Basic Information

Symbol
HMBOX1
RNA class
mRNA
Alias
Homeobox Containing 1 HOT1 Homeobox Telomere-Binding Protein 1 HNF1LA PBHNF Telomere-Associated Homeobox-Containing Protein 1 Homeobox-Containing Protein 1 FLJ21616 TAH1 Homeobox-Containing Protein PBHNF
Location (GRCh38)
8:28890292-29064764
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Other applications
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001135726.3
Sequence length
3711.0 nt
GC content
0.4484

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1077.60 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1145.83 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 955.90
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((........((((........))))(((.......))).((((.(......).))))...(((((......((((((((...(((((........))))))))))))))))))((((.((((.(((((..((.(((((((((((((((....(((.((((.......((((.((............)).))))....................)))).)))....)))))..))))))))))..)).))))))))).))))..)))))..(((..(((((((.((((.(((.......((.(((((((((.((((....))))...((((....((((((((.((((.(((((((((......)))))))........(((((.....)))))................(((((((....))))))).)).))))..))))))))...)))).....((((........))))((.((((......(((((((((((......(((.............((((((...((..((((.(((((((((......(((((...((....))....)))))....))))))))).))))))..))))))(((((((((((....((((......))))....)).)).........(((..((((.((((..((((((..(.((.....(((((((((((....((((((((((((((((((((...(((..((.((....)).))..)))((((((.....)))))).....(((((......((((((....))))))...))))).)))))))))))).(((((((((.......((((((((......(.((((.....((((((((....(((((((((....(((..((((...........((((((...((((((((.((...(((...(((((((((((((..((..(((((.((.((((.......))))..)))))))..))..)))).))).((((...)))).....(((......)))...((.(.(((......))).).)).(((((((((((.((...(((((...(((...((((........))))..))))))))((((....))))......(((((.(......).)))))...(((..(((((..((((((...(((...........(((((......((((((((((((((((((...(((..(((((.....(((((((....))))))).........((((.....(((.....)))......))))....(((....)))((((.((((((....((((..(((((..(((.(((.(.((..(((((((((((.....((((......)))).((((.((((..(((((.((((((((((((.....((((((.((((...((((.(.((.((....)).)).).)))).))))..))......((((.((((((..(.((...((((((((........(((.(((((...((((....)))).))))))))(((((((.(((((((.....)).))))).)...))))))..((((((..(((....(.(((.(.((((..((((.....((((((....))).)))......)))).)))).)))).)..)))..)).)))).((.((((....)))))).......((((((.((((.....)))).))))))..))))))))....)).)..))))).).))))))))...)))))))))).)).)))))......))))))))................................)))))).((((.....))))......))))))).)))).))))))))..))))....)))))).))))...........))))).((..((........))..)).)))...))).))))))...)).))))))))))))....((((((........(((((...(((.((((..(((........))).)))).)))...)))))..)))))).((....))((((.(((((((((((....((((..(....((((.(((......))).))))....)..)))).(((......))).(((((((....(((((((...)))))))......((((.(((((((((((((....((((((((.(((...........((((.((((((((((..((((.......)))).))))).(((..(.((((((..(((((.(((((((.(((((.............)))))(((((................)))))...........))))))).......................))))))))))).)..))).....))))).))))(((((.......(((((.....)))))...)))))..))).)).))))))))))))))...((((((.(.......(((........(((((.((..(((.....)))..)))))))........)))......)))))))))))).)))).((((((((((((((.(((((........((((......))))((((((((((((((...(((.(((..((..(((((((....((((((.......))))))..)))))))..)).))).))).....))))))))))).))).......(((((((...(((((((((((....))))..((.(((((((.((.....))..))))))).))))))))).))))))))))))))))))))))))))(((((((.....((((.((((((((..(((((........)))))...((((((((.......))))))))............((((((......))))))(((..........((((.....)))).((((((((...((((((....)))))).....(((((.((((((.....)))))).)))))...(((((((....)))))))........((((.(((........)))))))..)))))))).....(((((............)))))....(((((((((((.(((........)))..)))...))))))))......((((((....((((......(((((...)))))...))))))))))......))).....)))))))).))))..)))))))....))))))).))).)))))))).))))))).))))))...)))))...)))........((((.....)))))).))).))))))))..........))))))....))).))))))))))..))))))))))..)))..)))))))))...))))))))......)))))..))))))))............((((((..((((((.(((((((.((((((((..........)))).)))).)))))))((((((......))))))......))))))..))))))....)))))))))..(((....)))...))).)))))))))).)))))).....)).)..)))))))))).)))).)))..((((..(((((....)))))..)))).....)))))))..........))).....))))))..)))))........)))).)).))))))))))).......))).)))).)))))))..)))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((((..,{....((((......,.)))}{{{.......))).((((.{......).)}))..{(((((......((((((((...(((((........))))))))))))))))))}||(,((((.(((((..,,.(((((((((((((((....(((.(((({,.....||(({((............,,.,,},}}}}}...............)))).)))....)))))..))))))))))..,).))))))))).)})}..)))))..(((..(((((((.((((.(((..((.((((({{{((,,,,,|||...}}))).}}.((((,,..{{{{{{{(,((({,||{{{{{(({{{,,,}||||}},.,..{{.(({{{.....))))}..,,,|....,,,...(((((((....))))))).,|.}}}}..})))))))}},},}},...,||||,..,{{{{{|||((.((((,....,(((((((((((......{((....{{,.,,{{.((((((..,{{..((((.(((((((((......(((((,,.((....))..,.)))))....))))))))).)))),}..)))))}((((((((,,,....((((......)))),,,.,|,||....}}},,}|,{{((((.((((..((((((..,.{{.....{(((((((((({,..,{((((({((((((((((((...{((..,,.{,...,},.{{{....((((((.....))))))....}||,{{......||||||..{{||,,,,}})),}},.)))))))))))).(((((((((.......((((((((......{.((((.....((((((((....(((((((((....{(({{{{{...,,}..{{.(((((((...((((((((.((...(((..{((((((,,{((((..((,{{(((,{(..(((({......}|||..||}}}}}..}}..}}}}.,}}.{{((...)}),,,..,|||,.........}}}|},.||,}}}}}}}||.||}}|(((((((((((,((....,,||}..{{{...((((......,.)))),,|}}{{|,((({,,{{{||||{,,,,,(({{{,(,.,.,{|.|}||}.,,{.,..{{{|||.{||{|{|||{|{|||..||||},},..,|||..,{{||{{{..,,{||||||}..||}.,|||||.....(((((((....))))))).,.,{{,,,{{{,|||,{({{{....{|||||.,,||||,...(((....)))((((.((((((....((((..(((((..{((.(({,(.((..(((((((((((.....{(((......)))}.((((.((((..(((((.((((((((((((.{...((((,(((,.....,{|{{{{,.(((...{({..{,,{(({{{{{,((.{{.{,,|.||.|.,||{{{,}|.{,..||,,|||..,,}}.,..{{{.(((((...((((....)))).)))))||}(((((({.(((((((.....)).))))).}...}))))}.,|,||(({{{{{{,,.,.,{{|}}||||{{(((,..,.,{,,,,|}}},}}}.}}},}}}.,}}}|,,,},.}}.}|}|,))}}})))).,,..({(((,.{{{||||{.,{{{{{,((((({.((((.....)))).)))))).,)))),)))}.}))),),)),,))}))))),)))).}.)))))))))).)).)))))......))))))))................................)))))).((((.....))))......))))))).)))).))))))))..))))....)))))).))))..,,,.}}}}}),}}}.||},|,......,{||{{{.{{||,,{|||{.|||,..}},.})))),}},,.)))))))}}}|{{{{{{{|.{((((...(((.((((..(((........))).)))).)))...))))}.,.,,,,...|.,,,))))}}}|{{{(((((((....((((,.,.{..((((.(((......))).))))....,..}))).(((......))).(((((((,,,.(((((((...))))))},.....{(({.{(((({{(((((({{..((((((((.(((........,..{(((,{{{,{{|||{..((({.......))}).)))})}{((..(.(((((,,,(((((.(((((((.(((({.......,,,,..}}||}(((((................))))).,.........))))))}.......................))))))))))).}..)))......,,,,.,}}}(((((.......(((((.....)))))...)))))..)}}.)).})))))||,|)))},,,,{{{{|.|.,.|..,|||........(((((.((..(({,....}))..))))))).,,,,,,,|}|,|,,,,.|||||}||},,.,}}|,((((((((((((((.{((({........((((......))))((((((((((((((...,,,.,((.,((,.(((((((.{{.((((((.......)))))),.)))))))..},})),,),,.....)))))))))))},)).......|((((((.,,{{(((((((({....})))..{{.(((((((.{{.....))..))))))),),))))))).)))))))))))))))))))))))))}((((({{.....({((,(((((((({,({,{(,..,.,,,|,,||,..((((((((.|...}.))))))))..,,,.,|{...((((({......)))))),||}|........((((.....)))).((((((((...((((((....)))))).....{(((({,{((({....,)))})))))),....(((((((....)))))))........(((,,(((........)))))))..))))))))....,(((((............))))}....{((((((((((.(((........)))..)))...)))))))}.....,((((({....((({,.....(((({...}))))..,))))}}})))|,,,..}}},....,))))))),}})),,||}||||....}))))}).})).)))))}}}.,,}))))},)))}}.},}}}}}..}}}},}}}...,((((.....,}))))}))).)))))))).,,|...,}.))))))}}..))),))))))))))..))))))).))..}}}..)))))))))...))))))))......)))),,.))))))))............{(((((..((((((,(((((((.((((((((..,.......))))))))).))))))){(((((......)))))}......))))))..)))))}....)))))))))..(((....)))...})).)))))))))).)))))).....}}.,..)))))))))).))}},}}...((((..(((((....)))))..)))).....))))))),,,,....,.)))....,))))))..))))).......,)))).)).,,,))}))))),......))).)))).)))))))..)))..

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001324391.2 NCBI
GUUGAUAUCAAUAUGGCGGUUGUCAGCCAGACAAAGACAGUCAGUCUGA… 3813 nt 0.4500
NM_001324392.1 NCBI
CCUCAAGUCUCUUUCCUCACUUCUUUCUCUUCACUUAAAACAAUUUUUU… 3865 nt 0.4450
NM_001324393.2 NCBI
GUUGAUAUCAAUAUGGCGGUUGUCAGCCAGACAAAGACAGUCAGUCUGA… 3926 nt 0.4521
NM_001324394.2 NCBI
GUUGAUAUCAAUAUGGCGGUUGUCAGCCAGACAAAGACAGUCAGUCUGA… 3810 nt 0.4499
NM_001324395.2 NCBI
GUUGAUAUCAAUAUGGCGGUUGUCAGCCAGACAAAGACAGUCAGUCUGA… 3760 nt 0.4489
NM_001330498.2 NCBI
GUUGAUAUCAAUAUGGCGGUUGUCAGCCAGACAAAGACAGUCAGUCUGA… 3780 nt 0.4503
NM_024567.4 NCBI
CCUCAAGUCUCUUUCCUCACUUCUUUCUCUUCACUUAAAACAAUUUUUU… 3794 nt 0.4436
Showing 11 to 17 of 17 entries
Summary

Enables double-stranded telomeric DNA binding activity; identical protein binding activity; and sequence-specific double-stranded DNA binding activity. Involved in negative regulation of transcription by RNA polymerase II; telomere maintenance via telomerase; and telomere-telomerase complex assembly. Located in several cellular components, including centrosome; chromosome, telomeric region; and nuclear body. [provided by Alliance of Genome Resources, Jul 2025]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that HMBOX1 mRNA was upregulated in cardiac mesenchymal stem cells following HDAC11 overexpression, where it was part of an activated chromosome organization pathway [Zhang et al. DOI:10.3390/biom15050662]. In a separate human cell study, a tRNA-derived fragment, tRF-03357, was noted in the literature to promote cell proliferation, migration, and invasion by regulating HMBOX1 in high-grade serous ovarian cancer [Deng et al. DOI:10.1177/15593258221128744].