Basic Information

Symbol
HDAC4
RNA class
mRNA
Alias
Histone Deacetylase 4 HD4 KIAA0288 HDAC-A HA6116 HDAC-4 HDACA EC 3.5.1.98 BDMR Brachydactyly-Mental Retardation Syndrome Histone Deacetylase A NEDCHID NEDCHF AHO3
Location (GRCh38)
2:239048168-239401661
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Drug abuse diagnoses
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001378414.1
Sequence length
8461.0 nt
GC content
0.5306

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-3109.10 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -3255.03 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 2407.10
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001378414.1 NCBI
GCCUGGCUCGACGCUGGAGUGGGGAGAAGCAUCAUGGUUCAACGUUCAU… 8461 nt 0.5306
NM_001378415.1 NCBI
GCCAGUAUCCAAGAUGGACGCCGCGGCGAGGCCUGGCCGGCUCCCCGCG… 8666 nt 0.5346
NM_001378416.1 NCBI
GCCUGGCUCGACGCUGGAGUGGGGAGAAGCAUCAUGGUUCAACGUUCAU… 8446 nt 0.5308
NM_001378417.1 NCBI
GCCAGUAUCCAAGAUGGACGCCGCGGCGAGGCCUGGCCGGCUCCCCGCG… 8651 nt 0.5349
NM_006037.4 NCBI
GCCUGGCUCGACGCUGGAGUGGGGAGAAGCAUCAUGGUUCAACGUGGGU… 9047 nt 0.5509
Summary

Histones play a critical role in transcriptional regulation, cell cycle progression, and developmental events. Histone acetylation/deacetylation alters chromosome structure and affects transcription factor access to DNA. The protein encoded by this gene belongs to class II of the histone deacetylase/acuc/apha family. It possesses histone deacetylase activity and represses transcription when tethered to a promoter. This protein does not bind DNA directly, but through transcription factors MEF2C and MEF2D. It seems to interact in a multiprotein complex with RbAp48 and HDAC3. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

A study in humans demonstrated that the HDAC4 is repressed by miR-1 and its expression increases in peripheral blood after alcohol consumption [Warden & Mayfield 10.1016/J.Neuropharm.2017.02.017].