Basic Information

Symbol
HLF
RNA class
mRNA
Alias
HLF Transcription Factor, PAR BZIP Family Member Hepatic Leukemia Factor HLF, PAR BZIP Transcription Factor PAR BZIP Transcription Factor MGC33822 E2A-HLF Fusion Transcript Protein
Location (GRCh38)
17:55264960-55325187
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_002126.5
Sequence length
5721.0 nt
GC content
0.4324

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1667.50 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1782.67 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1742.38
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001330375.2 NCBI
ACUUUCCCGGUGCACUUUUUCUGGUGGGAGGGGAGAGCGGAGCAGGCUC… 5175 nt 0.4197
NM_002126.5 NCBI
ACUCUUGUCAGGGCCGCGGCACAUGGGCGGCCGGAUGCGCUGAGCCCGG… 5721 nt 0.4324
Summary

This gene encodes a member of the proline and acidic-rich (PAR) protein family, a subset of the bZIP transcription factors. The encoded protein forms homodimers or heterodimers with other PAR family members and binds sequence-specific promoter elements to activate transcription. Chromosomal translocations fusing portions of this gene with the E2A gene cause a subset of childhood B-lineage acute lymphoid leukemias. Alternatively spliced transcript variants have been described, but their biological validity has not been determined. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

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