Basic Information

Symbol
HLX
RNA class
mRNA
Alias
H2.0 Like Homeobox HB24 HLX1 H2.0-Like Homeobox Protein Homeobox Protein HB24 Homeobox Protein HLX1 H2.0-Like Homeobox 1 H2.0 (Drosophila)-Like Homeo Box 1 H2.0-Like Homeobox 1 (Drosophila) H2.0-Like Homeo Box-1 H2.0-Like Homeobox
Location (GRCh38)
1:220879431-220885059
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Other applications
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_021958.4
Sequence length
2237.0 nt
GC content
0.6357

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-941.80 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -976.47 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 606.51
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_021958.4 NCBI
AUUACUUUUCCCCCCCCCUAACUAACGGACUAUUAUUGUUGUUGUUUUA… 2237 nt 0.6357
Summary

Enables sequence-specific DNA binding activity. Predicted to be involved in signal transduction. Predicted to act upstream of or within several processes, including embryonic digestive tract morphogenesis; enteric nervous system development; and regulation of T-helper cell differentiation. Predicted to be located in chromatin. [provided by Alliance of Genome Resources, Jul 2025]

Forensic Context

A study in human twins demonstrated that the HLX gene, a transcription factor involved in organogenesis, exhibited decreased mRNA and protein levels in placental samples of the smaller twins from growth-discordant dizygotic pairs [Dany Laure Wadji et al. DOI:10.1371/journal.pone.0315549].