Basic Information

Symbol
HIF3A
RNA class
mRNA
Alias
Hypoxia Inducible Factor 3 Subunit Alpha BHLHe17 PASD7 IPAS MOP7 Class E Basic Helix-Loop-Helix Protein 17 Basic-Helix-Loop-Helix-PAS Protein MOP7 Hypoxia-Inducible Factor 3-Alpha PAS Domain-Containing Protein 7 Inhibitory PAS Domain Protein Member Of PAS Protein 7 HIF3-Alpha-1 Hypoxia Inducible Factor 3 Alpha Subunit HIF-3-Alpha HIF3-Alpha BHLHE17 HIF-3A
Location (GRCh38)
19:46297042-46343433
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Sudden cardiac death diagnosis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_152795.4
Sequence length
5856.0 nt
GC content
0.5464

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2045.58 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -2142.87 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1501.34
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_022462.4 NCBI
ACCCAAGGCCGGCCCUUUCCUGUGGAGUCAUCUCACCGCCGUGCGCACC… 5803 nt 0.5444
NM_152794.4 NCBI
AGAGCGGCCCUAGGCGCGCCACAGAGAGGAGCGAGGCGCCAGAGGCACC… 5864 nt 0.5457
NM_152795.4 NCBI
GCCUCCGAGGGCUCCGGAGCGGCGACUGGCGAGCCAUGGCGCUGGGGCU… 5856 nt 0.5464
NM_152796.2 NCBI
ACCCAAGGCCGGCCCUUUCCUGUGGAGUCAUCUCACCGCCGUGCGCACC… 1777 nt 0.6083
Summary

The protein encoded by this gene is the alpha-3 subunit of one of several alpha/beta-subunit heterodimeric transcription factors that regulate many adaptive responses to low oxygen tension (hypoxia). The alpha-3 subunit lacks the transactivation domain found in factors containing either the alpha-1 or alpha-2 subunits. It is thought that factors containing the alpha-3 subunit are negative regulators of hypoxia-inducible gene expression. Multiple alternatively spliced transcript variants have been found for this gene. [provided by RefSeq, Mar 2011]

Forensic Context

A study in human ischemic cardiomyopathy (ICM) patients demonstrated that the HIF3A was decreased in multiple endothelial subclusters, including angiogenic, arterial, and general capillary cells, within the non-infarct left ventricle compared to non-failing controls [Simonson et al. DOI:10.1016/j.celrep.2023.112086].