Basic Information

Symbol
HCLS1
RNA class
mRNA
Alias
Hematopoietic Cell-Specific Lyn Substrate 1 HS1 CTTNL Hematopoietic Lineage Cell-Specific Protein LckBP1 P75 Hematopoietic Cell-Specific LYN Substrate 1 Cortactin-Like
Location (GRCh38)
3:121631399-121660927
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Other applications
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_005335.6
Sequence length
1992.0 nt
GC content
0.5412

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-743.20 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -779.27 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 461.19
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001292041.2 NCBI
ACUCCGAAGUGGCAGCAGCCAGAGAGGGAGUCGGUGUGGACGCGAGGAG… 1881 nt 0.5417
NM_005335.6 NCBI
ACUCCGAAGUGGCAGCAGCCAGAGAGGGAGUCGGUGUGGACGCGAGGAG… 1992 nt 0.5412
Summary

Enables RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding activity; protein kinase binding activity; and signaling adaptor activity. Involved in several processes, including granulocyte colony-stimulating factor signaling pathway; positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction; and positive regulation of protein import into nucleus. Located in cytosol; nucleus; and plasma membrane. Part of transcription regulator complex. [provided by Alliance of Genome Resources, Jul 2025]

Forensic Context

A meta-analysis in humans identified the HCLS1 as a key hub protein within a neurodegeneration-associated interaction network linked to mild traumatic brain injury, where its deficiency leads to poorer TBI outcome [Matyasova et al. DOI:10.4149/gpb_2021038]. A separate single-cell transcriptomic study in a rat model of radiation-induced lung injury identified the orthologous rat gene for the HCLS1 as being associated with inflammatory processes [Shi et al. DOI:10.17305/bb.2024.10357]. A study in mice demonstrated that the HCLS1 was upregulated after a second-degree scald burn injury, with expression peaking at 3 days post-injury [Feezor et al. DOI:10.1152/physiolgenomics.00101.2003].