Basic Information

Symbol
HDAC5
RNA class
mRNA
Alias
Histone Deacetylase 5 KIAA0600 NY-CO-9 Antigen NY-CO-9 EC 3.5.1.98 FLJ90614 HD5
Location (GRCh38)
17:44076746-44123702
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Sudden cardiac death diagnosis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_005474.5
Sequence length
5319.0 nt
GC content
0.6120

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2360.50 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -2449.29 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1265.51
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001015053.2 NCBI
GUUGUUGUUGGUGGCGGCGGCGAGCGGAGCCGGAGGAGCCGCCGCAAAG… 5322 nt 0.6120
NM_001382393.1 NCBI
GUUGUUGUUGGUGGCGGCGGCGAGCGGAGCCGGAGGAGCCGCCGCAAAG… 5569 nt 0.6197
NM_005474.5 NCBI
GUUGUUGUUGGUGGCGGCGGCGAGCGGAGCCGGAGGAGCCGCCGCAAAG… 5319 nt 0.6120
Summary

Histones play a critical role in transcriptional regulation, cell cycle progression, and developmental events. Histone acetylation/deacetylation alters chromosome structure and affects transcription factor access to DNA. The protein encoded by this gene belongs to the class II histone deacetylase/acuc/apha family. It possesses histone deacetylase activity and represses transcription when tethered to a promoter. It coimmunoprecipitates only with HDAC3 family member and might form multicomplex proteins. It also interacts with myocyte enhancer factor-2 (MEF2) proteins, resulting in repression of MEF2-dependent genes. This gene is thought to be associated with colon cancer. Two transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that the HDAC5 functions by inhibiting the Brg1-Hdac-Parp chromatin repressor complex and reducing myocardin acetylation/expression via HDAC5 [Chih-Fan Yeh et al. DOI:10.1186/s12929-020-00647-w].