Basic Information

Symbol
HLA-DPA1
RNA class
mRNA
Alias
Major Histocompatibility Complex, Class II, DP Alpha 1 HLA-DP1A HLA Class II Histocompatibility Antigen, DP Alpha 1 Chain MHC Class II DP3-Alpha HLA-SB Alpha Chain DP(W3) DP(W4) HLASB MHC Class II Antigen DP Alpha Chain MHC Class II HLA-DPA1 Antigen MHC Class II DP Alpha Chain MHC Class II Anitgen MHC Class II Protein MHC Class II DPA1 HLA-DPB1 HLA DPA1 HLA-DPA HLADP DPA1 PLT1
Location (GRCh38)
6:33064569-33080781
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Cause of death analysis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_033554.4
Sequence length
1653.0 nt
GC content
0.4822

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-520.50 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -553.54 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 325.56
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001242524.2 NCBI
GUAGAUGUAUCUCUCCAGGAAGCGCUGUGUCCCAUUAAACGCGUAGCAU… 1742 nt 0.4845
NM_001242525.2 NCBI
GUAGAUGUAUCUCUCCAGGAAGCGCUGUGUCCCAUUAAACGCGUAGCAU… 1666 nt 0.4814
NM_001405020.1 NCBI
AGUCUCAUCUGCCUCCACUCGGCCUCAGUUCCUCAUCACUGUUCCUGUG… 1852 nt 0.4492
NM_033554.4 NCBI
AGUCUCAUCUGCCUCCACUCGGCCUCAGUUCCUCAUCACUGUUCCUGUG… 1653 nt 0.4822
Summary

HLA-DPA1 belongs to the HLA class II alpha chain paralogues. This class II molecule is a heterodimer consisting of an alpha (DPA) and a beta (DPB) chain, both anchored in the membrane. It plays a central role in the immune system by presenting peptides derived from extracellular proteins. Class II molecules are expressed in antigen presenting cells (APC: B lymphocytes, dendritic cells, macrophages). The alpha chain is approximately 33-35 kDa and its gene contains 5 exons. Exon one encodes the leader peptide, exons 2 and 3 encode the two extracellular domains, exon 4 encodes the transmembrane domain and the cytoplasmic tail. Within the DP molecule both the alpha chain and the beta chain contain the polymorphisms specifying the peptide binding specificities, resulting in up to 4 different molecules. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

A study in humans analyzing sepsis patient blood samples via single-cell and bulk RNA sequencing identified HLA-DPA1 as a gene with reduced expression in CHIT1+ neutrophils from sepsis non-survivors compared to other myeloid cells [Li et al. DOI:10.1038/s41598-025-99619-z]. In a separate human study, HLA-DPA1 was identified as a ligand binding to the CD4 receptor, participating in the MHC-II signaling pathway within monocytes, which are key signal transmitters and receivers in sepsis [Liu et al. DOI:10.1590/1414-431X2025e14930].