Basic Information

Symbol
HDC
RNA class
mRNA
Alias
Histidine Decarboxylase EC 4.1.1.22 EC 4.1.1
Location (GRCh38)
15:50241947-50265965
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
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External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_002112.4
Sequence length
2405.0 nt
GC content
0.5306

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-857.80 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -899.81 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 734.21
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001306146.2 NCBI
GAGUGCGCAGGACUGGCAAGAGGGAAGCCGGGCUGCUCCACGCCUUUCA… 2306 nt 0.5308
NM_002112.4 NCBI
GAGUGCGCAGGACUGGCAAGAGGGAAGCCGGGCUGCUCCACGCCUUUCA… 2405 nt 0.5306
Summary

This gene encodes a member of the group II decarboxylase family and forms a homodimer that converts L-histidine to histamine in a pyridoxal phosphate dependent manner. Histamine regulates several physiologic processes, including neurotransmission, gastric acid secretion,inflamation, and smooth muscle tone.[provided by RefSeq, Aug 2010]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that the HDC gene was upregulated in common in both blood and spleen leukocytes at 2 hours post-injury across three distinct models of systemic inflammation: trauma/hemorrhage, burn injury, and lipopolysaccharide infusion [Brownstein et al. DOI:10.1152/physiolgenomics.00213.2005]. This upregulation was identified through microarray analysis and is part of a common early transcriptional response to injury, with the majority of such commonly altered genes being assignable to immune response and cell death pathways.