Basic Information

Symbol
AMBRA1
RNA class
mRNA
Alias
Autophagy And Beclin 1 Regulator 1 DCAF3 KIAA1736 WDR94 Activating Molecule In BECN1-Regulated Autophagy Protein 1 DDB1 And CUL4 Associated Factor 3 Autophagy/Beclin-1 Regulator 1 WD Repeat Domain 94 FLJ20294 Activating Molecule In Beclin-1-Regulated Autophagy DDB1- And CUL4-Associated Factor 3
Location (GRCh38)
11:46396414-46594125
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001387011.1
Sequence length
5249.0 nt
GC content
0.5691

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2057.00 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -2148.13 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1627.92
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.......((((((.(((((.(((.(((((((((((.(((((..((((......))))....))))).)))))...))))))..)))(((((....))))).((((((.....(((((((((.((...(((..............(((((..(((((....(((((.((((((..((.((....)).))..))))))...(((....)))........((((.(((....((((((...((((....((((((((...(((((........)))))..(((((((((((((((((((..((((....)))).)))))..(..((((((((((((((.(((((((((((((.....(((((((.(((...((((((...(((....(((((..(((((.....((((((((.(((.((.(((......(((((((((....((((((((((((((.(((((...((.(((...)))..))))))).)))))...(((.(((((((((((.((.....(((((((((((....((((........)))).........((.((((((((.(((((...(((((((.((...)).)))))))((((((.....))))))))))).)))))))))).((((((.((((......(((...))).)))))))))))))))))))))....((((((.((...((((((((((((((((......(((.(((....))).)))......)))))))))........((((((((....)))))..)))))))))).)))))))).)))))))).))))))))((.((((((...(((((((((((.....((.((((((((((((.....)))))))((((.(((...)))))))....)))))))))).))))))))..)))..))).)).........(((.(((..(......)..))))))...(((((..................))))).....)))))))........))....))))))))).....))).)))))....))))))))..)))))..)))))(((((((((.(.....).)))))))))..((((.(((.....))).)))).)))...))))))......))).)))))))((((((((((((..((...))..))))).......((((.(((.(((((((((.....))))....)))).(((((...)))))..).))).)))).(((...((((...))))...)))((((.((((((..((((..((((......((((...)))).....((((......))))....((((((((((...........(((((.(((.............((((((((((((.(((..........)))..))))))......(((((.((((((((............)).)))).)).)))))......))))))....))).)))))((((((.((((........))))))))))..((((((((((((.((((.(((.((((..(((......(((((......))))))))..)))))))(((((........)))))((((((((.((((.(((((...........))))))))).............))).)))))((((((((......)))))))))))))))))))...)))))((((((...........)))))))))))))))).....))))..))))..)).))))))))....)))))))..((((....)))).......))))))))))))).....(((((((((......)))))..)))).))))))).).))))))..)((((((..(((...)))..))))))((((((...))))))........))))))))))))))..........)))))))).))))))))))))).))))....((((((((((((.(((..(((((((.((...((((..(((((((.(((((.((........((((((..(((......((....))....)))..))))))(((......)))......((((((((.....(((((((.(((.(((((((.((....))..(((((.(((.(((((((((((.(((....(((.(((...))).))).))))))))))).)))))).)))))....((.(((((((((....))))))))).))......)))))))))).))))))))))..)))))(.(.(((((((..((((((((..((((((((((............))))))....(((((((((((((((.((((.(((((((((...(((((.....(((((((((..(((....)))..))).)))))).((..(((.(((((.((((((.((((..(........)..)))).)))..))).)))))..)))..))............((.(((((((((((((.(((..((.......)).))).))))))))...........(((((((.............(((((.....))))).............))))))).........(((((....((((((((...(((((((((.((....)).)).)))...))))..))))))))....)))))....((((.(((((((.((((....((.....))..)))).)))..)))))))).))))).))((((((((...)))))))).....(((((((((((.....((...((((((((........(((.((((...(((((((..((.((((((((((((((((.(((((((((((.(((((((.(((...((((.(((.((((.(((((....)))))..))))))).))))...)))..)))))..)).))))))))......((((((.....(((....)))....(((.(.(((((((((((((((((....))))..(((......)))((((.((((((....)).)))).)))).((((((((((.(((.........))).)))..))))))).(((((.(((..(((((((((((.(((((((((.(((((.((((.((.(((((.(((((((........))).)))).).))))..(((.....)))....((((((.....))))))....)).)))).))))).))(((.....))).((((((((....((((((....((...((.(((.((((((((((..(((((..(((((((.((((((((....))))..(((((..(((...))).))))).....((.((..((((((..((((((...((.......)).))))))..)))))).)).)).)))))))))))...((((((((((((((((((..((((....(((..((((.....)))).))).....))))..)))).))))))).)))).)))((((...((((((((....))))))...))...))))....)))))))).)))))))..))).))..))....)))))).))).))).))...((((((((.....(((....))).)))))))).(((((((..((((((((.(((.......(((.(((.(.((((((((((((..((.(((..((........))..)))))..))))).))))))).).)))...))).......))))))....)))))))))))).))))))).)))))).......)))))..))).))))).)))).(((((((((.((.(.(..((.(((.(((((((((((.((....))...))))).((((((...)))))))))))))))))..)..).)).)))))))))..))))))))).).)))..)))))).((((((......))))))(((((((....(((.(((..((((....(((((.((((....)))).)))))..))))....(((((.((...(((((.((((.(.(((..(((((((((((((...)))).)))(((((..(....)..)))))(((.((((((((((((((((((((((.(((.(((((((.(((.((((((((((((.(((.((...(((((.((((..((((.((.......((((((....)).)))))))))).)))))))))...((((.(((...(((((((.((((.(.(((..((....))....))).)..))))..)))))))......)))..)))).....)).)))..)))).).)))))))..))).))).)))).((((...))))......))).))))).)))))))))))).))))))))..))))))....))).).))))((......))....)))))...)))))))...(((..(((((.(((...))).)))))..)))))).)))......)))))))....))).)))))))))....))))))).))..)))))))...)))).)))))))))))....))))))))).....)))))))))...))).)))))).....)))))))))..))))))))))))))..)).))))))..)))))))).)(((((((((((((.((((((((((...)))))))))).)).....((((.(((((.............)))).)..))))))))))...)))))....((((.(((((((((((.....((..((.((.....((((((.((((.(.(((....)))).))))))).))).....))..))..))......))))))))))).))))((((..(.....)..))))..))))))).)))))))))))...)).))))))..)..))).))))))..))))))))))).....))))).).)))).((((((((((((...(.((((.(((.((...))))).)))).)........(((.(((((.(((........)))..))))).)))..))))))))))))..))).))))))).)))).....))))))......(((.((((((((((.(........).)))))))))).)))...))))).)))))).((((.(((((..((((((((..(((((((((.((.......))))))).....))))..))))))))..))))).))))..((((((...(((..((..((((((((......))..........))))))...))..)))...))))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
.......((((((.(((((.(((.(((((((((((.(((((..((((......))))....))))).)))))...))))))..)}}(((((....))))).((((((.....(((({{{{((((((((((({,,{{{{((((({(((((((,((((,,,,((({{,((({,....{.(({{{{{(({((,.|||||,,.{({.{({(|....}}},,|.|||,||}}},|||{{{,..,{{(,,{{((((({(((..(((((........)))))..|||{{{||||||((({(((..((((.,,.)})).)})))},|.,(((((((((((,,,.((({(((((((((...,,(((((((.(((...((((((...(((,..,(((((,,,,((({,,,,((({({{{.{{{,|||||{......{(((((({({{..,(((((((((((((.(((((...((.(((...)))..))))))).)))),.,{((,{(((((((((((.,({,,,,(((((((((((.....,({,....,|,,,,....,.}},.((.((((((((.(((((...(((((((.((...)).)))))))((((((.....))))))))))).)))))))))).((((((.((((,.....,,....))),}}}})))))))))))))))))..,,({{{{{.{,,{,((((((((((((((((......(((.(((....))).)))......)))))))))........{{{(((((....)))))..)))))))))).,)))})))...)))))).))))))))||.((({.,...(((((((((({,.,...,.((((((((((((.....})))))}((((,({{.,,,)))}}}.,,.))))}))))).)))))))},{|{{,.|||{{.........,|||.|,|}}|,,....)..}))))}...(((((....{........,.,,.)))))....}))))))))|,.......,,..|||}|||||,.,,,}}}..,}},....,||}||||,.|||||,.|||||(({{,{((({,..}},)}))))))}))..||||.,||}},.,)}|,||||.|||.{,||||}}.....{||||||}||||(((((,,,(((((.{{{{,,,.,{{,,{{{{..,,{.{|||{||.,((({((({{..,||,|{,..||}|{((((({,,}}}}}...|||,{|,.(((((...((((...))))...))))).,||{{|||,{(((({{((((,.....((((...)))).(((((....((((.(({.....(((((((((({,,.....,,.,((((.(((((((((({.....((((((((((((.(((..........)))..))))))......(((((.((((((((............)).)))).)).)))))......)))))).......,{{.{((((...})))}..}},...))))))))}})).||||((((((({((((..,..(((((((({...,{.(((((......))))).)}|,({((|..(((((......,.)))))...,,}}|}|(((.(((((...........))))))))}....,,...,}}}))))))...((((((((......)))))))))))))))))))...||||..{|{{|,.,,.....),}}}))))))))))))).,}}.)))).})))).,))})}}}),},,,},,)))))),,((((....))))......,})))))))))))),,...{((({((((......))))}..)))}.,}}}))).),)))))).})|{{{||,,||{,,,}}),,)}})))|||||,.,,)))}|,...,,...,))}})}))}}}}}..,,......,}})))),.}}|,|||||||{{{||...,,,((((((((((((.(((,{((({(((.,,..,||{,..(((((({,(((((,((.,.,,{,{(((({{,,{{(||,,..,{,,,||,....|,...,,}},.(((......)))......({{{,,,,..{{.(((((((.(((.(((((((.,,....||,.(((((.(((.(((((((((((.{{{....,,,{((({,.,,,.}))}))))))))))).)))))).)))))....((.(((((((((....))))))))).)).,,...)))))))))).)))))))))}.,}))))||||||{{{{{..(({(({((,,((((((((((...,......,.)))}}|,{{{,,,,,|||||{|||(.{{{(,((({(((((.{.(((((.....|||||{{{{.,{(({{{{|||{.,}}.}}}}||,((,,(((.(((({,((((((,((((..(........)..)))).))},.}))})))))..)))..}}..............,,(({,((((((((.(((..((.......)).))).))))))))..||.{{{{((,,,||||}}...,..,,|,.(((((.....)))))......{{{{{..,,,,,))}}}....,}|||||}}},||||||||...{((((((((.((,,..||,}},.}}..}))}}..}))))))),,,,)}||}....((((.(((((((.((((.,,.((.....}}..)))).))},,))))))))...{{..{(((((((((...))))))))}}}..)),|,{{(({{{,,.((({..((((((((,,.,.,,.(({.((((..,((({{{{..||}|{{||||{{{||||{|.,|||||||||||}||||||||||||}|||,,|||}|||,}}||}}}{(((((,,{((((({{.......{{{{{{|,,..,,|)|||}||(((({{{.||||||,|},...{{|...,}}),...}}}}..))))}.})|||||{{({,..,||||..(((......}}}{{{{.{{{||,....}}})))).))))}||},,(((((.(((.........))).)))}},||||||{||,,}}})))))).}))))))))))),....))}})}|((({.....}))),{,,,{(({....,,,,|}},..}||||,,,,..|||},,}})))}.}}{{(|{{,....)))}}}...,},..}||.||||||||||||.,...((((((((((((({..((((((.(.((((.{({((((((((((((((((((({,..((((({(.((((((((.,,,||||,.{{|||}.{{|...,}}.))))).....{{.||,.((((((..((((((...{{.......},.))))))..)))))).)).)),)))})))))}|{{.,|||||,{{{{,,,,{|...||}}})))||,,..}}))).(((((((........)))))))|||.,||,|}},||}}.})))}}}.,}..}}},(((({..((((((..((({...{{....}}.,}..|.((((((.......))).))).,.))))))))))...))))).{((((((((.....(((....))),))))))))}(((((((,.({{(((((.(((.......(((.(((.{.((((((((((((..((.(((..((........))..)))))..))))).))))))).}.)))...))).......)))))),.,.})))))))))))..,.,.,,))))).))))))..).))),...)))))))))).|||||||}.||.|||||(((((.,{,.,||,||||||.}|{||},||,||{{..,.((((((...))))))}.}))))}|||,,,.........})),}),,)))}...}})))),)))}))}....((((((.....})))))))))).},)))))}).}},)}||||},..,((((.{(((....}))))))))|((((....)))))...}.}}|||}.,,)))))))}))))}})))))))))}}}}||(({.{{||.|||||||,}||..(({,.((,{((((((((((((((((((((((,(((.((((,((.(((.(((((((((((((((..({...(((((.((((..((((.((,......,(((((....)).)))))))))).)))))))))...((((.(((.,.(((((((.((((.{.{{(.,{{.........}))).)..))))..))))))).,....)))..)))).....)}.)))),,})).).)))))))..))).)},.)))},{({(,,.,,,,}),.,.))).))))).)))))))))))).))))))))...}}....,},|||,}||}}}.|..|||.|,....,|||{{{|||||||||{|}||.,||,}..|||{|||||||,},{,(((({{{,{{,,{,{.||,}}))))}..|||..}}}}||||..,{|||||},.||..}},)))}..,))))})}}))))}}},.|,.|||||,|||,..}},}})))}}|,.,||).))))}).....))),,},})}}))))),})))))))..}},)))))),.})))}})).)||||||||||}||}|{{((((((|...})))))))))}))}},,,(({,..{,((,,,{,{..,,..{{{||,|,,||,}|||||,...)})))}...((((.(((((((((((.,...((..((,{{.,,,.((((((.((((.{.{{{,...))}}.))))))).))).....,,..))..)}..,.,.))))))))))).)))){{{|,.,.|,||,..)))).,||||},}.|||||,|||||{{{||{||||||..,.,))){|||||,..||}}}})}|))||,,,)))))})})))).,|}}}|,,}|||||,|}||,|}}}}}},,}.}}}})})))}}}|,|.....|}))(((((.(((........)))..)))))}))))))))))))))))..,)))...}))}}.)))).....))))))......{((.,(((((((((.(........).))))))))},.)))...))))).)))))).((((.(((((..((((((((..(((({{{{,.((.......}},)))}.....))))..))))))))..))))).))))..((((((.,.(((..((..((((((,{,,....,,.....,,.}.))))))...))..))).,.))))))

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001267782.2 NCBI
CUUCUUGCUUGAUGUCUCCUGAGCGGCGGCGGCGCCGGGUCGAGGGCUG… 5258 nt 0.5677
NM_001267783.2 NCBI
CUUCUUGCUUGAUGUCUCCUGAGCGGCGGCGGCGCCGGGUCGAGGGCUG… 4892 nt 0.5677
NM_001300731.2 NCBI
CUUCUUGCUUGAUGUCUCCUGAGCGGCGGCGGCGCCGGGUCGAGGGCUG… 5069 nt 0.5707
NM_001367468.1 NCBI
AGGGGAUUAAUGAAGAGCCACCAGACUAUCUUUAUGGAGAAUCUAGAUU… 5293 nt 0.5566
NM_001367469.1 NCBI
CUUCUUGCUUGAUGUCUCCUGAGCGGCGGCGGCGCCGGGUCGAGGGCUG… 4712 nt 0.5694
NM_001367470.1 NCBI
CUUCUUGCUUGAUGUCUCCUGAGCGGCGGCGGCGCCGGGUCGAGGGCUG… 4968 nt 0.5670
NM_001367471.1 NCBI
CUUCUUGCUUGAUGUCUCCUGAGCGGCGGCGGCGCCGGGUCGAGGGCUG… 4979 nt 0.5668
NM_001387011.1 NCBI
CUUCUUGCUUGAUGUCUCCUGAGCGGCGGCGGCGCCGGGUCGAGGGCUG… 5249 nt 0.5691
NM_017749.3 NCBI
AGGGGAUUAAUGAAGAGCCACCAGACUAUCUUUAUGGAGAAUCUAGAUU… 5034 nt 0.5528
Summary

Enables enzyme binding activity; protein phosphatase activator activity; and ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity. Involved in several processes, including macroautophagy; positive regulation of free ubiquitin chain polymerization; and positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction. Located in cytosol. Part of Cul4-RING E3 ubiquitin ligase complex. Is active in cytoskeleton; mitochondrion; and nucleus. Biomarker of multiple system atrophy. [provided by Alliance of Genome Resources, Jul 2025]

Forensic Context

No relevant information is available at the moment.