Basic Information

Symbol
HMGB2
RNA class
mRNA
Alias
High Mobility Group Box 2 HMG2 High-Mobility Group (Nonhistone Chromosomal) Protein 2 High Mobility Group Protein B2 High Mobility Group Protein 2 HMG-2 High-Mobility Group Box 2
Location (GRCh38)
4:173331376-173334456
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Sudden cardiac death diagnosis Mechanical injury analysis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_002129.4
Sequence length
1441.0 nt
GC content
0.3942

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-386.70 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -414.34 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 319.16
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001130688.1 NCBI
AAACCAGUUCACGCCGGAGCCCCGUGAGGGAAGCGUCUCCGUUGGGUCC… 1467 nt 0.3967
NM_001130689.1 NCBI
GGAUUUGGGCGGGAAGCGGAGCCCCGCCAGCGCCCGCCCUGGCAGCUGC… 1454 nt 0.4058
NM_002129.4 NCBI
AAACCAGUUCACGCCGGAGCCCCGUGAGGGAAGCGUCUCCGUUGGGUCC… 1441 nt 0.3942
Summary

This gene encodes a member of the non-histone chromosomal high mobility group protein family. The proteins of this family are chromatin-associated and ubiquitously distributed in the nucleus of higher eukaryotic cells. In vitro studies have demonstrated that this protein is able to efficiently bend DNA and form DNA circles. These studies suggest a role in facilitating cooperative interactions between cis-acting proteins by promoting DNA flexibility. This protein was also reported to be involved in the final ligation step in DNA end-joining processes of DNA double-strand breaks repair and V(D)J recombination. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that the HMGB2 is upregulated in a neutrophil-like monocyte cluster (C9) enriched following clodronate pre-treatment and controlled cortical impact brain injury, which is associated with a proliferative phenotype and neuroprotection [Erwin K. Gudenschwager Basso et al. DOI:10.1186/s12974-024-03032-8]. In a separate review of myocardial infarction models, the HMGB2 is also identified as a marker for proliferative active endothelial cells (Pro.EC population) in mice [Xinxin Bian et al. DOI:10.3892/mmr.2025.13680].