Basic Information

Symbol
HERC6
RNA class
mRNA
Alias
HECT And RLD Domain Containing E3 Ubiquitin Protein Ligase Family Member 6 HECT Domain And RCC1-Like Domain-Containing Protein 6 Probable E3 Ubiquitin-Protein Ligase HERC6 HECT-Type E3 Ubiquitin Transferase HERC6 Hect Domain And RLD 6 FLJ20637 Putative E3 Ubiquitin-Protein Ligase HERC6 Potential Ubiquitin Ligase EC 2.3.2.26 EC 6.3.2
Location (GRCh38)
4:88378739-88443098
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Wound age identification
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_017912.4
Sequence length
3776.0 nt
GC content
0.4555

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1150.60 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1220.83 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1058.00
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001165136.2 NCBI
ACCAGCGUUCGGGAGCCUGUCGCAGCGGGACCGACGGAAUCCGGAGCAG… 3668 nt 0.4591
NM_017912.4 NCBI
ACCAGCGUUCGGGAGCCUGUCGCAGCGGGACCGACGGAAUCCGGAGCAG… 3776 nt 0.4555
Summary

HERC6 belongs to the HERC family of ubiquitin ligases, all of which contain a HECT domain and at least 1 RCC1 (MIM 179710)-like domain (RLD). The 350-amino acid HECT domain is predicted to catalyze the formation of a thioester with ubiquitin before transferring it to a substrate, and the RLD is predicted to act as a guanine nucleotide exchange factor for small G proteins (Hochrainer et al., 2005 [PubMed 15676274]).[supplied by OMIM, Mar 2008]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that the HERC6 was identified as a specifically expressed core differentially expressed gene (DEG) in the 12-hour group following skeletal muscle and skin wounds, where it was down-regulated [Zhu et al. DOI:10.1016/j.legalmed.2021.101982]. This bioinformatics analysis, which screened for genes with specificity and correlation to wound age, indicates that the HERC6 is part of a temporal expression profile promising for wound age estimation.