Basic Information
Symbol
HMGA1
RNA class
mRNA
Alias
High Mobility Group AT-Hook 1
HMGIY
High Mobility Group Protein HMG-I/HMG-Y
High Mobility Group Protein A1
High Mobility Group Protein R
High-Mobility Group (Nonhistone Chromosomal) Protein Isoforms I And Y
Nonhistone Chromosomal High-Mobility Group Protein HMG-I/HMG-Y
High Mobility Group AT-Hook Protein 1
HMG-I(Y)
HMGA1A
HMG-R
Location (GRCh38)
6:34235618-34246236
Forensic tag(s)
Cause of death analysis
MANE select
Transcript ID
NM_145899.3
Sequence length
1920.0 nt
GC content
0.6161
Secondary Structure
Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-782.00 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy:
-814.99 kcal/mol
Frequency:
0.0000
Diversity:
489.82
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts
| ID | Sequence | Length | GC content |
|---|---|---|---|
| CUUUUUAAGCUCCCCUGAGCCGGUGCUGCGCUCCUCUAAUUGGGACUCC… | 1773 nt | 0.6041 | |
| GGUCCCCAGCAGCAAGAGGUGGGGGGAGGCACCAGAUGGUAUGAGAGCU… | 1849 nt | 0.6068 |
Showing 11 to 12 of 12 entries
Summary
This gene encodes a chromatin-associated protein involved in the regulation of gene transcription, integration of retroviruses into chromosomes, and the metastatic progression of cancer cells. The encoded protein preferentially binds to the minor groove of AT-rich regions in double-stranded DNA. Multiple transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene. Pseudogenes of this gene have been identified on multiple chromosomes. [provided by RefSeq, Jan 2016]
Forensic Context
A study in humans demonstrated that the HMGA1 was hypermethylated and upregulated in the prefrontal cortex of individuals who died by suicide compared to sudden death controls, and it was enriched in pathways related to inflammation regulated by macrophage migration inhibitory factor and chromatin modification [Romero-Pimentel et al. DOI:10.1093/ijnp/pyab042]. Another study in humans found that the HMGA1 was downregulated as part of the inhibited base excision repair pathway in the lungs of patients who succumbed to septic shock [Pinheiro da Silva et al. DOI:10.1111/jcmm.17938].