Basic Information

Symbol
HNRNPA3
RNA class
mRNA
Alias
Heterogeneous Nuclear Ribonucleoprotein A3 HNRPA3 Epididymis Secretory Sperm Binding Protein 2610510D13Rik HnRNP A3 D10S102 FBRNP
Location (GRCh38)
2:177212587-177226106
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Drug abuse diagnoses
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_194247.4
Sequence length
5710.0 nt
GC content
0.3764

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1502.10 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1621.93 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1329.47
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001330247.2 NCBI
CUCAAAAUGGAGGGCCAUGAUCCAAAGGAACCAGAGCAGUUGAGAAAAC… 5644 nt 0.3714
NM_001330248.2 NCBI
CUCAAAAUGGAGGGCCAUGAUCCAAAGGAACCAGAGCAGUUGAGAAAAC… 2992 nt 0.3904
NM_001330249.2 NCBI
CUCAAAAUGGAGGUAAAACCGCCGCCCGGUCGCCCCCAGCCCGACUCCG… 3058 nt 0.3993
NM_001330250.2 NCBI
CUCAAAAUGGAGGUAAAACCGCCGCCCGGUCGCCCCCAGCCCGACUCCG… 2917 nt 0.3939
NM_001330251.2 NCBI
CUCAAAAUGGAGGUAAAACCGCCGCCCGGUCGCCCCCAGCCCGACUCCG… 5569 nt 0.3730
NM_001395170.1 NCBI
CUCAAAAUGGAGGGCCAUGAUCCAAAGGAACCAGAGCAGUUGAGAAAAC… 2851 nt 0.3844
NM_194247.4 NCBI
CUCAAAAUGGAGGUAAAACCGCCGCCCGGUCGCCCCCAGCCCGACUCCG… 5710 nt 0.3764
Summary

Enables RNA binding activity. Predicted to be involved in mRNA splicing, via spliceosome. Located in nucleus. Part of catalytic step 2 spliceosome. [provided by Alliance of Genome Resources, Jul 2025]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that exercise intervention in methamphetamine-addicted subjects significantly altered hippocampal mRNA profiles, identifying 12 differentially expressed genes including the HNRNPA3 which was downregulated in the exercised group [Li et al. DOI:10.21037/atm-22-450].