Basic Information

Symbol
HERC1
RNA class
mRNA
Alias
HECT And RLD Domain Containing E3 Ubiquitin Protein Ligase Family Member 1 P532 P619 Hect (Homologous To The E6-AP (UBE3A) Carboxyl Terminus) Domain And RCC1 (CHC1)-Like Domain (RLD) 1 HECT Domain And RCC1-Like Domain-Containing Protein 1 Probable E3 Ubiquitin-Protein Ligase HERC1 HECT-Type E3 Ubiquitin Transferase HERC1 Putative E3 Ubiquitin-Protein Ligase HERC1 Guanine Nucleotide Exchange Factor P532 EC 2.3.2.26 EC 6.3.2 MDFPMR
Location (GRCh38)
15:63608618-63833948
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Chronological age estimation
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_003922.4
Sequence length
15197.0 nt
GC content
0.4708

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-4958.00 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -5227.68 kcal/mol
Frequency: 9.24589e-191
Diversity: 4068.91
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_003922.4 NCBI
GUCUUUCCCUUUGACAAGUCGCUGCUGCUGCAGCAAAAAUAAAGGACGC… 15197 nt 0.4708
Summary

This gen encodes a member of the HERC protein family. This protein stimulates guanine nucleotide exchange on ARF1 and Rab proteins. This protein may be involved in membrane transport processes. [provided by RefSeq, Mar 2012]

Forensic Context

A study in humans demonstrated that the HERC1 was upregulated with age in peripheral whole blood and its host gene was utilized as one of four circular RNAs combined with eleven microRNAs to build a highly accurate forensic age estimation model using a random forest regression algorithm, achieving a mean absolute error of 3.68 years in the training set [Wang et al. DOI:10.3389/fgene.2022.1031806].