Basic Information

Symbol
HDAC9
RNA class
mRNA
Alias
Histone Deacetylase 9 HDAC7B MITR HD7 KIAA0744 HDAC Histone Deacetylase 7B EC 3.5.1.98 HDAC7 HD7b HDRP HD9 MEF-2 Interacting Transcription Repressor (MITR) Protein MEF2-Interacting Transcription Repressor MITR Histone Deacetylase 4/5-Related Protein Histone Deacetylase-Related Protein HDAC9FL ARCND4 HDAC9B
Location (GRCh38)
7:18086949-19002416
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_178425.4
Sequence length
9880.0 nt
GC content
0.4020

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2622.00 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -2812.67 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 2632.62
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001321887.2 NCBI
GAAGAGAGGCACAGACACAGAUAGGAGAAGGGCACCGGCUGGAGCCACU… 4298 nt 0.3906
NM_001321888.2 NCBI
GAAGAGAGGCACAGACACAGAUAGGAGAAGGGCACCGGCUGGAGCCACU… 4098 nt 0.3890
NM_001321889.2 NCBI
GAAGAGAGGCACAGACACAGAUAGGAGAAGGGCACCGGCUGGAGCCACU… 4335 nt 0.3882
NM_001321890.2 NCBI
GAAGAGAGGCACAGACACAGAUAGGAGAAGGGCACCGGCUGGAGCCACU… 4399 nt 0.3933
NM_001321891.2 NCBI
GAAGAGAGGCACAGACACAGAUAGGAGAAGGGCACCGGCUGGAGCCACU… 4273 nt 0.3901
NM_001321893.2 NCBI
GAAGAGAGGCACAGACACAGAUAGGAGAAGGGCACCGGCUGGAGCCACU… 4170 nt 0.3904
NM_001321894.2 NCBI
GAAGAGAGGCACAGACACAGAUAGGAGAAGGGCACCGGCUGGAGCCACU… 4179 nt 0.3905
NM_001321895.2 NCBI
GAAGAGAGGCACAGACACAGAUAGGAGAAGGGCACCGGCUGGAGCCACU… 4113 nt 0.3893
NM_001321896.2 NCBI
AGAAGGACUGAGCUAGUUUGCGAAACCACAGCACACUUUGGCAAAGAGG… 4265 nt 0.3885
NM_001321897.2 NCBI
GAAGAGAGGCACAGACACAGAUAGGAGAAGGGCACCGGCUGGAGCCACU… 9645 nt 0.4009
Showing 21 to 30 of 39 entries
Summary

Histones play a critical role in transcriptional regulation, cell cycle progression, and developmental events. Histone acetylation/deacetylation alters chromosome structure and affects transcription factor access to DNA. The protein encoded by this gene has sequence homology to members of the histone deacetylase family. This gene is orthologous to the Xenopus and mouse MITR genes. The MITR protein lacks the histone deacetylase catalytic domain. It represses MEF2 activity through recruitment of multicomponent corepressor complexes that include CtBP and HDACs. This encoded protein may play a role in hematopoiesis. Multiple alternatively spliced transcripts have been described for this gene but the full-length nature of some of them has not been determined. [provided by RefSeq, Jul 2008] CIViC Summary for HDAC9 Gene

Forensic Context

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