Basic Information

Symbol
HMCN2
RNA class
mRNA
Alias
Hemicentin 2 DKFZp434P0216 Hemicentin-2 FLJ23816
Location (GRCh38)
9:130265760-130434123
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Sudden unexpected death diagnosis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001291815.2
Sequence length
15789.0 nt
GC content
0.6479

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-7392.50 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -7635.06 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 3323.52
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001291815.2 NCBI
GCACUGGCCGCGGCCCGACGGAGCAAGGCACUGCCUGCAGCCGCCGUGU… 15789 nt 0.6479
Summary

Predicted to enable axon guidance receptor activity. Predicted to be involved in homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules and synapse organization. Located in collagen-containing extracellular matrix. [provided by Alliance of Genome Resources, Apr 2025]

Forensic Context

A study in humans using whole transcriptome sequencing on heart tissue from sudden unexplained death (SUD) cases and controls identified the HMCN2 as a differentially expressed gene, where it was upregulated in SUD cases compared to heart-healthy controls and is involved in cell adhesion [Neubauer et al. DOI:10.1007/S00414-025-03414-4].