-1 And LEF-1 THO Complex 4 Tho4 BZIP Enhancing Factor
Location (GRCh38)
17:81887835-81891586
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Cause of death analysis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_005782.4
Sequence length
1097.0 nt
GC content
0.5743

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-437.50 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -456.07 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 316.24
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_005782.4 NCBI
GAGCCGAUGCCCGAUUCCGCGCCCGCCAUGGCCGACAAAAUGGACAUGU… 1097 nt 0.5743
Summary

The protein encoded by this gene is a heat stable, nuclear protein and functions as a molecular chaperone. It is thought to regulate dimerization, DNA binding, and transcriptional activity of basic region-leucine zipper (bZIP) proteins. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

A transcriptome analysis of post-mortem human tissues from sepsis patients demonstrated that the ALYREF gene was downregulated as part of the metabolism of RNA pathway in the hippocampus, kidneys, and lungs during sepsis [Pinheiro da Silva et al. DOI:10.1111/jcmm.17938].