Basic Information

Symbol
HDAC7
RNA class
mRNA
Alias
Histone Deacetylase 7 Histone Deacetylase 7A HDAC7A Protein Deacetylase HDAC7 DKFZP586J0917 EC 3.5.1.98 HD7 EC 3.5.1.- HD7A HD7a
Location (GRCh38)
12:47782722-47833132
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_015401.5
Sequence length
4213.0 nt
GC content
0.6269

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1861.30 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1923.76 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1229.26
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001098416.4 NCBI
CUUCCUCUCGCCGUCUCACAGUCGCUCUGCAGCCUCCGGCGACUGGGGG… 4102 nt 0.6248
NM_001308090.2 NCBI
CUUCCUCUCGCCGUCUCACAGUCGCUCUGCAGCCUCCGGCGACUGGGGG… 4162 nt 0.6259
NM_001368046.1 NCBI
CUUCCUCUCGCCGUCUCACAGUCGCUCUGCAGCCUCCGGCGACUGGGGG… 4255 nt 0.6263
NM_015401.5 NCBI
CUUCCUCUCGCCGUCUCACAGUCGCUCUGCAGCCUCCGGCGACUGGGGG… 4213 nt 0.6269
Summary

Histones play a critical role in transcriptional regulation, cell cycle progression, and developmental events. Histone acetylation/deacetylation alters chromosome structure and affects transcription factor access to DNA. The protein encoded by this gene has sequence homology to members of the histone deacetylase family. This gene is orthologous to mouse HDAC7 gene whose protein promotes repression mediated via the transcriptional corepressor SMRT. Alternatively spliced transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

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