Basic Information

Symbol
HDAC9
RNA class
mRNA
Alias
Histone Deacetylase 9 HDAC7B MITR HD7 KIAA0744 HDAC Histone Deacetylase 7B EC 3.5.1.98 HDAC7 HD7b HDRP HD9 MEF-2 Interacting Transcription Repressor (MITR) Protein MEF2-Interacting Transcription Repressor MITR Histone Deacetylase 4/5-Related Protein Histone Deacetylase-Related Protein HDAC9FL ARCND4 HDAC9B
Location (GRCh38)
7:18086949-19002416
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_178425.4
Sequence length
9880.0 nt
GC content
0.4020

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2622.00 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -2812.67 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 2632.62
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001204144.3 NCBI
AGCAAAUUCUCCGCGCGCCGCCGCCCGCUCAGCUCGCAGCUCGCAGCCG… 4568 nt 0.4194
NM_001204145.3 NCBI
GAAGAGAGGCACAGACACAGAUAGGAGAAGGGCACCGGCUGGAGCCACU… 4104 nt 0.3891
NM_001204146.2 NCBI
GCUUUAGCCAACUUGAGCUGAGAGAGACUGAGAAAGGGGGAAGAGAGGC… 4340 nt 0.3896
NM_001204147.3 NCBI
AAUCUCCACUUAACUUCUGCCUUGUGGAAGGGGUGGGGAAGCCUUUAUC… 4106 nt 0.3872
NM_001204148.3 NCBI
AAUCUCCACUUAACUUCUGCCUUGUGGAAGGGGUGGGGAAGCCUUUAUC… 4253 nt 0.3910
NM_001321868.2 NCBI
AGCAAAUUCUCCGCGCGCCGCCGCCCGCUCAGCUCGCAGCUCGCAGCCG… 9974 nt 0.4131
NM_001321869.2 NCBI
AGCAAAUUCUCCGCGCGCCGCCGCCCGCUCAGCUCGCAGCUCGCAGCCG… 4649 nt 0.4205
NM_001321870.2 NCBI
AGCAAAUUCUCCGCGCGCCGCCGCCCGCUCAGCUCGCAGCUCGCAGCCG… 4640 nt 0.4205
NM_001321871.2 NCBI
AGCAAAUUCUCCGCGCGCCGCCGCCCGCUCAGCUCGCAGCUCGCAGCCG… 4523 nt 0.4187
NM_001321872.2 NCBI
AGCAAAUUCUCCGCGCGCCGCCGCCCGCUCAGCUCGCAGCUCGCAGCCG… 4517 nt 0.4182
Showing 1 to 10 of 39 entries
Summary

Histones play a critical role in transcriptional regulation, cell cycle progression, and developmental events. Histone acetylation/deacetylation alters chromosome structure and affects transcription factor access to DNA. The protein encoded by this gene has sequence homology to members of the histone deacetylase family. This gene is orthologous to the Xenopus and mouse MITR genes. The MITR protein lacks the histone deacetylase catalytic domain. It represses MEF2 activity through recruitment of multicomponent corepressor complexes that include CtBP and HDACs. This encoded protein may play a role in hematopoiesis. Multiple alternatively spliced transcripts have been described for this gene but the full-length nature of some of them has not been determined. [provided by RefSeq, Jul 2008] CIViC Summary for HDAC9 Gene

Forensic Context

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