Basic Information

Symbol
HNRNPAB
RNA class
mRNA
Alias
Heterogeneous Nuclear Ribonucleoprotein A/B ABBP1 HNRPAB APOBEC1-Binding Protein 1 HnRNP A/B FLJ40338 ABBP-1 Apolipoprotein B MRNA Editing Enzyme, Catalytic Polypeptide 1-Binding Protein 1 Apobec-1 Binding Protein 1 HnRNP Type A/B Protein
Location (GRCh38)
5:178204479-178211183
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Forensic tag(s)
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External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_031266.3
Sequence length
1770.0 nt
GC content
0.5412

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-657.70 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -689.01 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 514.87
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_004499.4 NCBI
AGGCGGCGGCACCGCGCGGGACGGAGCUUGGCUGUUGGUCGGUGGGUUC… 1629 nt 0.5359
NM_031266.3 NCBI
AGGCGGCGGCACCGCGCGGGACGGAGCUUGGCUGUUGGUCGGUGGGUUC… 1770 nt 0.5412
Summary

This gene belongs to the subfamily of ubiquitously expressed heterogeneous nuclear ribonucleoproteins (hnRNPs). The hnRNPs are produced by RNA polymerase II and are components of the heterogeneous nuclear RNA (hnRNA) complexes. They are associated with pre-mRNAs in the nucleus and appear to influence pre-mRNA processing and other aspects of mRNA metabolism and transport. While all of the hnRNPs are present in the nucleus, some seem to shuttle between the nucleus and the cytoplasm. The hnRNP proteins have distinct nucleic acid binding properties. The protein encoded by this gene, which binds to one of the components of the multiprotein editosome complex, has two repeats of quasi-RRM (RNA recognition motif) domains that bind to RNAs. Two alternatively spliced transcript variants encoding different isoforms have been described for this gene. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that the HNRNPAB mRNA was down-regulated (0.32-fold) in bone marrow cells 6 hours after 6.5 Gy whole-body ionizing radiation, as part of a microarray analysis identifying 103 differentially expressed genes involved in processes like RNA processing [Dai et al. DOI:10.1080/09553000600857389].