Basic Information

Symbol
HMGB1
RNA class
mRNA
Alias
High Mobility Group Box 1 SBP-1 HMG3 HMG1 High-Mobility Group (Nonhistone Chromosomal) Protein 1 Sulfoglucuronyl Carbohydrate Binding Protein High Mobility Group Protein B1 High Mobility Group Protein 1 DKFZp686A04236 Amphoterin HMG-1 High-Mobility Group Box 1
Location (GRCh38)
13:30456704-30618872
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Sudden death from CNS diseases Mechanical injury analysis Wound age identification
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_002128.7
Sequence length
5456.0 nt
GC content
0.3776

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1487.00 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1596.23 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1279.39
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001313892.2 NCBI
AGUCAGAACAGAAAUACAUCUCAGGGCCAAACCGAUAGGAAACGAGGCU… 5482 nt 0.3771
NM_001313893.1 NCBI
UUUCUGCGGAGGGAUUACGCUGACGAAAGAGACCUGCUUGCGCGUCGCU… 5030 nt 0.3930
NM_001363661.2 NCBI
AAUGUUACAGAGCGGAGAGAGUGAGGAGGCUGCGUCUGGCUCCCGCUCU… 5506 nt 0.3774
NM_001370339.1 NCBI
AAUGUUACAGAGCGGAGAGAGUGAGGAGGCUGCGUCUGGCUCCCGCUCU… 5611 nt 0.3764
NM_001370340.1 NCBI
GGGAUUACGCUGACGAAAGAGACCUGCUUGCGCGUCGCUGUUCCGUGGU… 5687 nt 0.3897
NM_001370341.1 NCBI
AGUGCGGGCCCGGCCGGCCUCGGCCCGGUCGCGGCGGCGGCGGCGGCCG… 5483 nt 0.3846
NM_002128.7 NCBI
AAUGUUACAGAGCGGAGAGAGUGAGGAGGCUGCGUCUGGCUCCCGCUCU… 5456 nt 0.3776
Summary

This gene encodes a protein that belongs to the High Mobility Group-box superfamily. The encoded non-histone, nuclear DNA-binding protein regulates transcription, and is involved in organization of DNA. This protein plays a role in several cellular processes, including inflammation, cell differentiation and tumor cell migration. Multiple pseudogenes of this gene have been identified. Alternative splicing results in multiple transcript variants that encode the same protein. [provided by RefSeq, Sep 2015]

Forensic Context

A study in rats and humans demonstrated that after traumatic brain injury, the HMGB1 level significantly declined below basal level at 6 hours and returned to baseline after 2 days in rat brain, with cellular translocation from the nucleus to the cytoplasm in neurons and glia at early stages and later localization to phagocytic microglia in both species [Gao et al. DOI:10.1097/TA.0b013e31823c54a6]. In a rat model of polytrauma, plasma levels of the HMGB1 were significantly elevated at 6 and 24 hours post-trauma compared to a singular injury control [Mangum et al. DOI:10.1186/s13018-019-1082-4]. In a porcine trauma model, induction of hypothermia resulted in a significantly prolonged elevation of both systemic and local levels of the HMGB1 at 48 hours compared to normothermic controls [Horst et al. DOI:10.1371/journal.pone.0154788].