Basic Information

Symbol
HCFC1
RNA class
mRNA
Alias
Host Cell Factor C1 HCF-1 HCF1 VCAF CFF PPP1R89 HFC1 Protein Phosphatase 1, Regulatory Subunit 89 VP16-Accessory Protein Host Cell Factor 1 MGC70925 MRX3 HCF Host Cell Factor C1 (VP16-Accessory Protein) Mental Retardation, X-Linked 3 VP16 Accessory Protein C1 Factor MAHCX XLID3
Location (GRCh38)
X:153946434-153972427
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Other applications
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_005334.3
Sequence length
8876.0 nt
GC content
0.6149

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-3757.70 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -3900.37 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 2778.00
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001410705.1 NCBI
ACACAAGAUGGCGGCUCCCAGGGAGGAGGCAUGAGCGCCCUGCCGUUAC… 9011 nt 0.6133
NM_005334.3 NCBI
ACACAAGAUGGCGGCUCCCAGGGAGGAGGCAUGAGCGCCCUGCCGUUAC… 8876 nt 0.6149
Summary

This gene is a member of the host cell factor family and encodes a protein with five Kelch repeats, a fibronectin-like motif, and six HCF repeats, each of which contains a highly specific cleavage signal. This nuclear coactivator is proteolytically cleaved at one of the six possible sites, resulting in the creation of an N-terminal chain and the corresponding C-terminal chain. The final form of this protein consists of noncovalently bound N- and C-terminal chains. The protein is involved in control of the cell cycle and transcriptional regulation during herpes simplex virus infection. Alternatively spliced variants which encode different protein isoforms have been described; however, not all variants have been fully characterized. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

A study in human keratinocytes and mouse skin demonstrated that X-ray irradiation (5 Gy) significantly downregulated the HCFC1 gene expression to 0.66-fold in keratinocytes 3 hours post-irradiation [Koike et al. DOI:10.1269/jrr.46.173].