Basic Information

Symbol
HERC2
RNA class
mRNA
Alias
HECT And RLD Domain Containing E3 Ubiquitin Protein Ligase 2 D15F37S1 Jdf2 P528 HECT-Type E3 Ubiquitin Transferase HERC2 E3 Ubiquitin-Protein Ligase HERC2 Hect Domain And RLD 2 Hect Domain And RCC1-Like Domain-Containing Protein 2 HECT Domain And RCC1-Like Domain-Containing Protein 2 Probable E3 Ubiquitin-Protein Ligase HERC2 EC 2.3.2.26 EC 6.3.2 MRT38 SHEP1
Location (GRCh38)
15:28111040-28322179
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_004667.6
Sequence length
15364.0 nt
GC content
0.5331

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-5683.60 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -5962.06 kcal/mol
Frequency: 6.07693e-197
Diversity: 3690.26
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_004667.6 NCBI
GGGCCGCGAGAGGCGCCGGGAUCGCGGGCGCCGGCUGAGCCAGCGGCUC… 15364 nt 0.5331
Summary

This gene belongs to the HERC gene family that encodes a group of unusually large proteins, which contain multiple structural domains. All members have at least 1 copy of an N-terminal region showing homology to the cell cycle regulator RCC1 and a C-terminal HECT (homologous to E6-AP C terminus) domain found in a number of E3 ubiquitin protein ligases. Genetic variations in this gene are associated with skin/hair/eye pigmentation variability. Multiple pseudogenes of this gene are located on chromosomes 15 and 16. [provided by RefSeq, Mar 2012]

Forensic Context

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