Basic Information

Symbol
HLA-F
RNA class
mRNA
Alias
Major Histocompatibility Complex, Class I, F HLA Class I Histocompatibility Antigen, Alpha Chain F MHC Class I Antigen F Leukocyte Antigen F HLA F Antigen HLA-5.4 CDA12 HLAF Non-Classical MHC Class I Antigen Nonclassical MHC Class I Antigen HLA-CDA12
Location (GRCh38)
6:29722738-29738528
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Drug abuse diagnoses
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001098479.2
Sequence length
1480.0 nt
GC content
0.5784

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-574.90 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -604.31 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 373.61
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001098478.2 NCBI
AUAUUUUUCCCAGACGCGGAGGUUGGGGUCAUGGCGCCCCGAAGCCUCC… 912 nt 0.5888
NM_001098479.2 NCBI
AUAUUUUUCCCAGACGCGGAGGUUGGGGUCAUGGCGCCCCGAAGCCUCC… 1480 nt 0.5784
NM_018950.3 NCBI
AUAUUUUUCCCAGACGCGGAGGUUGGGGUCAUGGCGCCCCGAAGCCUCC… 1188 nt 0.5985
Summary

This gene belongs to the HLA class I heavy chain paralogues. It encodes a non-classical heavy chain that forms a heterodimer with a beta-2 microglobulin light chain, with the heavy chain anchored in the membrane. Unlike most other HLA heavy chains, this molecule is localized in the endoplasmic reticulum and Golgi apparatus, with a small amount present at the cell surface in some cell types. It contains a divergent peptide-binding groove, and is thought to bind a restricted subset of peptides for immune presentation. This gene exhibits few polymorphisms. Multiple transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene. These variants lack a coding exon found in transcripts from other HLA paralogues due to an altered splice acceptor site, resulting in a shorter cytoplasmic domain. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

A multi-omics study in humans identified the HLA-F as both differentially expressed and differentially spliced in the prefrontal cortex (Brodmann Area 9) of individuals with cocaine use disorder [Zillich et al. DOI:10.1038/S41398-024-03139-9].