Basic Information
Symbol
HMGN2
RNA class
mRNA
Alias
High Mobility Group Nucleosomal Binding Domain 2
HMG17
High Mobility Group Nucleosome-Binding Domain-Containing Protein 2
High-Mobility Group (Nonhistone Chromosomal) Protein 17
Non-Histone Chromosomal Protein HMG-17
High-Mobility Group Nucleosomal Binding Domain 2
Nonhistone Chromosomal Protein HMG-17
High Mobility Group Protein N2
Location (GRCh38)
1:26472013-26478209
Forensic tag(s)
Drug abuse diagnoses
MANE select
Transcript ID
NM_005517.4
Sequence length
1940.0 nt
GC content
0.4407
Secondary Structure
Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-581.50 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy:
-617.13 kcal/mol
Frequency:
0.0000
Diversity:
618.49
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts
| ID | Sequence | Length | GC content |
|---|---|---|---|
| GAAAUCCGGUUCUAACCGGUCCGGGGCUCCCAGCGCUAUAAAAACUUUA… | 1940 nt | 0.4407 |
Summary
The protein encoded by this gene binds nucleosomal DNA and is associated with transcriptionally active chromatin. Along with a similar protein, HMGN1, the encoded protein may help maintain an open chromatin configuration around transcribable genes. The protein has also been found to have antimicrobial activity against bacteria, viruses and fungi. [provided by RefSeq, Oct 2014]
Forensic Context
A study in mice demonstrated that HMGN2 was up-regulated across all seven brain regions examined in ethanol-naïve High Drinking in the Dark (HDID-1) mice compared to control mice, with a fold change range of 1.53–1.83 [Ferguson et al. DOI:10.1007/S12035-018-1252-0]. In human postmortem brain tissue, HMGN2 was identified as a top differentially expressed gene in the dorsolateral prefrontal cortex meta-analysis of individuals with alcohol use disorder [Willis et al. DOI:10.1038/S41380-024-02777-1].