Basic Information

Symbol
HMGA1
RNA class
mRNA
Alias
High Mobility Group AT-Hook 1 HMGIY High Mobility Group Protein HMG-I/HMG-Y High Mobility Group Protein A1 High Mobility Group Protein R High-Mobility Group (Nonhistone Chromosomal) Protein Isoforms I And Y Nonhistone Chromosomal High-Mobility Group Protein HMG-I/HMG-Y High Mobility Group AT-Hook Protein 1 HMG-I(Y) HMGA1A HMG-R
Location (GRCh38)
6:34235618-34246236
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Cause of death analysis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_145899.3
Sequence length
1920.0 nt
GC content
0.6161

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-782.00 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -814.99 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 489.82
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001319077.2 NCBI
CUUUUUAAGCUCCCCUGAGCCGGUGCUGCGCUCCUCUAAUUGGGACUCC… 1885 nt 0.6149
NM_001319078.2 NCBI
CUUUUUAAGCUCCCCUGAGCCGGUGCUGCGCUCCUCUAAUUGGGACUCC… 1806 nt 0.6052
NM_001319079.2 NCBI
CUUUUUAAGCUCCCCUGAGCCGGUGCUGCGCUCCUCUAAUUGGGACUCC… 1918 nt 0.6157
NM_001319080.2 NCBI
CUUUUUAAGCUCCCCUGAGCCGGUGCUGCGCUCCUCUAAUUGGGACUCC… 1917 nt 0.6166
NM_001319081.2 NCBI
CUUUUUAAGCUCCCCUGAGCCGGUGCUGCGCUCCUCUAAUUGGGACUCC… 1804 nt 0.6048
NM_001319082.2 NCBI
CUUUUUAAGCUCCCCUGAGCCGGUGCUGCGCUCCUCUAAUUGGGACUCC… 1940 nt 0.6175
NM_002131.4 NCBI
CUUUUUAAGCUCCCCUGAGCCGGUGCUGCGCUCCUCUAAUUGGGACUCC… 1887 nt 0.6153
NM_145899.3 NCBI
CUUUUUAAGCUCCCCUGAGCCGGUGCUGCGCUCCUCUAAUUGGGACUCC… 1920 nt 0.6161
NM_145901.3 NCBI
CUUUUUAAGCUCCCCUGAGCCGGUGCUGCGCUCCUCUAAUUGGGACUCC… 2160 nt 0.6130
NM_145902.3 NCBI
CUUUUUAAGCUCCCCUGAGCCGGUGCUGCGCUCCUCUAAUUGGGACUCC… 2127 nt 0.6121
Showing 1 to 10 of 12 entries
Summary

This gene encodes a chromatin-associated protein involved in the regulation of gene transcription, integration of retroviruses into chromosomes, and the metastatic progression of cancer cells. The encoded protein preferentially binds to the minor groove of AT-rich regions in double-stranded DNA. Multiple transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene. Pseudogenes of this gene have been identified on multiple chromosomes. [provided by RefSeq, Jan 2016]

Forensic Context

A study in humans demonstrated that the HMGA1 was hypermethylated and upregulated in the prefrontal cortex of individuals who died by suicide compared to sudden death controls, and it was enriched in pathways related to inflammation regulated by macrophage migration inhibitory factor and chromatin modification [Romero-Pimentel et al. DOI:10.1093/ijnp/pyab042]. Another study in humans found that the HMGA1 was downregulated as part of the inhibited base excision repair pathway in the lungs of patients who succumbed to septic shock [Pinheiro da Silva et al. DOI:10.1111/jcmm.17938].