Basic Information

Symbol
AMIGO2
RNA class
mRNA
Alias
Adhesion Molecule With Ig Like Domain 2 ALI1 DEGA Differentially Expressed In Gastric Adenocarcinomas Amphoterin-Induced Protein 2 AMIGO-2 Differentially Expressed In Gastric Adenocarcinoma Amphoterin-Induced Gene And Open Reading Frame 2 Transmembrane Protein AMIGO2 Amphoterin Induced Gene 2 Alivin 1 Alivin-1
Location (GRCh38)
12:47075707-47080902
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Other applications
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001370299.1
Sequence length
3224.0 nt
GC content
0.4597

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1014.20 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1075.98 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 878.02
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001143668.1 NCBI
CGAGCUGCUGCCCGCAGGAGGCAGGACGCGCAGGGGUGGGACCGGCGCC… 3126 nt 0.4591
NM_001370299.1 NCBI
GCAGGCUCCGAGCUGCUGCCCGCAGGAGGCAGGACGCGCAGGGGUGGGA… 3224 nt 0.4597
NM_181847.4 NCBI
CGAGCUGCUGCCCGCAGGAGGCAGGACGCGCAGGGGUGGGACCGGCGCC… 3849 nt 0.4518
Summary

Predicted to be involved in several processes, including heterophilic cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules; homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules; and positive regulation of synapse assembly. Predicted to be located in nucleus and plasma membrane. Predicted to be active in membrane. Biomarker of gastric adenocarcinoma. [provided by Alliance of Genome Resources, Jul 2025]

Forensic Context

A study in human trauma patients demonstrated that the AMIGO2 mRNA was significantly downregulated in circulating CD3+ T cells during the injury stage compared to the recovery stage [Rau et al. DOI:10.2147/JIR.S375881].