Basic Information

Symbol
HERC4
RNA class
mRNA
Alias
HECT And RLD Domain Containing E3 Ubiquitin Protein Ligase 4 KIAA1593 HECT Domain And RCC1-Like Domain-Containing Protein 4 Probable E3 Ubiquitin-Protein Ligase HERC4 HECT-Type E3 Ubiquitin Transferase HERC4 Hect Domain And RLD 4 DKFZP564G092 Putative E3 Ubiquitin-Protein Ligase HERC4 EC 2.3.2.26 EC 6.3.2
Location (GRCh38)
10:67921899-68075342
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_015601.4
Sequence length
4424.0 nt
GC content
0.3822

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1160.50 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1251.57 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1037.87
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001278185.2 NCBI
AGUCUCUUCCCCAACUCUCCCCACCCCUGGUGCUCUCCGCCCCGCUUGC… 4214 nt 0.3840
NM_001278186.2 NCBI
AGUCUCUUCCCCAACUCUCCCCACCCCUGGUGCUCUCCGCCCCGCUUGC… 4172 nt 0.3792
NM_001278187.2 NCBI
AGUCUCUUCCCCAACUCUCCCCACCCCUGGUGCUCUCCGCCCCGCUUGC… 3385 nt 0.4053
NM_015601.4 NCBI
AGUCUCUUCCCCAACUCUCCCCACCCCUGGUGCUCUCCGCCCCGCUUGC… 4424 nt 0.3822
NM_022079.3 NCBI
AGUCUCUUCCCCAACUCUCCCCACCCCUGGUGCUCUCCGCCCCGCUUGC… 4448 nt 0.3824
Summary

HERC4 belongs to the HERC family of ubiquitin ligases, all of which contain a HECT domain and at least 1 RCC1 (MIM 179710)-like domain (RLD). The 350-amino acid HECT domain is predicted to catalyze the formation of a thioester with ubiquitin before transferring it to a substrate, and the RLD is predicted to act as a guanine nucleotide exchange factor for small G proteins (Hochrainer et al., 2005 [PubMed 15676274]).[supplied by OMIM, Mar 2008]

Forensic Context

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